| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第1章 微卫星研究概述 | 第13-36页 |
| ·微卫星的定义 | 第13-14页 |
| ·微卫星的分布 | 第14-18页 |
| ·物种间的微卫星分布 | 第14-15页 |
| ·基因组内的微卫星分布 | 第15-16页 |
| ·不同重复单元的微卫星分布 | 第16-17页 |
| ·基因内的微卫星 | 第17-18页 |
| ·微卫星的功能 | 第18-21页 |
| ·染色体组织结构 | 第18-19页 |
| ·调节DNA代谢过程 | 第19-20页 |
| ·调节基因表达活性 | 第20页 |
| ·引发疾病 | 第20-21页 |
| ·微卫星的进化 | 第21-23页 |
| ·微卫星的突变机制 | 第21-22页 |
| ·微卫星突变的理论模型 | 第22-23页 |
| ·微卫星的应用 | 第23-24页 |
| ·搜寻微卫星的程序 | 第24-25页 |
| ·参考文献 | 第25-36页 |
| 第2章 水稻基因组中的三核苷酸重复：分布及其与基因的关系 | 第36-52页 |
| ·摘要 | 第36页 |
| ·引言 | 第36-37页 |
| ·材料和方法 | 第37-38页 |
| ·序列数据 | 第37页 |
| ·cDNA序列在基因组上的定位 | 第37-38页 |
| ·TNRs识别和数据分析 | 第38页 |
| ·含有TNRs的cDNA的功能分类 | 第38页 |
| ·结果与分析 | 第38-46页 |
| ·TNRs在基因组不同区域的分布 | 第38-41页 |
| ·基因组不同区域对TNRs具有不同的选择压力 | 第41页 |
| ·编码区内的TNRs偏好编码丙氨酸和甘氨酸 | 第41-43页 |
| ·转录调节功能相关基因内偏好包含TNRs | 第43-46页 |
| ·讨论 | 第46-49页 |
| ·参考文献 | 第49-52页 |
| 第3章 籼粳稻亚种全基因组微卫星多态性数据库的开发 | 第52-74页 |
| ·摘要 | 第52页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料和方法 | 第53-55页 |
| ·水稻基因组序列和微卫星位点的筛选 | 第53-54页 |
| ·微卫星的侧翼序列和多态性 | 第54页 |
| ·通过直接测序证实微卫星多态性 | 第54-55页 |
| ·结果与分析 | 第55-62页 |
| ·水稻两个亚种全基因组微卫星的数量和分布 | 第55-56页 |
| ·不同基因组区域微卫星的多态性及其分布 | 第56页 |
| ·不同种类微卫星的多态性及其分布 | 第56-58页 |
| ·不同基序类别的微卫星多态性 | 第58-60页 |
| ·微卫星多态性长度分布 | 第60页 |
| ·多态性微卫星位点 | 第60-61页 |
| ·微卫星多态性实验验证 | 第61-62页 |
| ·讨论 | 第62-70页 |
| ·植物基因组内的微卫星分布和多态性 | 第62页 |
| ·MNRs、PNRs和HNRs可作为待开发分子标记资源 | 第62-63页 |
| ·水稻两个亚种全基因组微卫星多态性数据库的构建 | 第63-70页 |
| ·参考文献 | 第70-74页 |
| 第4章 假基因研究概述 | 第74-87页 |
| ·假基因的定义 | 第74页 |
| ·假基因的分类与特点 | 第74-75页 |
| ·非加工假基因： | 第75页 |
| ·加工假基因 | 第75页 |
| ·假基因的数量 | 第75-76页 |
| ·假基因的分布 | 第76-77页 |
| ·假基因的同源基因家族分布 | 第77-79页 |
| ·假基因的功能 | 第79-80页 |
| ·假基因的进化研究 | 第80-82页 |
| ·假基因的选择压力 | 第80页 |
| ·假基因的发生时间 | 第80页 |
| ·假基因作为进化研究的一种工具 | 第80-82页 |
| ·参考文献 | 第82-87页 |
| 第5章 水稻基因组水平假基因分析 | 第87-104页 |
| ·摘要 | 第87页 |
| ·引言 | 第87-88页 |
| ·材料和方法 | 第88-92页 |
| ·序列数据 | 第88-89页 |
| ·假基因的识别 | 第89-90页 |
| ·屏蔽已知的重复序列和预测基因 | 第89页 |
| ·Tblastn同源搜索 | 第89页 |
| ·用FASTA程序进行最佳联配 | 第89页 |
| ·检查移码突变且去除功能基因 | 第89-90页 |
| ·区别加工假基因和非加工假基因 | 第90页 |
| ·不同GC含量区域的假基因密度 | 第90页 |
| ·假基因的Ka／Ks值 | 第90页 |
| ·假基因序列变异度 | 第90-92页 |
| ·假基因的功能分类 | 第92页 |
| ·结果与分析 | 第92-99页 |
| ·水稻基因组内的假基因数量 | 第92-94页 |
| ·假基因的分布 | 第94页 |
| ·假基因的Ka／Ks | 第94-96页 |
| ·假基因序列变异度 | 第96-98页 |
| ·假基因的功能分类 | 第98-99页 |
| ·讨论 | 第99-101页 |
| ·参考文献： | 第101-104页 |
| 附录1 表格目录 | 第104-105页 |
| 附录2 插图目录 | 第105-106页 |
| 附录3 发表论文清单 | 第106页 |
