| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-12页 |
| ·研究背景 | 第9-10页 |
| ·研究现状 | 第10页 |
| ·研究意义和目标 | 第10-11页 |
| ·序列比对研究的意义 | 第10页 |
| ·研究的目标 | 第10-11页 |
| ·论文结构 | 第11-12页 |
| 第二章 生物信息学背景知识 | 第12-22页 |
| ·生物信息学基本概念 | 第12-15页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第12页 |
| ·核酸和蛋白质 | 第12-13页 |
| ·遗传信息的传递与表达 | 第13-14页 |
| ·生物信息学的中心法则 | 第14-15页 |
| ·序列比对的基本原理 | 第15-17页 |
| ·空位罚分 | 第15-16页 |
| ·替换矩阵 | 第16页 |
| ·双序列比对基本原理 | 第16-17页 |
| ·序列比对问题的描述以及序列比对的分类和目的 | 第17-19页 |
| ·序列比对问题的描述 | 第17-18页 |
| ·序列比对的分类 | 第18-19页 |
| ·序列比对的常用算法 | 第19-21页 |
| ·用动态规化算法进行序列比对 | 第19-20页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman 算法 | 第20-21页 |
| ·本章小结 | 第21-22页 |
| 第三章 蚁群算法、遗传算法和蚁群遗传算法的原理和应用 | 第22-31页 |
| ·蚁群算法原理与应用 | 第22-26页 |
| ·蚁群算法的简单描述 | 第22页 |
| ·蚁群算法的基本原理 | 第22页 |
| ·蚁群算法的模型 | 第22-24页 |
| ·蚁群算法的设计步骤 | 第24-25页 |
| ·蚁群算法的应用 | 第25-26页 |
| ·遗传算法原理与应用 | 第26-28页 |
| ·遗传算法的产生的历史背景 | 第26页 |
| ·遗传算法的基本原理和特点 | 第26-27页 |
| ·基本遗传算法的设计步骤 | 第27-28页 |
| ·遗传算法在旅行商问题（TSP）中的应用 | 第28页 |
| ·蚁群遗传算法原理与应用 | 第28-30页 |
| ·蚁群遗传算法的基本原理 | 第28页 |
| ·蚁群遗传算法的设计步骤 | 第28-30页 |
| ·蚁群遗传算法的应用 | 第30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第四章 蚁群序列比对算法设计 | 第31-45页 |
| ·蚁群序列比对算法在DNA 序列比对上应用的设计 | 第31-34页 |
| ·蚁群序列比对算法在DNA 序列比对上应用的设计思路 | 第31-33页 |
| ·蚁群序列比对算法的描述 | 第33页 |
| ·蚁群序列比对算法的流程图 | 第33-34页 |
| ·蚁群序列比对算法在DNA 比对和氨基酸序列比对上的应用 | 第34-40页 |
| ·DNA 和氨基酸序列比对中常用的得分矩阵 | 第34-39页 |
| ·蚁群序列比对算法在DNA 和氨基酸序列比对中的应用 | 第39-40页 |
| ·实验结果及分析 | 第40-44页 |
| ·蚁群序列比对算法的收敛性实验及结果分析 | 第40-41页 |
| ·蚁群序列比对算法在DNA 序列比对上应用的实验及结果分析 | 第41-43页 |
| ·蚁群序列比对算法在氨基酸序列比对上应用的实验及结果分析 | 第43-44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第五章 蚁群遗传序列比对算法设计 | 第45-58页 |
| ·蚁群序列比对算法的不足及解决办法的提出 | 第45-46页 |
| ·蚁群序列比对算法的不足 | 第45-46页 |
| ·蚁群遗传序列比对算法的提出 | 第46页 |
| ·蚁群遗传序列比对算法的设计 | 第46-48页 |
| ·蚁群遗传序列比对算法的描述 | 第46-47页 |
| ·蚁群遗传序列比对算法的算法流程图 | 第47-48页 |
| ·实验结果及分析 | 第48-57页 |
| ·蚁群遗传序列比对算法的收敛性实验结果及分析 | 第48-49页 |
| ·蚁群遗传序列比对算法在DNA序列比对上应用的实验结果及分析 | 第49-53页 |
| ·蚁群遗传序列比对算法在氨基酸序列比对上应用的实验结果及分析 | 第53-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 第六章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-64页 |
| 附录：作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第64页 |
