| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 部分缩略词与中英文对照表 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-36页 |
| 1.1 柑橘裂皮类病毒研究进展 | 第18-20页 |
| 1.1.1 介绍 | 第18页 |
| 1.1.2 分类地位和序列特征 | 第18-19页 |
| 1.1.3 寄主范围和症状 | 第19-20页 |
| 1.1.4 检测 | 第20页 |
| 1.1.5 传播与防控 | 第20页 |
| 1.2 柑橘树皮裂纹类病毒研究进展 | 第20-22页 |
| 1.2.1 介绍 | 第20-21页 |
| 1.2.2 分类地位和序列特征 | 第21页 |
| 1.2.3 寄主范围和症状 | 第21页 |
| 1.2.4 检测 | 第21页 |
| 1.2.5 传播与防控 | 第21-22页 |
| 1.3 其它柑橘类病毒研究进展 | 第22-24页 |
| 1.3.1 介绍 | 第22页 |
| 1.3.2 分类地位和序列特征 | 第22页 |
| 1.3.3 寄主范围和症状 | 第22-23页 |
| 1.3.4 检测 | 第23页 |
| 1.3.5 传播与防控 | 第23-24页 |
| 1.4 类病毒发病机制 | 第24-30页 |
| 1.4.1 介绍 | 第24页 |
| 1.4.2 症状表现和细胞病变效应 | 第24-25页 |
| 1.4.3 类病毒侵染引起的生化变化 | 第25页 |
| 1.4.4 分子机制 | 第25页 |
| 1.4.5 寄主对类病毒致病性影响 | 第25页 |
| 1.4.6 类病毒与RNA沉默 | 第25-29页 |
| 1.4.7 类病毒诱导的RdDM | 第29页 |
| 1.4.8 参与类病毒发病机制的调控网络 | 第29页 |
| 1.4.9 类病毒间的拮抗现象 | 第29-30页 |
| 1.5 类病毒侵染诱导的宿主蛋白质组和转录组的变化 | 第30-33页 |
| 1.5.1 介绍 | 第30-31页 |
| 1.5.2 与类病毒侵染相关的蛋白质变化 | 第31页 |
| 1.5.3 宿主蛋白与类病毒的相互作用 | 第31-32页 |
| 1.5.4 与类病毒侵染相关的转录改变 | 第32-33页 |
| 1.6 下一代测序技术在类病毒领域的应用 | 第33-36页 |
| 1.6.1 介绍 | 第33-34页 |
| 1.6.2 NGS技术在类病毒中的应用 | 第34-36页 |
| 引言 | 第36-38页 |
| 第二章 毒源的鉴定及其遗传多样性分析 | 第38-56页 |
| 2.1 材料与方法 | 第38-42页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第38页 |
| 2.1.2 转录组测序和生物信息学分析 | 第38-39页 |
| 2.1.3 序列验证 | 第39-42页 |
| 2.1.4 遗传多样性、系统发育分析和二级结构的确定 | 第42页 |
| 2.2 结果与分析 | 第42-52页 |
| 2.2.1 柑橘类病毒的鉴定 | 第42-44页 |
| 2.2.2 巴基斯坦CBCVd分离株的确认和分析 | 第44-45页 |
| 2.2.3 巴基斯坦和中国的CBCVd分离株的遗传多样性 | 第45-46页 |
| 2.2.4 CBCVd的系统发育分析 | 第46-49页 |
| 2.2.5 CBCVd序列的二级结构分析 | 第49页 |
| 2.2.6 CEVd序列的二级结构分析 | 第49-50页 |
| 2.2.7 转录组测序鉴定到的其它类病毒序列分析 | 第50-52页 |
| 2.3 讨论 | 第52-56页 |
| 第三章 类病毒毒源侵染性克隆的构建及子代种群遗传多样性分析 | 第56-74页 |
| 3.1 材料和方法 | 第56-64页 |
| 3.1.1 类病毒资源和一步法RT-PCR | 第56-58页 |
| 3.1.2 CEVd/CBCVd二聚体克隆载体的构建及体外转录 | 第58-60页 |
| 3.1.3 体外转录产物活性验证 | 第60-63页 |
| 3.1.4 子代种群构建 | 第63-64页 |
| 3.2 结果与分析 | 第64-71页 |
| 3.2.1 CEVd/CBCVd侵染性克隆方法的建立 | 第64-68页 |
| 3.2.2 香橼中CEVd和CBCVd的子代种群分析 | 第68-71页 |
| 3.3 讨论 | 第71-74页 |
| 第四章 深度测序分析香橼对柑橘裂皮类病毒侵染的响应 | 第74-100页 |
| 4.1 材料与方法 | 第75-77页 |
| 4.1.1 测序样品准备 | 第75页 |
| 4.1.2 分子检测体系 | 第75-76页 |
| 4.1.3 文库构建与深度测序 | 第76页 |
| 4.1.4 差异表达基因的RT-qPCR验证 | 第76-77页 |
| 4.2 结果与分析 | 第77-94页 |
| 4.2.1 症状表现 | 第77-78页 |
| 4.2.2 RNA-Seq结果与分析 | 第78-87页 |
| 4.2.3 sRNA测序结果与分析 | 第87-93页 |
| 4.2.4 RT-qPCR验证深度测序结果 | 第93-94页 |
| 4.3 讨论 | 第94-100页 |
| 4.3.1 CEVd侵染带来寄主香橼转录组学水平的广泛变化 | 第95-97页 |
| 4.3.2 CEVd侵染引起寄主sRNA水平的广泛变化 | 第97-100页 |
| 第五章 柑橘树皮裂纹类病毒对裂皮类病毒的拮抗机制分析 | 第100-116页 |
| 5.1 材料与方法 | 第101-102页 |
| 5.1.1 测序样品准备 | 第101页 |
| 5.1.2 sRNA文库构建与深度测序 | 第101页 |
| 5.1.3 分子检测体系 | 第101-102页 |
| 5.2 结果与分析 | 第102-112页 |
| 5.2.1 症状观察 | 第102-103页 |
| 5.2.2 CEVd在不同处理香橼中的积累水平 | 第103页 |
| 5.2.3 总RNA质量监控 | 第103-104页 |
| 5.2.4 测序数据处理 | 第104页 |
| 5.2.5 样品sRNA数据总体情况 | 第104-106页 |
| 5.2.6 CEVd和CBCVd序列比较 | 第106-107页 |
| 5.2.7 柑橘类病毒来源的sRNA的热点区域 | 第107-108页 |
| 5.2.8 柑橘类病毒来源的sRNA的大小、正负链极性和5'-端碱基偏好性 | 第108-110页 |
| 5.2.9 柑橘类病毒来源的不同大小sRNA的5'-端碱基偏好性 | 第110-112页 |
| 5.3 讨论 | 第112-116页 |
| 第六章 复合侵染香橼的转录组学和蛋白组学分析 | 第116-140页 |
| 6.1 材料与方法 | 第117页 |
| 6.1.1 测序样品准备 | 第117页 |
| 6.1.2 深度测序 | 第117页 |
| 6.1.3 RT-qPCR分析 | 第117页 |
| 6.2 结果与分析 | 第117-134页 |
| 6.2.1 转录组学结果与分析 | 第117-129页 |
| 6.2.2 蛋白组学结果与分析 | 第129-134页 |
| 6.2.3 深度测序数据的RT-qPCR验证 | 第134页 |
| 6.3 讨论 | 第134-140页 |
| 6.3.1 柑橘类病毒侵染带来香橼转录组学的广泛变化 | 第135-137页 |
| 6.3.2 柑橘类病毒侵染对寄主香橼蛋白组也有显著影响 | 第137-140页 |
| 第七章 主要结论、创新点及研究展望 | 第140-144页 |
| 7.1 主要结论 | 第140-141页 |
| 7.2 创新点 | 第141-142页 |
| 7.3 研究展望 | 第142-144页 |
| 参考文献 | 第144-162页 |
| 附录 | 第162-164页 |
| 博士在读期间发表论文及参加科研课题情况 | 第164-166页 |
| 作者简介 | 第166-168页 |
| 致谢 | 第168-170页 |
