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柑橘树皮裂纹类病毒的遗传多样性及其对裂皮类病毒拮抗作用的分子机理研究

摘要第9-12页
Abstract第12-15页
部分缩略词与中英文对照表第16-18页
第一章 文献综述第18-36页
    1.1 柑橘裂皮类病毒研究进展第18-20页
        1.1.1 介绍第18页
        1.1.2 分类地位和序列特征第18-19页
        1.1.3 寄主范围和症状第19-20页
        1.1.4 检测第20页
        1.1.5 传播与防控第20页
    1.2 柑橘树皮裂纹类病毒研究进展第20-22页
        1.2.1 介绍第20-21页
        1.2.2 分类地位和序列特征第21页
        1.2.3 寄主范围和症状第21页
        1.2.4 检测第21页
        1.2.5 传播与防控第21-22页
    1.3 其它柑橘类病毒研究进展第22-24页
        1.3.1 介绍第22页
        1.3.2 分类地位和序列特征第22页
        1.3.3 寄主范围和症状第22-23页
        1.3.4 检测第23页
        1.3.5 传播与防控第23-24页
    1.4 类病毒发病机制第24-30页
        1.4.1 介绍第24页
        1.4.2 症状表现和细胞病变效应第24-25页
        1.4.3 类病毒侵染引起的生化变化第25页
        1.4.4 分子机制第25页
        1.4.5 寄主对类病毒致病性影响第25页
        1.4.6 类病毒与RNA沉默第25-29页
        1.4.7 类病毒诱导的RdDM第29页
        1.4.8 参与类病毒发病机制的调控网络第29页
        1.4.9 类病毒间的拮抗现象第29-30页
    1.5 类病毒侵染诱导的宿主蛋白质组和转录组的变化第30-33页
        1.5.1 介绍第30-31页
        1.5.2 与类病毒侵染相关的蛋白质变化第31页
        1.5.3 宿主蛋白与类病毒的相互作用第31-32页
        1.5.4 与类病毒侵染相关的转录改变第32-33页
    1.6 下一代测序技术在类病毒领域的应用第33-36页
        1.6.1 介绍第33-34页
        1.6.2 NGS技术在类病毒中的应用第34-36页
引言第36-38页
第二章 毒源的鉴定及其遗传多样性分析第38-56页
    2.1 材料与方法第38-42页
        2.1.1 植物材料第38页
        2.1.2 转录组测序和生物信息学分析第38-39页
        2.1.3 序列验证第39-42页
        2.1.4 遗传多样性、系统发育分析和二级结构的确定第42页
    2.2 结果与分析第42-52页
        2.2.1 柑橘类病毒的鉴定第42-44页
        2.2.2 巴基斯坦CBCVd分离株的确认和分析第44-45页
        2.2.3 巴基斯坦和中国的CBCVd分离株的遗传多样性第45-46页
        2.2.4 CBCVd的系统发育分析第46-49页
        2.2.5 CBCVd序列的二级结构分析第49页
        2.2.6 CEVd序列的二级结构分析第49-50页
        2.2.7 转录组测序鉴定到的其它类病毒序列分析第50-52页
    2.3 讨论第52-56页
第三章 类病毒毒源侵染性克隆的构建及子代种群遗传多样性分析第56-74页
    3.1 材料和方法第56-64页
        3.1.1 类病毒资源和一步法RT-PCR第56-58页
        3.1.2 CEVd/CBCVd二聚体克隆载体的构建及体外转录第58-60页
        3.1.3 体外转录产物活性验证第60-63页
        3.1.4 子代种群构建第63-64页
    3.2 结果与分析第64-71页
        3.2.1 CEVd/CBCVd侵染性克隆方法的建立第64-68页
        3.2.2 香橼中CEVd和CBCVd的子代种群分析第68-71页
    3.3 讨论第71-74页
第四章 深度测序分析香橼对柑橘裂皮类病毒侵染的响应第74-100页
    4.1 材料与方法第75-77页
        4.1.1 测序样品准备第75页
        4.1.2 分子检测体系第75-76页
        4.1.3 文库构建与深度测序第76页
        4.1.4 差异表达基因的RT-qPCR验证第76-77页
    4.2 结果与分析第77-94页
        4.2.1 症状表现第77-78页
        4.2.2 RNA-Seq结果与分析第78-87页
        4.2.3 sRNA测序结果与分析第87-93页
        4.2.4 RT-qPCR验证深度测序结果第93-94页
    4.3 讨论第94-100页
        4.3.1 CEVd侵染带来寄主香橼转录组学水平的广泛变化第95-97页
        4.3.2 CEVd侵染引起寄主sRNA水平的广泛变化第97-100页
第五章 柑橘树皮裂纹类病毒对裂皮类病毒的拮抗机制分析第100-116页
    5.1 材料与方法第101-102页
        5.1.1 测序样品准备第101页
        5.1.2 sRNA文库构建与深度测序第101页
        5.1.3 分子检测体系第101-102页
    5.2 结果与分析第102-112页
        5.2.1 症状观察第102-103页
        5.2.2 CEVd在不同处理香橼中的积累水平第103页
        5.2.3 总RNA质量监控第103-104页
        5.2.4 测序数据处理第104页
        5.2.5 样品sRNA数据总体情况第104-106页
        5.2.6 CEVd和CBCVd序列比较第106-107页
        5.2.7 柑橘类病毒来源的sRNA的热点区域第107-108页
        5.2.8 柑橘类病毒来源的sRNA的大小、正负链极性和5'-端碱基偏好性第108-110页
        5.2.9 柑橘类病毒来源的不同大小sRNA的5'-端碱基偏好性第110-112页
    5.3 讨论第112-116页
第六章 复合侵染香橼的转录组学和蛋白组学分析第116-140页
    6.1 材料与方法第117页
        6.1.1 测序样品准备第117页
        6.1.2 深度测序第117页
        6.1.3 RT-qPCR分析第117页
    6.2 结果与分析第117-134页
        6.2.1 转录组学结果与分析第117-129页
        6.2.2 蛋白组学结果与分析第129-134页
        6.2.3 深度测序数据的RT-qPCR验证第134页
    6.3 讨论第134-140页
        6.3.1 柑橘类病毒侵染带来香橼转录组学的广泛变化第135-137页
        6.3.2 柑橘类病毒侵染对寄主香橼蛋白组也有显著影响第137-140页
第七章 主要结论、创新点及研究展望第140-144页
    7.1 主要结论第140-141页
    7.2 创新点第141-142页
    7.3 研究展望第142-144页
参考文献第144-162页
附录第162-164页
博士在读期间发表论文及参加科研课题情况第164-166页
作者简介第166-168页
致谢第168-170页

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