| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 1 绪论 | 第13-19页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第13-14页 |
| 1.2 研究意义 | 第14-15页 |
| 1.3 研究现状 | 第15-17页 |
| 1.4 本文的主要研究内容 | 第17-18页 |
| 1.5 本文的组织结构 | 第18-19页 |
| 2 理论背景概述 | 第19-26页 |
| 2.1 相关知识 | 第19-23页 |
| 2.1.1 蛋白质相互作用网络 | 第19-20页 |
| 2.1.2 蛋白质复合物和功能模块 | 第20-21页 |
| 2.1.3 基因表达数据 | 第21-22页 |
| 2.1.4 图和复杂网络理论 | 第22-23页 |
| 2.2 蛋白质功能模块检测方法介绍 | 第23-25页 |
| 2.2.1 基于图划分的聚类算法 | 第23-24页 |
| 2.2.2 基于局部密度的聚类算法 | 第24-25页 |
| 2.2.3 基于层次聚类的方法 | 第25页 |
| 2.2.4 基于有监督的聚类方法 | 第25页 |
| 2.3 本章小结 | 第25-26页 |
| 3 基于链路相似性聚类的蛋白质功能模块识别方法 | 第26-43页 |
| 3.1 理论基础 | 第26-29页 |
| 3.1.1 链路相似性 | 第26页 |
| 3.1.2 链路聚类方法 | 第26-27页 |
| 3.1.3 拓扑特征描述 | 第27-29页 |
| 3.2 算法描述 | 第29-31页 |
| 3.2.1 基本MCL算法 | 第29页 |
| 3.2.2 MLS算法 | 第29-31页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第31-41页 |
| 3.3.1 实验数据集 | 第31页 |
| 3.3.2 评价标准 | 第31-33页 |
| 3.3.3 各种算法性能比较 | 第33-40页 |
| 3.3.4 算法操作结果实例 | 第40-41页 |
| 3.4 拓扑特征分析 | 第41-42页 |
| 3.5 本章小结 | 第42-43页 |
| 4 结合拓扑特征和基因表达数据的蛋白质功能模块识别方法 | 第43-60页 |
| 4.1 构建加权图 | 第43-46页 |
| 4.1.1 基因表达模式相似性度量 | 第43-45页 |
| 4.1.2 网络重构 | 第45-46页 |
| 4.2 算法描述 | 第46-47页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第47-55页 |
| 4.3.1 实验数据集 | 第47页 |
| 4.3.2 实验设计 | 第47-49页 |
| 4.3.3 方法性能分析 | 第49-50页 |
| 4.3.4 参数设置 | 第50-53页 |
| 4.3.5 功能富集度分析 | 第53-55页 |
| 4.4 算法预测实例分析 | 第55-59页 |
| 4.5 本章小结 | 第59-60页 |
| 5 蛋白质网络聚类方法综合分析平台的实现 | 第60-65页 |
| 5.1 系统原理及总体架构 | 第60-61页 |
| 5.2 系统聚类分析及评估 | 第61-64页 |
| 5.2.1 聚类算法及评估方法 | 第61-63页 |
| 5.2.2 主要功能模块 | 第63-64页 |
| 5.3 本章小结 | 第64-65页 |
| 6 总结和展望 | 第65-67页 |
| 6.1 总结 | 第65页 |
| 6.2 展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-72页 |
| 作者简介 | 第72页 |