| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 第一章 引言 | 第15-25页 |
| 1.1 西门塔尔牛简介 | 第15-16页 |
| 1.2 全基因组关联分析概述 | 第16-21页 |
| 1.2.1 全基因组关联分析试验设计及模型简介 | 第16-19页 |
| 1.2.2 假阳性控制 | 第19-20页 |
| 1.2.3 单标记模型的缺陷及多标记模型的介绍 | 第20-21页 |
| 1.3 稀有变异全基因组关联分析概述 | 第21-23页 |
| 1.3.1 稀有变异关联分析常用方法 | 第22页 |
| 1.3.2 SKAT和SKAT-O方法简介 | 第22-23页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第23-25页 |
| 第二章 材料与方法 | 第25-30页 |
| 2.1 试验材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 资源群体构建 | 第25页 |
| 2.1.2 表型数据 | 第25页 |
| 2.1.3 基因型数据 | 第25-26页 |
| 2.2 试验方法 | 第26-30页 |
| 2.2.1 基因型主成分分析校正群体分层 | 第26页 |
| 2.2.2 线性混合模型全基因组关联分析 | 第26-27页 |
| 2.2.3 多标记全基因组关联分析(LMM+Lasso) | 第27-28页 |
| 2.2.4 稀有变异全基因组关联分析(以基因为单位的SKAT检验) | 第28-30页 |
| 第三章 试验结果 | 第30-43页 |
| 3.1 胴体重和骨重描述性统计 | 第30页 |
| 3.2 群体结构分析 | 第30-31页 |
| 3.3 西门塔尔牛骨重全基因组关联分析结果 | 第31-38页 |
| 3.3.1 LMM全基因组关联分析结果 | 第31-34页 |
| 3.3.2 LMM-Lasso全基因组关联分析结果 | 第34-36页 |
| 3.3.3 Gene-based SKAT全基因组关联分析结果 | 第36-38页 |
| 3.4 西门塔尔牛胴体重全基因组关联分析结果 | 第38-43页 |
| 3.4.1 LMM全基因组关联分析结果 | 第38-40页 |
| 3.4.2 LMM-Lasso全基因组关联分析结果 | 第40页 |
| 3.4.3 Gene-based SKAT全基因组关联分析结果 | 第40-43页 |
| 第四章 讨论 | 第43-48页 |
| 4.1 全基因组稀有变异关联分析 | 第43-44页 |
| 4.2 增加稀有变异检测效力的方法 | 第44-46页 |
| 4.2.1 基因型填充 | 第44页 |
| 4.2.2 稀有单倍型关联分析 | 第44-45页 |
| 4.2.3 荟萃分析 | 第45-46页 |
| 4.3 西门塔尔牛骨重性状候选基因 | 第46-47页 |
| 4.4 西门塔尔牛胴体重性状候选基因 | 第47-48页 |
| 第五章 全文结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 攻读学位期间的学术论文与研究成果 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
