| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第一章 相关理论和方法 | 第10-30页 |
| 1.1 自由能图谱理论 | 第10-16页 |
| 1.1.1 引言 | 第10页 |
| 1.1.2 基本概念 | 第10-11页 |
| 1.1.3 自由能图谱 | 第11-16页 |
| 1.2 分子动力学概述 | 第16-23页 |
| 1.2.1 引言 | 第16-17页 |
| 1.2.2 分子动力学 | 第17-20页 |
| 1.2.3 周期性边界条件 | 第20-21页 |
| 1.2.4 利用图形处理器(GPU)加速MD模拟 | 第21-23页 |
| 1.3 增强采样方法介绍 | 第23-30页 |
| 1.3.1 引言 | 第23-24页 |
| 1.3.2 并行回火(parallel tempering) | 第24-25页 |
| 1.3.3 元动力学(Metadynamics) | 第25-27页 |
| 1.3.4 调和元动力学(Well-tempered metadynamics) | 第27-28页 |
| 1.3.5 PT-WTE (parallel tempering in well-tempered ensemble) | 第28-30页 |
| 第二章 嗜冷和常温丝氨酸蛋白酶的高温分子动力学模拟比较研究 | 第30-54页 |
| 2.1 引言 | 第30-33页 |
| 2.2 材料和方法 | 第33-36页 |
| 2.2.1 MD模拟 | 第34-35页 |
| 2.2.2 分析方法 | 第35-36页 |
| 2.3 结果分析 | 第36-51页 |
| 2.3.1 全局结构波动 | 第36-38页 |
| 2.3.2 结构几何属性 | 第38-39页 |
| 2.3.3 二级结构 | 第39-43页 |
| 2.3.4 解折叠路径 | 第43-46页 |
| 2.3.5 结构柔性 | 第46-48页 |
| 2.3.6 柔性差异的决定因素 | 第48-51页 |
| 2.4 小结 | 第51-54页 |
| 第三章 嗜冷和常温丝氨酸蛋白酶的PT-WTE模拟及自由能图谱重构 | 第54-64页 |
| 3.1 引言 | 第54-55页 |
| 3.2 材料和方法 | 第55-56页 |
| 3.2.1 PT-WTE模拟 | 第55页 |
| 3.2.2 本质动力学分析方法(essential dynamics analysis,ED) | 第55-56页 |
| 3.2.3 分析方法 | 第56页 |
| 3.3 结果分析 | 第56-62页 |
| 3.3.1 PT-WTE模拟效率评价 | 第56-57页 |
| 3.3.2 PT-WTE收敛性评价 | 第57-58页 |
| 3.3.3 温度遍历性评价 | 第58-59页 |
| 3.3.4 本质动力学分析(essential dynamics analysis,ED) | 第59-61页 |
| 3.3.5 自由能图谱 | 第61-62页 |
| 3.4 小结 | 第62-64页 |
| 第四章 本文总结 | 第64-66页 |
| 附录 | 第66-128页 |
| 参考文献 | 第128-147页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 | 第147-148页 |
| 致谢 | 第148页 |
