| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第13-23页 |
| 1.1 我国反刍动物饲养现状 | 第13页 |
| 1.2 奶牛产业碳水化合物营养研究进展 | 第13页 |
| 1.3 瘤胃内环境 | 第13-15页 |
| 1.3.1 瘤胃内环境概述 | 第13-14页 |
| 1.3.2 微生物在瘤胃中的生态分布 | 第14-15页 |
| 1.4 瘤胃细菌的多样性及其建立、发展与变化 | 第15-18页 |
| 1.4.1 瘤胃细菌的多样性 | 第15-16页 |
| 1.4.2 幼龄反刍动物瘤胃细菌的建立 | 第16页 |
| 1.4.3 瘤胃细菌菌群的昼夜变化 | 第16-17页 |
| 1.4.4 瘤胃微生物间相互关系 | 第17-18页 |
| 1.4.4.1 瘤胃微生物种群间相互关系 | 第17页 |
| 1.4.4.2 瘤胃微生物之间存在群体感应 | 第17-18页 |
| 1.5 肠道菌群与宿主间的相互作用关系 | 第18-21页 |
| 1.5.1 宿主微生物与免疫系统之间存在相互作用 | 第18页 |
| 1.5.2 肠道菌群结构受多种因素的影响 | 第18-20页 |
| 1.5.2.1 日粮结构影响瘤胃细菌菌群 | 第18-19页 |
| 1.5.2.2 宿主自身影响肠道菌群 | 第19页 |
| 1.5.2.3 性别影响肠道菌群 | 第19页 |
| 1.5.2.4 品种、年龄影响肠道微生物的分布 | 第19-20页 |
| 1.5.3 肠道菌群影响宿主的代谢表型和生产性状 | 第20-21页 |
| 1.5.3.1 肠道菌群影响宿主代谢表型 | 第20页 |
| 1.5.3.2 瘤胃菌群影响宿主生产性能 | 第20-21页 |
| 1.6 崂山奶山羊、渤海黑牛和鲁西黄牛 | 第21-22页 |
| 1.7 研究目的与意义 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-33页 |
| 2.1 高产和低产奶牛瘤胃液、粪便微生物区系的差异及瘤胃液代谢物组成差异 | 第23-32页 |
| 2.1.1 采样地点与试验动物 | 第23页 |
| 2.1.2 试验设计 | 第23-24页 |
| 2.1.3 试验日粮 | 第24页 |
| 2.1.4 样品采集 | 第24页 |
| 2.1.4.1 瘤胃液和粪样 | 第24页 |
| 2.1.4.2 养分表观消化率 | 第24页 |
| 2.1.5 日粮与粪样测定方法 | 第24-25页 |
| 2.1.6 基于16SrDNA序列V4区PE250Miseq测序 | 第25-29页 |
| 2.1.6.1 DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.1.6.2 PCR扩增 | 第26页 |
| 2.1.6.3 PCR产物的混样和纯化 | 第26页 |
| 2.1.6.4 文库构建和上机测序 | 第26-27页 |
| 2.1.6.5 信息分析流程 | 第27-29页 |
| 2.1.7 基于LC-MS瘤胃代谢组学分析 | 第29-32页 |
| 2.1.7.1 代谢物提取 | 第29-30页 |
| 2.1.7.2 LC-MS检测 | 第30页 |
| 2.1.7.3 信息分析 | 第30-32页 |
| 2.2 高产奶牛与崂山奶山羊、鲁西黄牛、渤海黑牛的瘤胃液菌群差异 | 第32-33页 |
| 2.2.1 试验动物 | 第32页 |
| 2.2.2 样品采集 | 第32页 |
| 2.2.3 基于16SrDNA序列V4区PE250Miseq测序 | 第32-33页 |
| 2.2.3.1 DNA提取 | 第32页 |
| 2.2.3.2 PCR扩增 | 第32页 |
| 2.2.3.3 PCR产物的混样和纯化 | 第32页 |
| 2.2.3.4 文库构建和上机测序 | 第32页 |
| 2.2.3.5 信息分析流程 | 第32-33页 |
| 3 试验结果 | 第33-61页 |
| 3.1 高产和低产奶牛瘤胃液、粪便微生物区系的差异及瘤胃液代谢物组成差异 | 第33-47页 |
| 3.1.1 表观消化率 | 第33页 |
| 3.1.2 16 SrDNA测序结果 | 第33-42页 |
| 3.1.2.1 序列拼接 | 第33页 |
| 3.1.2.2 OTU及其丰度分析 | 第33-37页 |
| 3.1.2.3 样品多样性分析 | 第37-39页 |
| 3.1.2.4 样品组间显著性差异分析 | 第39-42页 |
| 3.1.3 瘤胃液代谢组学结果分析 | 第42-47页 |
| 3.1.3.1 差异离子的筛选与鉴定 | 第42-45页 |
| 3.1.3.2 差异代谢物的通路分析 | 第45-47页 |
| 3.2 高产奶牛与崂山奶山羊、鲁西黄牛、渤海黑牛的瘤胃液菌群差异 | 第47-61页 |
| 3.2.1 序列拼接 | 第47-48页 |
| 3.2.2 OTU及其丰度分析 | 第48-51页 |
| 3.2.2.1 OTU统计 | 第48页 |
| 3.2.2.2 OTUVenn图分析 | 第48-49页 |
| 3.2.2.3 OTUPCA分析 | 第49页 |
| 3.2.2.4 物种注释分析 | 第49-51页 |
| 3.2.3 样品多样性分析 | 第51-53页 |
| 3.2.3.1 单个样品多样性分析 | 第51-53页 |
| 3.2.3.2 样品间多样性比较分析 | 第53页 |
| 3.2.4 样品组间显著性差异分析 | 第53-61页 |
| 3.2.4.1 门水平 | 第53-58页 |
| 3.2.4.2 属水平 | 第58-61页 |
| 4 讨论 | 第61-66页 |
| 4.1 高产和低产奶牛瘤胃、消化道微生物区系的差异 | 第61-63页 |
| 4.1.1 表观消化率 | 第61页 |
| 4.1.2 高产奶牛和低产奶牛瘤胃液及粪样中菌群差异 | 第61-63页 |
| 4.1.2.1 门水平 | 第61-62页 |
| 4.1.2.2 属水平 | 第62-63页 |
| 4.1.3 高产和低产奶牛瘤胃液代谢组学差异 | 第63页 |
| 4.2 高产奶牛与崂山奶山羊、鲁西黄牛、渤海黑牛的瘤胃液菌群差异 | 第63-66页 |
| 4.2.1 门水平 | 第63-64页 |
| 4.2.2 属水平 | 第64-66页 |
| 5 结论与展望 | 第66-67页 |
| 5.1 结论 | 第66页 |
| 5.2 创新点 | 第66页 |
| 5.3 展望 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
