| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第1章 计算机辅助药物设计概述 | 第9-15页 |
| ·计算机辅助药物设计在药物研发进程中的重要地位 | 第9-10页 |
| ·计算机辅助药物设计中的关键技术 | 第10-14页 |
| ·基于结构的虚拟化合物库筛选与先导化合物优化 | 第10-12页 |
| ·靶标结构柔性处理策略 | 第12-14页 |
| ·本论文总体安排 | 第14-15页 |
| 第2章 HIV-1整合酶—LEDGF/p75相互作用抑制剂的发现 | 第15-37页 |
| ·引言 | 第15-24页 |
| ·整合酶的基本结构及整合机制 | 第16-19页 |
| ·整合酶的辅助因子 | 第19-20页 |
| ·LEDGF/p75的结构和功能 | 第20-21页 |
| ·整合酶与LEDGF/p75的复合物结构 | 第21-22页 |
| ·整合酶—LEDGF/p75相互作用抑制剂 | 第22-24页 |
| ·整合酶—LEDGF/p75相互作用抑制剂的设计策略 | 第24-25页 |
| ·材料和方法 | 第25-28页 |
| ·大分子体系的构建 | 第25-26页 |
| ·小分子配体结构的生成 | 第26页 |
| ·分子对接 | 第26-27页 |
| ·分子形状和基于结构的药效团 | 第27-28页 |
| ·结果与讨论 | 第28-35页 |
| ·活性化合物的刚性和柔性对接比较 | 第28-30页 |
| ·基于结构药效团的建立 | 第30-32页 |
| ·虚拟筛选流程与初步的筛选结果 | 第32-35页 |
| ·小结与展望 | 第35-37页 |
| 第3章 对接模拟RNA与小分子的相互作用 | 第37-56页 |
| ·引言 | 第37-38页 |
| ·材料和方法 | 第38-41页 |
| ·数据集的准备 | 第38-39页 |
| ·实验结合模式的重复 | 第39-40页 |
| ·配体多构象的产生 | 第40页 |
| ·同源体识别 | 第40页 |
| ·模拟的虚拟筛选 | 第40-41页 |
| ·分子碎片筛选 | 第41页 |
| ·重打分 | 第41页 |
| ·实验结果观察 | 第41-51页 |
| ·重复实验结合模式 | 第41-45页 |
| ·同源配体识别 | 第45-47页 |
| ·模拟的虚拟筛选 | 第47-50页 |
| ·碎片筛选 | 第50-51页 |
| ·讨论 | 第51-55页 |
| ·影响对接精度的因素 | 第52页 |
| ·对接失败分析 | 第52-53页 |
| ·对接程序的命中识别 | 第53-54页 |
| ·靶向RNA药物发现的应用 | 第54-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第4章 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-68页 |
| 攻读硕士期间撰写论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |