| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第10-22页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第10-15页 |
| 1.1.1 蛋白质对接研究背景与意义 | 第10-14页 |
| 1.1.2 蛋白质进化约束研究背景与意义 | 第14-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-19页 |
| 1.2.1 蛋白质对接研究的现状 | 第15-18页 |
| 1.2.2 蛋白质进化约束研究现状 | 第18-19页 |
| 1.3 研究内容 | 第19-21页 |
| 1.3.1 蛋白质对接的研究内容 | 第19-20页 |
| 1.3.2 蛋白质进化约束的研究内容 | 第20-21页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第21-22页 |
| 第二章 蛋白质结构概述及蛋白质对接介绍 | 第22-37页 |
| 2.1 蛋白质概述 | 第22-29页 |
| 2.1.1 蛋白质发现的历史 | 第22页 |
| 2.1.2 蛋白质的结构与功能 | 第22-29页 |
| 2.2 蛋白质对接 | 第29-32页 |
| 2.2.1 蛋白质分子对接的原理 | 第29-31页 |
| 2.2.2 蛋白质分子对接方法分类 | 第31-32页 |
| 2.3 Rosetta平台介绍 | 第32-35页 |
| 2.3.1 能量函数 | 第33-34页 |
| 2.3.2 Rosetta分子对接空间搜索算法 | 第34-35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 基于进化约束的蛋白质二聚体对接算法 | 第37-49页 |
| 3.1 蛋白质对称性对接概述 | 第37-38页 |
| 3.2 进化约束算法的提出 | 第38-39页 |
| 3.3 实验算法与结果分析 | 第39-48页 |
| 3.3.1 EcSymDock算法概述 | 第39-41页 |
| 3.3.2 进化约束算法分析 | 第41-43页 |
| 3.3.3 进化约束耦合对的数据预处理 | 第43页 |
| 3.3.4 刚体自由度扰动 | 第43-44页 |
| 3.3.5 实验环境与实验基准 | 第44-46页 |
| 3.3.6 实验结果与基准的比较与分析 | 第46-48页 |
| 3.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第四章 EGFR的抗药性研究 | 第49-62页 |
| 4.1 EGFR的突变与其抗药性的产生 | 第49-52页 |
| 4.1.1 非小细胞肺癌与靶向药物的抗药性 | 第50-52页 |
| 4.2 实验算法与结果分析 | 第52-61页 |
| 4.2.1 抑制剂的定义 | 第52页 |
| 4.2.2 变异EGFR与抑制剂建模结果 | 第52-56页 |
| 4.2.3 算法分析与结果展示 | 第56-61页 |
| 4.3 本章小结 | 第61-62页 |
| 第五章 总结与展望 | 第62-64页 |
| 5.1 基于进化约束的蛋白质二聚体对接算法总结与展望 | 第62页 |
| 5.2 EGFR抗药性研究总结与展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-75页 |
| 发表文章目录及参加科研项目 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |