| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 目录 | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1 水稻细菌性褐条病概况 | 第13-16页 |
| 1.1 水稻细菌性褐条病的发生与分布 | 第13页 |
| 1.2 水稻细菌性褐条病的病原菌 | 第13-14页 |
| 1.3 水稻细菌性褐条病发病症状 | 第14-15页 |
| 1.3.1 秧苗期 | 第14页 |
| 1.3.2 成株期 | 第14-15页 |
| 1.4 水稻细菌性褐条病发病因素及侵染循环 | 第15-16页 |
| 2 病原细菌系统鉴定的主要方法 | 第16-17页 |
| 2.1 Biolog微生物鉴定系统 | 第16页 |
| 2.2 FAMEs微生物鉴定系统 | 第16-17页 |
| 2.3 利用保守基因,构建系统进化树 | 第17页 |
| 3 基因组测序 | 第17-21页 |
| 3.1 基因组测序的方法 | 第17-19页 |
| 3.2 基因组测序的策略 | 第19-20页 |
| 3.3 基因组序列拼接组装 | 第20-21页 |
| 4 基因功能的主要研究方法 | 第21-23页 |
| 4.1 基因敲除 | 第21页 |
| 4.2 转座子突变库构建 | 第21-22页 |
| 4.3 基因的超表达 | 第22页 |
| 4.4 反义RNA | 第22页 |
| 4.5 其他的基因功能研究方法 | 第22-23页 |
| 5 本论文的研究目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 水稻细菌性褐条病原的分离与鉴定 | 第24-33页 |
| 1 材料与方法 | 第24-27页 |
| 1.1 菌株 | 第24页 |
| 1.2 主要试剂(盒)、酶等 | 第24页 |
| 1.3 主要仪器 | 第24-25页 |
| 1.4 病原细菌分离、过敏反应及致病性测定 | 第25页 |
| 1.5 病原菌的主要细菌学特征测定 | 第25页 |
| 1.6 电镜观察 | 第25页 |
| 1.7 B IOLOG鉴定 | 第25-26页 |
| 1.8 脂肪酸(FAMEs)鉴定 | 第26页 |
| 1.9 病原菌基因组的提取及16S rDNA序列测定 | 第26页 |
| 1.10 系统发育分析 | 第26-27页 |
| 2 结果与分析 | 第27-32页 |
| 2.1 水稻细菌性褐条症状及致病性 | 第27-28页 |
| 2.2 病原细菌的菌落及菌体形态 | 第28页 |
| 2.3 BIOLOG鉴定 | 第28-29页 |
| 2.4 脂肪酸(FAMEs)鉴定 | 第29页 |
| 2.5 生理生化分析 | 第29-31页 |
| 2.6 16S rDNA序列分析 | 第31-32页 |
| 3 讨论 | 第32-33页 |
| 第三章 水稻细菌性褐条病原菌Acidovorax avenae subsp.avenae RS-1全基因组测序及初步分析 | 第33-48页 |
| 1 材料与方法 | 第33-44页 |
| 1.1 菌株 | 第33页 |
| 1.2 主要试剂(盒)、酶等 | 第33页 |
| 1.3 主要仪器 | 第33-34页 |
| 1.4 基因组的提取 | 第34页 |
| 1.5 基因组的质检 | 第34页 |
| 1.6 基因组文库的构建及质检 | 第34-36页 |
| 1.6.1 DNA片段末端修复 | 第34-35页 |
| 1.6.2 末端修复后的DNA片段3’末端加“A” | 第35页 |
| 1.6.3 末端加“A”后的DNA片段加接头 | 第35页 |
| 1.6.4 分离纯化连接产物 | 第35-36页 |
| 1.6.5 接头修饰过的DNA片段PCR富集 | 第36页 |
| 1.6.6 文库的质检 | 第36页 |
| 1.7 基因组的测序 | 第36-37页 |
| 1.8 基因组的组装、注释及分析 | 第37页 |
| 1.9 基因组序列的完善、补漏 | 第37-44页 |
| 1.9.1 序列间隙的PCR扩增 | 第37-38页 |
| 1.9.2 序列间隙扩增产物(>1.5Kb)与T-载体连接 | 第38页 |
| 1.9.3 大肠杆菌感受态的制备 | 第38页 |
| 1.9.4 转化 | 第38-39页 |
| 1.9.5 阳性克隆的检测 | 第39-44页 |
| 2 结果与分析 | 第44-47页 |
| 2.1 基因组的质检 | 第44页 |
| 2.2 基因组文库的构建与质检 | 第44-46页 |
| 2.2.1 基因组文库的构建 | 第44-45页 |
| 2.2.2 基因组文库的质检测 | 第45-46页 |
| 2.3 基因组的测序 | 第46页 |
| 2.4 基因组的组装及注释 | 第46页 |
| 2.5 基因组的补漏,完善 | 第46-47页 |
| 3 讨论 | 第47-48页 |
| 第四章 水稻细菌性褐条病原致病相关基因的研究 | 第48-60页 |
| 1 材料和方法 | 第48-54页 |
| 1.1 菌株和转座子 | 第48页 |
| 1.2 主要试剂(盒) | 第48页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第48-49页 |
| 1.4 转座子及其相关引物 | 第49-50页 |
| 1.5 几种抗生素对水稻细菌性褐条病原的抗性筛选 | 第50页 |
| 1.6 水稻细菌性褐条病原的随机突变体库构建 | 第50-51页 |
| 1.6.1 水稻细菌性褐条病原感受态的制备 | 第50页 |
| 1.6.2 电击转化 | 第50-51页 |
| 1.6.3 初始转化子的PCR检测 | 第51页 |
| 1.7 致病功能突变体的筛选 | 第51-52页 |
| 1.8 DNA的提取 | 第52页 |
| 1.9 转座子插入位点的确定 | 第52-54页 |
| 1.10 生物膜测定 | 第54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-59页 |
| 2.1 几种抗生素对水稻细菌性褐条病原的抗性筛选 | 第54-55页 |
| 2.2 随机突变体库构建及致病突变体的筛选 | 第55-56页 |
| 2.3 转座子插入位点的确定 | 第56-58页 |
| 2.4 生物膜的测定 | 第58-59页 |
| 3 讨论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 作者简介 | 第66-68页 |
| 附件 | 第68-69页 |
