| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第12-38页 |
| 1.1 测序技术引言 | 第12-13页 |
| 1.2 Next Generation测序技术 | 第13-14页 |
| 1.3 RNA-Seq测序 | 第14-27页 |
| 1.3.1 样品分离和文库制备 | 第15-18页 |
| 1.3.2 测序和成像 | 第18页 |
| 1.3.3 从生物学到生物信息学的转换 | 第18-19页 |
| 1.3.4 基因组映射和Read装配 | 第19-22页 |
| 1.3.5 定量基因表达与异构体丰度 | 第22-26页 |
| 1.3.6 差异表达 | 第26-27页 |
| 1.4 NGS技术展望 | 第27页 |
| 1.5 鹿茸角再生引言 | 第27-29页 |
| 1.6 有尾类四肢再生概述 | 第29-30页 |
| 1.7 鹿茸角再生基本概念及其与肢体再生比较 | 第30-33页 |
| 1.8 鹿茸角再生是否涉及芽基形成? | 第33-35页 |
| 1.9 鹿茸角的表形态再生过程 | 第35-36页 |
| 1.10 本论文研究的目的和意义 | 第36-38页 |
| 2 马鹿鹿茸增生区茸皮和软骨转录组测序及数据库建立 | 第38-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第38-39页 |
| 2.1.1 马鹿鹿茸样品采集 | 第38页 |
| 2.1.2 茸皮与软骨组织RNA提取与检测 | 第38页 |
| 2.1.3 NGS测序 | 第38-39页 |
| 2.1.4 数据处理与装配 | 第39页 |
| 2.2 结果 | 第39-46页 |
| 2.2.1 总RNA提取 | 第39页 |
| 2.2.2 NGS测序产物产量 | 第39-40页 |
| 2.2.3 Contig组装结果 | 第40-43页 |
| 2.2.4 Unigene组装结果 | 第43-46页 |
| 2.3 讨论 | 第46-48页 |
| 2.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 3 马鹿鹿茸增生区茸皮和软骨转录组功能注释及代谢通路分析 | 第49-67页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-50页 |
| 3.1.1 All-Unigene表达量计算 | 第49页 |
| 3.1.2 功能注释 | 第49-50页 |
| 3.2 结果 | 第50-63页 |
| 3.2.1 蛋白数据库比对结果 | 第50-51页 |
| 3.2.2 COG功能分类 | 第51-55页 |
| 3.2.4 CDS区的预测与分析 | 第55-56页 |
| 3.2.5 KEGG通路分析 | 第56-61页 |
| 3.2.6 茸皮中生长因子及其受体 | 第61-63页 |
| 3.2.7 利用realtime-qPCR确认茸皮中生长因子及其受体表达 | 第63页 |
| 3.3 讨论 | 第63-66页 |
| 3.4 本章小结 | 第66-67页 |
| 4 马鹿鹿茸增生区茸皮和软骨转录组差异表达基因分析 | 第67-81页 |
| 4.1 材料与方法 | 第67页 |
| 4.2 结果 | 第67-77页 |
| 4.2.1 鹿茸角中高丰度表达基因 | 第67-68页 |
| 4.2.2 鹿茸组织特异性表达基因 | 第68页 |
| 4.2.3 GO功能富集分析 | 第68-72页 |
| 4.2.4 KEGG Pathway富集分析 | 第72-77页 |
| 4.3 讨论 | 第77-79页 |
| 4.4 本章小结 | 第79-81页 |
| 结论 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-93页 |
| 附录 | 第93-129页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
