| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第15-24页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第15-17页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第17-22页 |
| 1.2.1 疾病相关的miRNAs计算预测方法 | 第17-19页 |
| 1.2.2 疾病相关的lncRNAs计算预测方法 | 第19-22页 |
| 1.3 本文研究目的及主要工作 | 第22页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第22-24页 |
| 第2章 相似性网络的构建方法 | 第24-42页 |
| 2.1 miRNAS的作用机制以及与疾病的关联 | 第24-25页 |
| 2.2 lnRNAs的作用机制以及疾病的关联 | 第25-27页 |
| 2.3 相关的数据资源 | 第27-31页 |
| 2.3.1 miRNAs与疾病关联数据库 | 第27-29页 |
| 2.3.2 lncRNAs与疾病关联数据库 | 第29页 |
| 2.3.3 miRNAs与靶标基因相互作用数据库 | 第29-30页 |
| 2.3.4 lncRNAs相关的相互作用数据库 | 第30-31页 |
| 2.4 相似性网络构建方法 | 第31-40页 |
| 2.4.1 疾病相似性网络构建方法 | 第31-36页 |
| 2.4.2 miRNAs相似性网络构建方法 | 第36-38页 |
| 2.4.3 lncRNAs相似性网络构建方法 | 第38-40页 |
| 2.5 小结 | 第40-42页 |
| 第3章 基于网络一致性投影预测MIRNAS与疾病关联 | 第42-68页 |
| 3.1 问题描述 | 第42-43页 |
| 3.2 NCPMDA模型的框架结构 | 第43-44页 |
| 3.3 数据集及预处理 | 第44-46页 |
| 3.4 相似性网络重构 | 第46-47页 |
| 3.5 基于网络一致性投影方法预测疾病相关的miRNAs | 第47-50页 |
| 3.5.1 空间向量投影的基本概念 | 第47-48页 |
| 3.5.2 预测得分计算 | 第48-49页 |
| 3.5.3 NCPMDA模型的LOOCV算法描述 | 第49-50页 |
| 3.6 实验及结果分析 | 第50-67页 |
| 3.6.1 预测结果评价方法 | 第50-51页 |
| 3.6.2 比较方法的选择与描述 | 第51-53页 |
| 3.6.3 性能评估 | 第53-57页 |
| 3.6.4 案例研究 | 第57-67页 |
| 3.7 小结 | 第67-68页 |
| 第4章 基于协同过滤推荐方法预测疾病相关的MIRNAS | 第68-96页 |
| 4.1 问题描述 | 第68-69页 |
| 4.2 NetCF预测模型的框架结构 | 第69页 |
| 4.3 数据集及预处理 | 第69-72页 |
| 4.4 构建疾病相似性网络和miRNAs相似性网络 | 第72-76页 |
| 4.4.1 信息量、信息熵和互信息的概念 | 第72-73页 |
| 4.4.2 构建miRNAs相似性网络 | 第73页 |
| 4.4.3 构建疾病相似性网络 | 第73-76页 |
| 4.5 基于协同过滤的推荐算法预测疾病相关的miRNAs | 第76-79页 |
| 4.5.1 协同过滤推荐算法介绍 | 第76-77页 |
| 4.5.2 NetCF模型预测得分计算 | 第77-78页 |
| 4.5.3 NetCF预测模型的LOOCV算法描述 | 第78-79页 |
| 4.6 实验及结果分析 | 第79-94页 |
| 4.6.1 比较方法的选择与描述 | 第79-81页 |
| 4.6.2 性能评估 | 第81-82页 |
| 4.6.3 参数对NetCF模型的影响 | 第82-83页 |
| 4.6.4 案例研究 | 第83-94页 |
| 4.7 小结 | 第94-96页 |
| 第5章 基于全局网络的随机游走方法预测疾病相关的LNCRNAS | 第96-115页 |
| 5.1 问题描述 | 第96-97页 |
| 5.2 GrwLDA预测模型的框架结构 | 第97-98页 |
| 5.3 数据集及预处理 | 第98-99页 |
| 5.4 相似性网络重构 | 第99页 |
| 5.4.1 疾病相似性网络重构 | 第99页 |
| 5.4.2 lncRNA相似性网络重构 | 第99页 |
| 5.5 基于随机游走方法预测疾病相关的lncRNA | 第99-103页 |
| 5.5.1 随机游走方法介绍 | 第99-100页 |
| 5.5.2 预测得分计算 | 第100-102页 |
| 5.5.3 预测模型的LOOCV算法描述 | 第102-103页 |
| 5.6 实验及结果分析 | 第103-112页 |
| 5.6.1 比较方法的选择与描述 | 第103-106页 |
| 5.6.2 性能评估 | 第106-108页 |
| 5.6.3 参数对GrwLDA模型的影响 | 第108-109页 |
| 5.6.4 案例研究 | 第109-111页 |
| 5.6.5 应用GrwLDA预测孤立疾病相关的lncRNAs | 第111-112页 |
| 5.6.6 应用GrwLDA预测孤立lncRNA关联的疾病 | 第112页 |
| 5.7 小结 | 第112-115页 |
| 结论 | 第115-119页 |
| 参考文献 | 第119-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 附录A 实验结果增补表格 | 第131-138页 |
| 附录B 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第138-139页 |
| 附录C 攻读博士学位期间主要参与的课题 | 第139页 |
