| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 目录 | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 G蛋白偶联受体研究概况 | 第8-10页 |
| 1.2 CCR5蛋白简介 | 第10-14页 |
| 第二章 研究材料和方法概述 | 第14-21页 |
| 2.1 CCR5蛋白晶体结构 | 第14-16页 |
| 2.2 基本方法理论概述 | 第16-19页 |
| 2.2.1 同源模建 | 第16-17页 |
| 2.2.2 能量优化 | 第17-18页 |
| 2.2.3 分子动力学模拟 | 第18页 |
| 2.2.4 本质动力学 | 第18-19页 |
| 2.3 工具软件介绍 | 第19-21页 |
| 第三章 膜环境与水环境中CCR5的分子动力学模拟及动力学性质比较 | 第21-43页 |
| 3.1 CCR5结构模型构建 | 第21-23页 |
| 3.1.1 分子序列的准备 | 第21页 |
| 3.1.2 模板选择与处理 | 第21-22页 |
| 3.1.3 模型构建及评价 | 第22-23页 |
| 3.2 CCR5分子动力学模拟 | 第23-29页 |
| 3.2.1 CCR5在水环境下的分子动力学模拟 | 第24-25页 |
| 3.2.1.1 真空中的能量优化 | 第24页 |
| 3.2.1.2 定义盒子并加入溶剂 | 第24-25页 |
| 3.2.1.3 体系温度和压力平衡 | 第25页 |
| 3.2.1.4 生产动力学模拟 | 第25页 |
| 3.2.2 CCR5在膜环境下的分子动力学模拟 | 第25-29页 |
| 3.2.2.1 力场文件预处理 | 第26页 |
| 3.2.2.2 真空中的能量优化 | 第26页 |
| 3.2.2.3 定义盒子和溶剂 | 第26-28页 |
| 3.2.2.4 体系温度和压力平衡 | 第28页 |
| 3.2.2.5 生产动力学模拟 | 第28-29页 |
| 3.3 分子动力学模拟结果及讨论 | 第29-43页 |
| 3.3.1 实验结果及分析 | 第29-41页 |
| 3.3.1.1 结构稳定性和柔性分析 | 第29-31页 |
| 3.3.1.2 几何性质比较 | 第31-34页 |
| 3.3.1.3 构象柔性 | 第34-36页 |
| 3.3.1.4 本质动力学分析 | 第36-41页 |
| 3.3.2 结论 | 第41-43页 |
| 附录 | 第43-55页 |
| 附录1 文中主要专业名词及缩略语 | 第43页 |
| 附录2 实验涉及的的脚本 | 第43-52页 |
| 附录3 动力学模拟过程中所用的mdp文件参数 | 第52-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 致谢 | 第60页 |