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G蛋白偶联受体CCR5在膜环境与水环境中的动力学比较

摘要第3-4页
Abstract第4-5页
目录第6-8页
第一章 绪论第8-14页
    1.1 G蛋白偶联受体研究概况第8-10页
    1.2 CCR5蛋白简介第10-14页
第二章 研究材料和方法概述第14-21页
    2.1 CCR5蛋白晶体结构第14-16页
    2.2 基本方法理论概述第16-19页
        2.2.1 同源模建第16-17页
        2.2.2 能量优化第17-18页
        2.2.3 分子动力学模拟第18页
        2.2.4 本质动力学第18-19页
    2.3 工具软件介绍第19-21页
第三章 膜环境与水环境中CCR5的分子动力学模拟及动力学性质比较第21-43页
    3.1 CCR5结构模型构建第21-23页
        3.1.1 分子序列的准备第21页
        3.1.2 模板选择与处理第21-22页
        3.1.3 模型构建及评价第22-23页
    3.2 CCR5分子动力学模拟第23-29页
        3.2.1 CCR5在水环境下的分子动力学模拟第24-25页
            3.2.1.1 真空中的能量优化第24页
            3.2.1.2 定义盒子并加入溶剂第24-25页
            3.2.1.3 体系温度和压力平衡第25页
            3.2.1.4 生产动力学模拟第25页
        3.2.2 CCR5在膜环境下的分子动力学模拟第25-29页
            3.2.2.1 力场文件预处理第26页
            3.2.2.2 真空中的能量优化第26页
            3.2.2.3 定义盒子和溶剂第26-28页
            3.2.2.4 体系温度和压力平衡第28页
            3.2.2.5 生产动力学模拟第28-29页
    3.3 分子动力学模拟结果及讨论第29-43页
        3.3.1 实验结果及分析第29-41页
            3.3.1.1 结构稳定性和柔性分析第29-31页
            3.3.1.2 几何性质比较第31-34页
            3.3.1.3 构象柔性第34-36页
            3.3.1.4 本质动力学分析第36-41页
        3.3.2 结论第41-43页
附录第43-55页
    附录1 文中主要专业名词及缩略语第43页
    附录2 实验涉及的的脚本第43-52页
    附录3 动力学模拟过程中所用的mdp文件参数第52-55页
参考文献第55-60页
致谢第60页

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