| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 微生物燃料电池 | 第11-12页 |
| 1.2 产电微生物Shewanella oneidensis MR-1 | 第12-13页 |
| 1.3 基因芯片与基因表达数据 | 第13-14页 |
| 1.4 全基因组代谢网络及分析 | 第14-15页 |
| 1.4.1 全基因组代谢网络 | 第14页 |
| 1.4.2 代谢网络分析 | 第14-15页 |
| 1.5 整合基因表达数据的代谢网络分析方法 | 第15-19页 |
| 1.5.1 代谢网络与基因表达的关系 | 第16页 |
| 1.5.2 整合基因表达数据分析代谢网络方法 | 第16-18页 |
| 1.5.3 整合转录组学分析代谢网络的平台和工具 | 第18-19页 |
| 1.6 本论文主要工作 | 第19-21页 |
| 1.6.1 课题目的和研究内容 | 第19页 |
| 1.6.2 研究意义 | 第19-20页 |
| 1.6.3 论文组织 | 第20-21页 |
| 第二章 整合表达数据的FBA方法研究 | 第21-37页 |
| 2.1 算法原理 | 第21-24页 |
| 2.1.1 FBA分析原理 | 第21-22页 |
| 2.1.2 相对阈值法 | 第22-23页 |
| 2.1.3 函数法 | 第23-24页 |
| 2.2 数据和方法 | 第24-28页 |
| 2.2.1 大肠杆菌代谢网络数据和基因表达数据 | 第24-25页 |
| 2.2.2 方法和分析流程 | 第25-28页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第28-35页 |
| 2.3.1 相对阈值法分析结果 | 第29-32页 |
| 2.3.2 函数法分析结果 | 第32-34页 |
| 2.3.3 方法比较分析 | 第34-35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 函数法分析产电菌代谢活动 | 第37-49页 |
| 3.1 数据和方法 | 第37-40页 |
| 3.1.1 Shewanella oneidensis MR-1代谢网络数据 | 第37-39页 |
| 3.1.2 Shewanella oneidensis MR-1基因表达数据 | 第39页 |
| 3.1.3 方法 | 第39-40页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第40-47页 |
| 3.2.1 GSE20379数据集分析结果 | 第40-43页 |
| 3.2.2 GSE25821数据集分析结果 | 第43-47页 |
| 3.3 本章小结 | 第47-49页 |
| 第四章 整合表达数据的代谢网络分析算法包BOAT | 第49-55页 |
| 4.1 BOAT算法包需求分析 | 第49页 |
| 4.2 开发平台 | 第49-51页 |
| 4.3 算法开发流程 | 第51-54页 |
| 4.3.1 预处理模块 | 第52-53页 |
| 4.3.2 基因表达状态判定模块 | 第53页 |
| 4.3.3 整合分析代谢网络模块 | 第53-54页 |
| 4.3.4 算法包BOAT使用 | 第54页 |
| 4.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第五章 总结与展望 | 第55-57页 |
| 5.1 论文总结 | 第55-56页 |
| 5.2 展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录 | 第63-71页 |
| 致谢 | 第71-73页 |
| 作者简介 | 第73页 |
