| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 符号说明 | 第8-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| ·肺炎克雷伯菌简介 | 第12-15页 |
| ·肺炎克雷伯菌流行现状 | 第12页 |
| ·肺炎克雷伯菌耐药现状 | 第12-14页 |
| ·肺炎克雷伯菌致病因子 | 第14-15页 |
| ·微生物基因组学 | 第15-18页 |
| ·DNA 测序技术 | 第15-16页 |
| ·微生物基因组学 | 第16-17页 |
| ·比较基因组学 | 第17-18页 |
| ·可移动基因组简介 | 第18-23页 |
| ·基因组岛的进化 | 第19-21页 |
| ·基因组岛的识别 | 第21-22页 |
| ·基因组岛的定向克隆 | 第22-23页 |
| ·本研究的主要工作 | 第23-25页 |
| 第二章 材料和方法 | 第25-36页 |
| ·实验材料 | 第25-28页 |
| ·菌株和质粒 | 第25-26页 |
| ·培养基和化学试剂 | 第26-27页 |
| ·酶及主要试剂 | 第27-28页 |
| ·实验方法 | 第28-36页 |
| ·菌种培养及保藏 | 第28页 |
| ·DNA 的提取 | 第28-29页 |
| ·DNA 的操作 | 第29-31页 |
| ·常规PCR 扩增 | 第31-32页 |
| ·tRIP-PCR 考察基因组岛的分布 | 第32页 |
| ·酵母醋酸锂转化 | 第32-33页 |
| ·递缩PCR 验证酵母转化子 | 第33页 |
| ·荧光实时定量PCR | 第33页 |
| ·蛋白预表达 | 第33-34页 |
| ·SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第34-35页 |
| ·基因组测序及生物信息学分析 | 第35-36页 |
| 第三章 肺炎克雷伯菌基因组岛的定向重组 | 第36-46页 |
| ·肺炎克雷伯菌tRNA 基因位点基因组岛的筛查 | 第36-39页 |
| ·肺炎克雷伯菌外源基因组岛插入热点的识别 | 第36-38页 |
| ·肺炎克雷伯菌基因组岛的tRIP-PCR 筛查 | 第38-39页 |
| ·肺炎克雷伯菌tRNA 基因位点基因组岛的定向重组 | 第39-44页 |
| ·肺炎克雷伯菌tRNA 基因位点酵母捕捉载体的构建 | 第39-42页 |
| ·肺炎克雷伯菌tmRNA 基因位点基因组岛的定向克隆 | 第42-44页 |
| ·肺炎克雷伯菌tmRNA 基因位点基因组岛的测序及注释 | 第44-45页 |
| ·小结与展望 | 第45-46页 |
| 第四章 肺炎克雷伯菌基因组岛的初步功能分析 | 第46-59页 |
| ·w49 菌株中tmRNA 基因位点基因组岛的初步功能分析 | 第46-49页 |
| ·基因组岛tmGI_Kpw49 的序列分析 | 第46-47页 |
| ·基因组岛tmGI_Kpw49 的功能分析 | 第47-49页 |
| ·HS04035 中tm RNA 基因位点基因组岛的初步功能分析 | 第49-54页 |
| ·基因组岛tmGI_Kp35 的比较分析 | 第49-52页 |
| ·基因组岛tmGI_Kp35 的环出鉴定 | 第52-53页 |
| ·P2-like 噬菌体的功能分析 | 第53-54页 |
| ·肺炎克雷伯菌tmRNA 基因位点岛缺失突变株的构建 | 第54-57页 |
| ·自杀性质粒的构建 | 第54-55页 |
| ·tmRNA 基因位点基因组岛缺失突变株的构建 | 第55-57页 |
| ·小结与展望 | 第57-59页 |
| 第五章 肺炎克雷伯菌HS11286 的全基因组测序 | 第59-75页 |
| ·肺炎克雷伯菌HS11286 全基因组的拼装 | 第59页 |
| ·肺炎克雷伯菌HS11286 全基因组的注释及分析 | 第59-63页 |
| ·复制起始位点的预测 | 第59-60页 |
| ·基因组的注释及COG 分类 | 第60-63页 |
| ·肺炎克雷伯菌的比较基因组分析 | 第63-72页 |
| ·HS11286 基因组染色体的比较分析 | 第63-69页 |
| ·HS11286 质粒的比较分析 | 第69-72页 |
| ·小结与展望 | 第72-75页 |
| 第六章 总结 | 第75-76页 |
| 附录 | 第76-84页 |
| 参考文献 | 第84-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第95-97页 |
