链霉菌海洋环境适应机制的泛基因组学研究
| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-26页 |
| ·泛基因组学概述 | 第14-17页 |
| ·泛基因组学的基本概念 | 第14-15页 |
| ·泛基因组学的应用和研究意义 | 第15-17页 |
| ·细菌对海洋环境的适应性 | 第17-20页 |
| ·海洋环境特点 | 第17-18页 |
| ·细菌对海洋环境的适应机制 | 第18-20页 |
| ·链霉菌研究概况 | 第20-24页 |
| ·链霉菌基因组学研究 | 第21-22页 |
| ·链霉菌的生境多样性 | 第22-23页 |
| ·海洋链霉菌 | 第23-24页 |
| ·研究目的与意义 | 第24页 |
| ·主要研究工作和结构 | 第24-26页 |
| 第2章 材料与方法 | 第26-32页 |
| ·链霉菌菌株来源 | 第26-28页 |
| ·基因组测序、拼接与注释 | 第28页 |
| ·基因组测序与拼接 | 第28页 |
| ·基因组注释 | 第28页 |
| ·泛基因组学分析 | 第28-31页 |
| ·泛基因组特征分析 | 第28-29页 |
| ·菌株演化分析 | 第29页 |
| ·菌株演化过程中的基因得失分析 | 第29-30页 |
| ·单拷贝核心基因序列一致性分析 | 第30页 |
| ·核心基因功能富集分析 | 第30页 |
| ·底物转运系统 | 第30-31页 |
| ·KEGG代谢通路分析 | 第31页 |
| ·CRISPRs基因组成分析 | 第31-32页 |
| 第3章 结果 | 第32-44页 |
| ·基因组拼接与注释 | 第32-34页 |
| ·基因组特征比较 | 第34页 |
| ·泛基因组学分析 | 第34-43页 |
| ·泛基因组大小及其特征曲线 | 第34-35页 |
| ·核心基因及菌株特异性基因组分布 | 第35-36页 |
| ·演化分析 | 第36-38页 |
| ·菌株演化过程中的基因得失 | 第38-39页 |
| ·单拷贝核心基因序列一致性 | 第39-40页 |
| ·核心基因的功能富集 | 第40-41页 |
| ·转运蛋白家族比较 | 第41-42页 |
| ·KEGG代谢通路 | 第42-43页 |
| ·CRISPRs基因组成 | 第43-44页 |
| 第4章 讨论 | 第44-52页 |
| ·链霉菌基因组拼接 | 第44页 |
| ·基因组特征与生境的关系 | 第44-46页 |
| ·链霉菌海洋环境适应机制 | 第46-52页 |
| ·渗透压和低温适应性 | 第46-47页 |
| ·寡营养适应性 | 第47-49页 |
| ·噬菌体抗性 | 第49-50页 |
| ·其他海洋适应性 | 第50-52页 |
| 第5章 总结 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-64页 |
| 附录 | 第64-66页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第66页 |
