| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第12-17页 |
| 第一章 引言 | 第17-31页 |
| 1 微生物生态 | 第17-22页 |
| ·微生物生态的作用及多样性 | 第17页 |
| ·共生与植物微生态 | 第17-19页 |
| ·内共生与植物内源原核基因 | 第19-22页 |
| ·植物叶绿体概述 | 第19页 |
| ·叶绿体的进化 | 第19-20页 |
| ·植物线粒体概述 | 第20-21页 |
| ·植物线粒体的进化 | 第21-22页 |
| 2 铁皮石斛微生态及其功能 | 第22-26页 |
| ·铁皮石斛概述 | 第22-23页 |
| ·石斛属药用植物概况 | 第22页 |
| ·铁皮石斛的药用价值 | 第22页 |
| ·铁皮石斛资源现状 | 第22-23页 |
| ·铁皮石斛微生态及其功能 | 第23-26页 |
| ·内生菌的概念 | 第23-24页 |
| ·兰科植物内生菌研究历史 | 第24页 |
| ·兰科植物内生菌的功能研究进展 | 第24-25页 |
| ·内生真菌的功能研究 | 第24-25页 |
| ·内生细菌的功能研究 | 第25页 |
| ·铁皮石斛内生菌研究进展 | 第25-26页 |
| 3 微生物生态学研究方法 | 第26-29页 |
| ·传统微生物生态学研究方法 | 第26-27页 |
| ·分子微生物生态学方法 | 第27-29页 |
| 4 本论文的研究目的及意义 | 第29-31页 |
| 第二章 铁皮石斛 rRNA 基因多样性及其进化关系 | 第31-46页 |
| 1 实验材料 | 第31页 |
| ·常用细菌 16S rRNA 基因通用引物序列 | 第31页 |
| 2 实验方法 | 第31-34页 |
| ·植物及其内生细菌的 rRNA 基因多样性分析 | 第31-34页 |
| ·PCR 扩增 | 第31-32页 |
| ·扩增产物的纯化与连接 | 第32-33页 |
| ·转化 | 第33页 |
| ·重组质粒的提取 | 第33-34页 |
| ·重组质粒鉴定 | 第34页 |
| ·测序及分析 | 第34页 |
| ·铁皮石斛 rRNA 基因序列与 E.coli 16S rRNA 基因序列的同源性 | 第34页 |
| ·细菌通用引物与铁皮石斛 rRNA 基因序列的同源性 | 第34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-44页 |
| ·铁皮石斛 rRNA 基因的多样性分析 | 第34-35页 |
| ·铁皮石斛 rRNA 基因的同源性分析 | 第35-39页 |
| ·铁皮石斛 rRNA 基因和大肠杆菌 16S rRNA 基因的相似性 | 第39-44页 |
| 4 小结与讨论 | 第44-46页 |
| 第三章 铁皮石斛内生细菌的分子生态学 | 第46-71页 |
| 1 实验材料 | 第46-47页 |
| ·供试菌株 | 第46-47页 |
| ·铁皮石斛样品 | 第47页 |
| 2 实验方法 | 第47-52页 |
| ·铁皮石斛样品预处理及 DNA 提取方法 | 第47-48页 |
| ·预处理方法 | 第47页 |
| ·铁皮石斛的基因组 DNA 提取 | 第47-48页 |
| ·铁皮石斛内生细菌的引物设计与评价 | 第48-50页 |
| ·引物设计 | 第48页 |
| ·引物的筛选 | 第48-49页 |
| ·PCR 扩增条件优化 | 第49页 |
| ·引物的评价 | 第49-50页 |
| ·铁皮石斛内生细菌的分子生态学分析 | 第50-52页 |
| ·巢式引物的设计 | 第50页 |
| ·样品 DNA 的 PCR 扩增 | 第50-51页 |
| ·DGGE 分析 | 第51页 |
| ·电泳 | 第51页 |
| ·染色 | 第51页 |
| ·割胶回收 | 第51-52页 |
| ·DGGE 条带的克隆与测序 | 第52页 |
| ·PCR 扩增 | 第52页 |
| ·克隆及序列分析 | 第52页 |
| 3 结果与分析 | 第52-69页 |
| ·引物的设计 | 第52-53页 |
| ·引物的筛选 | 第53-54页 |
| ·PCR 扩增条件优化 | 第54-55页 |
| ·引物 fM1 和 rC5 的特异性评价 | 第55-59页 |
| ·引物 fM1 和 rC5 的通用性评价 | 第59-60页 |
| ·铁皮石斛内生细菌的分子生态学分析 | 第60-69页 |
| ·铁皮石斛基因组 DNA 的提取 | 第60-62页 |
| ·巢式 PCR 扩增引物的选择 | 第62页 |
| ·巢氏 PCR | 第62-64页 |
| ·DGGE 电泳 | 第64-65页 |
| ·测序结果分析 | 第65-69页 |
| 4 小结与讨论 | 第69-71页 |
| 第四章 铁皮石斛内生细菌的多样性 | 第71-88页 |
| 1 实验材料 | 第71页 |
| ·铁皮石斛样品 | 第71页 |
| 2 实验方法 | 第71-74页 |
| ·内生细菌的分离与培养 | 第71页 |
| ·菌种纯化与保存 | 第71-72页 |
| ·内生细菌的初步鉴定 | 第72-73页 |
| ·形态观察 | 第72页 |
| ·16S rRNA 基因的扩增与测序 | 第72-73页 |
| ·优势菌的酶活力检测 | 第73-74页 |
| ·蛋白酶活性检测 | 第73页 |
| ·淀粉酶活性检测 | 第73页 |
| ·卵磷脂酶活性检测 | 第73-74页 |
| ·固氮酶活性检测 | 第74页 |
| 3 结果与分析 | 第74-87页 |
| ·内生细菌分离结果 | 第74页 |
| ·铁皮石斛内生细菌的优势种群分析 | 第74-87页 |
| ·FHGXJ15-1 | 第75-76页 |
| ·XSG2 | 第76-77页 |
| ·FHJXJ3 | 第77-78页 |
| ·FHGXJ7 | 第78-79页 |
| ·FHJXJ5 | 第79-81页 |
| ·XSG10 | 第81-82页 |
| ·XSG12 | 第82-83页 |
| ·XSG14 | 第83-84页 |
| ·XSG7 | 第84-85页 |
| ·QYGXJ12 | 第85-86页 |
| ·QYJXJ4(QYGXJ13) | 第86-87页 |
| 4 小结与讨论 | 第87-88页 |
| 第五章 总结 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-96页 |
| 硕士期间研究成果 | 第96-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 附录一 培养基的配制 | 第98-99页 |
| 附录二 重要溶液配制 | 第99-100页 |
