含特殊小分子的蛋白质结构预测研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-17页 |
| ·课题背景 | 第13-14页 |
| ·研究内容 | 第14-15页 |
| ·研究意义 | 第15页 |
| ·本文的组织结构 | 第15-17页 |
| 第二章 水分子与铜离子研究现状及相关方法 | 第17-27页 |
| ·蛋白质结构简介 | 第17-18页 |
| ·水分子研究现状及常用方法 | 第18-20页 |
| ·结合位点处水分子的分类以及数目与受体配体的关系 | 第18-19页 |
| ·水分子对于受体配体结合的影响 | 第19-20页 |
| ·蛋白质配体对接柔性 | 第20-21页 |
| ·铜离子的研究现状及方法 | 第21-22页 |
| ·铜离子的空间几何特性 | 第21-22页 |
| ·铜离子对于蛋白质结构的影响 | 第22页 |
| ·Rosetta 之相关方法 | 第22-26页 |
| ·蛋白质在计算机中的表示 | 第22-23页 |
| ·RosettaLigand 对接技术 | 第23-25页 |
| ·Rosetta 常用Mover介绍 | 第25-26页 |
| ·本章小结 | 第26-27页 |
| 第三章 含有显式水分子的蛋白质配体对接研究 | 第27-42页 |
| ·问题描述 | 第27页 |
| ·材料与方法 | 第27-32页 |
| ·测试集的选取 | 第27-30页 |
| ·RosettaLigand对接算法 | 第30页 |
| ·含有水分子的对接算法 | 第30-32页 |
| ·结果 | 第32-38页 |
| ·测试集一结果 | 第32-34页 |
| ·测试集二结果 | 第34-36页 |
| ·测试集三结果 | 第36页 |
| ·测试集四结果 | 第36-38页 |
| ·讨论与结论 | 第38-41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 第四章 含有水分子的柔性交叉对接研究 | 第42-52页 |
| ·引言 | 第42-43页 |
| ·材料和方法 | 第43-46页 |
| ·实验数据集 | 第43-44页 |
| ·对接逻辑 | 第44-46页 |
| ·结果与讨论 | 第46-49页 |
| ·测试集一结果 | 第46-49页 |
| ·测试集二结果 | 第49页 |
| ·本章小结 | 第49-52页 |
| 第五章 含铜蛋白结构研究初探 | 第52-59页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·材料和方法 | 第52-53页 |
| ·数据集 | 第52-53页 |
| ·约束项能量函数 | 第53页 |
| ·结果和讨论 | 第53-57页 |
| ·铜离子结合模式 | 第54-55页 |
| ·铜离子结合模式在蛋白质结构预测中的应用 | 第55-57页 |
| ·本章小结 | 第57-59页 |
| 第六章 总结与展望 | 第59-61页 |
| ·工作总结 | 第59页 |
| ·研究展望 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-66页 |
| 发表文章目录及参与科研项目 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
