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家蚕sch系统胚胎期高温致死性的基因表达差异研究

中文摘要第1-18页
英文摘要第18-29页
主要缩略词表第29-30页
1 文献综述第30-62页
 1.1 家蚕性别控制及单养雄蚕的研究进展第30-35页
  1.1.1 蚕的自发单性生殖第30页
  1.1.2 蚕的诱发单性生殖第30-31页
   1.1.2.1 雄性化的单性生殖第31页
   1.1.2.2 雄核发育第31页
  1.1.3 利用形态标记鉴别雌雄第31-33页
   1.1.3.1 限性斑纹系统第32页
   1.1.3.2 限性蚁色系统第32页
   1.1.3.3 限性卵色系统第32-33页
  1.1.4 基因作用控制性别第33-34页
   1.1.4.1 伴性平衡致死系统第33-34页
   1.1.4.2 非性连锁平衡致死系第34页
  1.1.5 环境与基因互作控制性别第34-35页
 1.2 基因表达的比较研究技术和全长cDNA基因的克隆策略第35-62页
  1.2.1 在转录水平研究基因表达差异的经典方法第36-37页
   1.2.1.1 Northern印跡法第36页
   1.2.1.2 RNase保护试验第36页
   1.2.1.3 减法cDNA文库技术第36-37页
  1.2.2 在转录水平研究基因表达差异的现代方法第37-62页
   1.2.2.1 差别显示(Differential Display)第37-44页
    1.2.2.1.1 基因差别显示的基本原理和步骤第37-38页
    1.2.2.1.2 差别显示的优点第38-39页
    1.2.2.1.3 差别显示的不足之处第39-40页
    1.2.2.1.4 差别显示方法和技术上的改良第40-42页
     1.2.2.1.4.1 DD-PCR方法本身的改进第40页
     1.2.2.1.4.2 DD-PCR技术的改进第40-42页
      1.2.2.1.4.2.1 代表性差异分析(RDA)第40-41页
      1.2.2.1.4.2.2 RC4D法第41-42页
      1.2.2.1.4.2.3 cDNA-AFLP法第42页
    1.2.2.2 表达序列标签(ESTs)第42页
    1.2.2.3 基因表达的连续分析(SAGE)第42-44页
    1.2.2.4 DNA微阵列法(DNA microarray)第44页
   1.2.3 在翻译水平研究基因表达差异的技术方法第44-48页
    1.2.3.1 蛋白质的2D-PAGE分离第45-46页
    1.2.3.2 蛋白质的鉴定第46页
    1.2.3.3 表达蛋白质的作图第46-47页
    1.2.3.4 蛋白质复合物的鉴定第47-48页
   1.2.4 克隆全长cDNA基因第48-62页
    1.2.4.1 利用PCR技术筛选cDNA文库获取全长cDNA基因(RC—PCR)第48-49页
    1.2.4.2 快速简便的cDNA末端快速扩增法(RACE)第49-61页
     1.2.4.2.1 RACE技术的基本原理及步骤第50-52页
     1.2.4.2.2 RACE技术的优化和改良第52-61页
      1.2.4.2.2.1 反转录第52-53页
      1.2.4.2.2.2 TdT加尾和第二链合成第53-54页
      1.2.4.2.2.3 加尾的其它替代方法第54-56页
      1.2.4.2.2.4 PCR扩增第56-61页
       1.2.4.2.2.4.1 PCR的忠实性问题第56-57页
       1.2.4.2.2.4.2 引物的设计第57页
       1.2.4.2.2.4.3 PCR参数第57-58页
       1.2.4.2.2.4.4 增加特异性第58-59页
       1.2.4.2.2.4.5 RACE产物的克隆第59-61页
    1.2.4.3 mRNA 5’-端逐渐步移技术第61页
    1.2.4.4 用锚定PCR从基因文库中快速扩增基因末端(RAGE)第61-62页
    1.2.4.5 利用RACE技术及EST重叠片断拼接法寻找全长基因。第62页
2 引言第62-65页
 2.1 研究背景及研究意义第63-64页
 2.2 技术路线第64-65页
3 材料与方法第65-76页
 3.1 供试材料第65页
  3.1.1 材料来源和特性第65页
  3.1.2 蚕种的催青处理及取样第65页
 3.2 总RNA的制备第65-67页
  3.2.1 RNA提取前的准备工作第65-66页
  3.2.2 总RNA的提取第66页
  3.2.3 提取总RNA的纯度鉴定及含量测定第66页
  3.2.4 总RNA样品中DNA的去除第66-67页
 3.3 基因的差别显示第67-69页
  3.3.1 差别显示的引物第67页
  3.3.2 反转录反应,(第一链cDNA的合成)第67-68页
  3.3.3 PCR扩增(双链cDNA的合成)第68页
  3.3.4 测序胶(6%变性PAG)电泳第68页
  3.3.5 采用非放射性的银染法第68-69页
 3.4 cDNA目的片段的回收及探针的再扩增第69页
  3.4.1 cDNA目的片段的回收第69页
  3.4.2 探针的再扩增第69页
 3.5 Northern Blot检测第69-71页
  3.5.1 标记DNA探针第69页
  3.5.2 标记效率检测第69-70页
  3.5.3 变性琼脂糖凝胶电泳第70页
  3.5.4 转印及构筑转印平台第70页
  3.5.5 Northern杂交第70-71页
  3.5.6 洗膜(在杂交炉中进行)第71页
  3.5.7 显色第71页
 3.6 差异片段的克隆第71-74页
  3.6.1 质粒载体的制备第71-72页
  3.6.2 目的片段的准备:第72页
  3.6.3 目的片段与载体的连接第72页
  3.6.4 感受态细胞的制备第72页
  3.6.5 转化第72-73页
  3.6.6 阳性克隆的筛选及验证第73-74页
 3.7 测序第74页
 3.8 特异差示片段的5’-RACE延伸第74-76页
  3.8.1 5’-RACE基因特异引物(GSP)的设计第74页
  3.8.2 用于5’-RACE的总RNA的分离第74页
  3.8.3 第一链cDNA的合成第74-75页
  3.8.4 用GlassMAX DNA Isolation Spin Cartridge纯化第一链cDNA第75页
  3.8.5 纯化cDNA的TdT加尾第75页
  3.8.6 加尾的cDNA的PCR第75-76页
  3.8.7 嵌套式PCR扩增(Nested Amplification)第76页
  3.8.8 5’-RACE产物的克隆:同差示片段的克隆。采用的是自制T载体的T-A克隆法第76页
4 结果与分析第76-101页
 4.1 总RNA的提取第76-77页
 4.2 不同催青处理蚕卵的mRNA差别显示第77-79页
 4.3 特异cDNA片段的再扩增第79页
 4.4 差示片段的克隆第79-80页
 4.5 差示特异cDNA片段的序列第80-81页
  4.5.1 高温干燥催青24h的特异差示片段的序列第80-81页
  4.5.2 高温干燥催青36h的特异差示片段的序列第81页
 4.6 差异片段的Northern杂交鉴定第81页
 4.7 5’-RACE的第一、二轮PCR扩增产物第81-83页
 4.8 特异5’-RACE产物的回收和再扩增产物第83页
 4.9 5’-RACE延伸产物R600和R1000的克隆和重组质粒滞后鉴定第83-84页
 4.10 5’-RACE延伸产物R500和R1000的重组质粒的酶切鉴定第84-85页
 4.11 5’-RACE延伸片段的序列及其与差示序列的拼接第85-87页
  4.11.1 5’-RACE产物R_(561)的原始序列第85页
  4.11.2 5’-RACE产物R1030的原始序列第85-86页
  4.11.3 5’-RACE产物R561和R1030与差示片段8G273的拼接第86-87页
 4.12 拼接序列S749和S1214的序列分析第87-101页
  4.12.1 核酸同源性分析第87-89页
   4.12.1.1 S749的核酸同源性分析第87页
   4.12.1.2 S1214的核酸同源性分析第87-89页
  4.12.2 拼接序列S749和S1214的可能的ORFs第89-92页
   4.12.2.1 拼接序列S749的可能的ORFs第89-90页
   4.12.2.2 拼接序列S1214的可能的ORFs第90-92页
  4.12.3 推定蛋白质ORF的同源性分析第92-94页
   4.12.3.1 S749的推定蛋白质ORF的同源性分析第92-93页
   4.12.3.2 S1214的推定蛋白质ORF的同源性分析第93-94页
  4.12.4 S1214的ORF与家蚕gag-like protein的分析第94-95页
  4.12.5 S749和S1214的编码区分析第95-96页
   4.12.5.1 S749的编码区分析第95页
   4.12.5.2 S1214的编码区分析第95-96页
  4.12.6 序列S1214与gag基因的同源性第96-97页
  4.12.7 S1214序列与家蚕gag-like protein的比较总结第97-98页
  4.12.8 S1214序列编码的蛋白质的二级结构预测第98-100页
  4.12.9 推定ORF的氨基酸组成第100-101页
5 讨论第101-110页
 5.1 差别显示技术的关键问题第101-105页
  5.1.1 差显技术对生物材料的要求第102-103页
  5.1.2 RMA的完整性问题第103-104页
  5.1.3 差显使用的引物第104页
  5.1.4 非放射性银染差显第104-105页
  5.1.5 差显中假阳性的克服第105页
 5.2 差示片段的延伸第105-107页
  5.2.1 尽可能选择较大的差示特异片段用于RACE延伸第106页
  5.2.2 正确设计基因特异性引物第106-107页
  5.2.3. 提高RACE的特异性问题第107页
 5.3 关于sch蚕胚胎期的温敏性问题第107-109页
 5.4 继续研究的方向思考第109-110页
  5.4.1. 进一步寻找差异表达的基因或片段第109页
  5.4.2. 需进一步延长本研究中发现的两个RACE片段第109-110页
  5.4.3. 用荧光原位杂交(FISH)对S749和S1214进行染色体定位第110页
  5.4.4   进一步寻找S1214和S749的基因组部分第110页
6 结论第110-113页
 6.1 采用RNA一步法提取的总RNA经DNase处理后完全适用于DDRT-PCR第110页
 6.2 建立了一种适用于蚕卵mRNA差异显示的方法第110页
 6.3 得到了sch蚕高温催青下表达的4条差示片段第110页
 6.4 用5’-RACE延伸后得到了sch蚕在高温催青条件下特异表达的2个片段S749和S1214第110页
 6.5 拼接序列S749与GenBank中核酸和蛋白质具有较广泛的同源性。目前尚不能准确确定是什么基因第110页
 6.6 拼接序列S1214是反向插入到推定的肌醇磷脂-4-磷酸-5-磷酸激酶基因中的一个non-LTR类反转座子第110-111页
 6.7 根据本研究结果,结合查阅生物化学和信号传导途径,提出了一个解释sch系统高温致死性的假说第111-113页
参考文献第113-122页
在职博士学习期间发表的论文及著作一览表第122-130页
致谢第130页

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