| 中文摘要 | 第12-14页 |
| ABSTRACT | 第14-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-35页 |
| 1 淡水红藻概述 | 第17页 |
| 2 红藻起源及进化研究概述 | 第17-19页 |
| 3 淡水红藻的分类及系统学研究 | 第19-24页 |
| 3.1 淡水红藻分类体系建立过程 | 第19-22页 |
| 3.2 淡水红藻国内外研究现状 | 第22-24页 |
| 4 淡水红藻不同谱系研究概况 | 第24-31页 |
| 4.1 弯枝藻属（Compsopogon）植物研究概况 | 第24-25页 |
| 4.2 奥杜藻属（Audouinella）植物研究概况 | 第25-27页 |
| 4.3 串珠藻属（Batrachospermum）植物研究概况 | 第27-29页 |
| 4.4 胭脂藻属（Hildenbrandia）植物研究概况 | 第29-30页 |
| 4.5 淡水红藻不同谱系系统发育及进化地位比较研究 | 第30-31页 |
| 5 分子生物学及基因组学的应用简介 | 第31-34页 |
| 6 本研究的目的及意义 | 第34-35页 |
| 第二章 基于基因组数据的淡水红藻不同谱系的起源和进化历史研究 | 第35-63页 |
| 引言 | 第35-36页 |
| 1 材料与方法 | 第36-38页 |
| 1.1 标本采集 | 第36页 |
| 1.2 实验方法 | 第36-38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-57页 |
| 2.1 淡水红藻代表类群的细胞器基因组结构和内容 | 第38-43页 |
| 2.2 基因组共线性和结构比较 | 第43-46页 |
| 2.3 淡水红藻的系统发育关系 | 第46-47页 |
| 2.4 分歧时间估计 | 第47-52页 |
| 2.5 淡水和海洋红藻基因内容比较 | 第52-53页 |
| 2.6 基因组碱基替代率估计 | 第53-57页 |
| 3 讨论 | 第57-63页 |
| 第三章 单种属植物弯枝藻属Compsopogon系统分类和演化研究 | 第63-83页 |
| 引言 | 第63-64页 |
| 1 材料与方法 | 第64-68页 |
| 1.1 标本采集、预处理和形态观察 | 第64-65页 |
| 1.2 实验方法 | 第65-68页 |
| 2 结果与分析 | 第68-81页 |
| 2.1 形态特征观察 | 第68-69页 |
| 2.2 序列特征分析 | 第69页 |
| 2.3 不同分子标记反映的系统发育关系 | 第69-76页 |
| 2.4 分歧时间估计 | 第76-79页 |
| 2.5 祖先地理起源推测 | 第79-81页 |
| 3 讨论 | 第81-83页 |
| 第四章 奥杜藻属Audouinella植物的形态和分子学鉴定 | 第83-99页 |
| 引言 | 第83-84页 |
| 1 材料与方法 | 第84-85页 |
| 1.1 形态观察 | 第84页 |
| 1.2 实验方法 | 第84-85页 |
| 2 结果与分析 | 第85-96页 |
| 2.1 形态观察 | 第85-86页 |
| 2.2 序列特征 | 第86页 |
| 2.3 系统发育关系 | 第86-92页 |
| 2.4 系统网状树分析结果 | 第92-96页 |
| 3 讨论 | 第96-99页 |
| 第五章 串珠藻属Batrachospermum植物的系统分类和祖先起源地估计 | 第99-117页 |
| 引言 | 第99-101页 |
| 1 材料与方法 | 第101-103页 |
| 1.1 实验材料 | 第101页 |
| 1.2 实验方法 | 第101-103页 |
| 2 结果与分析 | 第103-110页 |
| 2.1 序列分析 | 第103页 |
| 2.2 系统发育分析 | 第103-110页 |
| 3 讨论 | 第110-117页 |
| 第六章 一种淡水胭脂藻属Hildenbrandia新种的发现和系统分类研究 | 第117-129页 |
| 引言 | 第117-118页 |
| 1 材料与方法 | 第118-119页 |
| 1.1 实验材料 | 第118页 |
| 1.2 实验方法 | 第118-119页 |
| 2 结果与分析 | 第119-127页 |
| 2.1 新种分类 | 第119-120页 |
| 2.2 序列遗传距离分析 | 第120页 |
| 2.3 系统发育分析 | 第120-127页 |
| 3 讨论 | 第127-129页 |
| 第七章 结论 | 第129-133页 |
| 1 基因组的测定结果 | 第129页 |
| 2 基于基因组的系统发育分析 | 第129-130页 |
| 3 单种属植物弯枝藻属的祖先地理起源进化研究 | 第130页 |
| 4 奥杜藻属植物基于分子生物学手段鉴定分析结果 | 第130页 |
| 5 串珠藻属植物的分子系统学分类 | 第130-131页 |
| 6 淡水胭脂藻新种的发现 | 第131页 |
| 7 淡水红藻不同谱系系统发育地位比较 | 第131-133页 |
| 参考文献 | 第133-155页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第155-157页 |
| 致谢 | 第157-158页 |
| 个人简况及联系方式 | 第158页 |
