| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-40页 |
| 1.1 水牛的分类及遗传资源分布 | 第15-20页 |
| 1.1.1 非洲野水牛的分布 | 第15-16页 |
| 1.1.2 亚洲野水牛的分布 | 第16页 |
| 1.1.3 其它野生种的分布 | 第16-17页 |
| 1.1.4 家养水牛的分布和遗传资源介绍 | 第17-20页 |
| 1.2 水牛的遗传多样性及起源、驯化研究进展 | 第20-34页 |
| 1.2.1 水牛的起源与进化 | 第20-22页 |
| 1.2.2 水牛线粒体DNA的结构与特点 | 第22-23页 |
| 1.2.3 水牛遗传多样性和母系起源驯化研究进展 | 第23-25页 |
| 1.2.4 MTDNA全基因组的研究进展 | 第25-26页 |
| 1.2.5 Y染色体的结构、特点与标记 | 第26-28页 |
| 1.2.6 Y染色体研究进展 | 第28-30页 |
| 1.2.7 水牛父系的起源驯化研究进展 | 第30-32页 |
| 1.2.8 水牛考古遗存和古DNA研究 | 第32-34页 |
| 1.3 地质板块运动与水牛起源 | 第34-36页 |
| 1.4 水稻驯化、传播与水牛驯化 | 第36-38页 |
| 1.5 古气候变化与水牛起源 | 第38-40页 |
| 第二章 水牛mtDNA cytb基因的遗传多样性研究 | 第40-52页 |
| 2.1 引言 | 第40页 |
| 2.2 材料与方法 | 第40-42页 |
| 2.2.1 样本采集及DNA提取 | 第40页 |
| 2.2.2 PCR扩增与测序 | 第40-42页 |
| 2.2.3 数据分析 | 第42页 |
| 2.3 结果与分析 | 第42-49页 |
| 2.3.1 水牛mtDNA cytb基因全序列的遗传多样性 | 第42-46页 |
| 2.3.2 水牛mtDNA cytb基因的系统发育树和单倍型网络分析 | 第46-49页 |
| 2.3.4 沼泽型水牛与倭水牛的系统发育分析 | 第49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-51页 |
| 2.5 小结 | 第51-52页 |
| 第三章 水牛mtDNA D-loop的遗传多样性和起源驯化研究 | 第52-72页 |
| 3.1 引言 | 第52页 |
| 3.2 材料与方法 | 第52-54页 |
| 3.2.1 样本采集及DNA提取 | 第52-53页 |
| 3.2.2 PCR扩增与测序 | 第53-54页 |
| 3.2.3 数据分析 | 第54页 |
| 3.3 结果与分析 | 第54-68页 |
| 3.3.1 沼泽型水牛mtDNA D-loop区遗传多样性 | 第54-58页 |
| 3.3.2 沼泽型水牛的系统地理分布 | 第58-59页 |
| 3.3.3 多维尺度分析和分组 | 第59-61页 |
| 3.3.4 驯化与迁移路线 | 第61-66页 |
| 3.3.5 群体扩张与古DNA的系统发育分析 | 第66-68页 |
| 3.4 讨论 | 第68-71页 |
| 3.4.1 遗传多样性 | 第68-70页 |
| 3.4.2 沼泽型水牛的驯化 | 第70-71页 |
| 3.5 小结 | 第71-72页 |
| 第四章 沼泽型水牛mtDNA基因组与起源进化研究 | 第72-81页 |
| 4.1 引言 | 第72页 |
| 4.2 材料与方法 | 第72-74页 |
| 4.2.1 样本采集及DNA提取 | 第72页 |
| 4.2.2 样本筛选与引物合成 | 第72-74页 |
| 4.3 结果与分析 | 第74-79页 |
| 4.3.1 水牛线粒体DNA全基因组的遗传多样性 | 第74-76页 |
| 4.3.2 分歧时间估计 | 第76-78页 |
| 4.3.3 水牛有效群体规模变化的BSP分析 | 第78-79页 |
| 4.4 讨论 | 第79-80页 |
| 4.5 小结 | 第80-81页 |
| 第五章 Y-STR多态性与沼泽型水牛的父系起源研究 | 第81-94页 |
| 5.1 引言 | 第81页 |
| 5.2 材料与方法 | 第81-83页 |
| 5.2.1 样本采集和DNA的提取 | 第81页 |
| 5.2.2 Y-STR扩增 | 第81-82页 |
| 5.2.3 数据分析 | 第82-83页 |
| 5.3 结果与分析 | 第83-91页 |
| 5.3.1 基因分型与遗传多样性分析 | 第83-90页 |
| 5.3.2 系统发育分析 | 第90-91页 |
| 5.4 讨论 | 第91-93页 |
| 5.5 小结 | 第93-94页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第94-95页 |
| 6.1 结论 | 第94页 |
| 6.2 创新点 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-108页 |
| 附录1 | 第108-113页 |
| 附录2 | 第113-127页 |
| 致谢 | 第127-128页 |
| 作者简介 | 第128-129页 |
