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雨生红球藻miRNA转录组的分析及miRNA-TF共调控网络的研究

摘要第3-6页
Abstract第6-8页
第1章 绪论第12-26页
    1.1 雨生红球藻虾青素的生物合成第12-15页
        1.1.1 雨生红球藻的简介第12页
        1.1.2 虾青素的生物合成第12-14页
        1.1.3 雨生红球藻虾青素合成与油脂代谢的关系第14-15页
    1.2 雨生红球藻虾青素合成调控的研究进展第15-16页
    1.3 miRNA概述第16-19页
        1.3.1 miRNA的发生第16-17页
        1.3.2 miRNA的作用机制第17页
        1.3.3 miRNA的功能研究第17-19页
        1.3.4 微藻miRNA的研究进展第19页
    1.4 高通量测序简介第19-23页
        1.4.1 转录组测序概述第20-21页
        1.4.2 小RNA(SmallRNA)测序概述第21-22页
        1.4.3 多组学联合分析第22-23页
    1.5 miRNA-TF共调控网络第23-24页
        1.5.1 转录因子简介第23页
        1.5.2 miRNA-TF共调控网络研究进展第23-24页
    1.6 本研究的目的和意义第24-26页
        1.6.1 研究的目的第24-25页
        1.6.2 研究的意义第25-26页
第2章 雨生红球藻胁迫初期的小RNA组学研究第26-49页
    2.1 实验材料第26-27页
        2.1.1 实验藻株第26页
        2.1.2 实验试剂及培养基第26页
        2.1.3 主要仪器设备第26-27页
    2.2 实验方法第27-35页
        2.2.1 样品处理及制备第27-28页
        2.2.2 雨生红球藻192.80小RNA文库构建及高通量测序第28-29页
        2.2.3 雨生红球藻192.80小RNA测序数据分析第29-33页
        2.2.4 雨生红球藻胁迫初期转录组和小RNA联合分析第33-35页
    2.3 实验结果第35-47页
        2.3.1 测序数据统计第35-36页
        2.3.2 miRNA的鉴定第36-38页
        2.3.3 差异表达miRNA 的分析第38-40页
        2.3.4 差异miRNA 靶基因的预测及分析第40-43页
        2.3.5 获取表达量负相关的miRNA-靶基因对第43-47页
    2.4 本章讨论第47-49页
        2.4.1 雨生红球藻小RNA长度分布特点第47页
        2.4.2 miRNA的鉴定及家族分析第47-48页
        2.4.3 差异表达miRNA及其靶基因分析第48-49页
第3章 qRT-PCR验证差异表达的miRNA及其靶基因第49-66页
    3.1 实验材料第49页
        3.1.1 实验藻株第49页
        3.1.2 实验试剂及培养基第49页
        3.1.3 主要仪器设备第49页
    3.2 实验方法第49-55页
        3.2.1 样品的处理第49页
        3.2.2 雨生红球藻小RNA提取方法的研究第49-51页
        3.2.3 雨生红球藻小RNA的反转录第51-52页
        3.2.4 雨生红球藻miRNA的qRT-PCR实验第52-54页
        3.2.5 miRNA靶基因验证第54-55页
    3.3 实验结果第55-63页
        3.3.1 两种雨生红球藻小RNA提取方法的比较第55-56页
        3.3.2 获得雨生红球藻miRNAqRT-PCR实验的最佳内参第56-57页
        3.3.3 差异miRNA的qRT-PCR实验结果第57-61页
        3.3.4 miRNA靶基因的qRT-PCR实验结果第61-63页
    3.4 本章讨论第63-66页
        3.4.1 雨生红球藻小RNA的提取第63-64页
        3.4.2 qRT-PCR实验内参的选择第64页
        3.4.3 差异miRNAqRT-PCR实验第64-65页
        3.4.4 差异miRNA的靶基因验证第65-66页
第4章 雨生红球藻共调控网络的构建与分析第66-85页
    4.1 实验数据第66页
    4.2 实验方法第66-67页
        4.2.1 虾青素及TAG合成途径关键酶基因的发现及表达分析第66页
        4.2.2 转录因子调控网络构建第66-67页
        4.2.3 miRNA-TF共调控网络构建第67页
    4.3 实验结果第67-82页
        4.3.1 关键酶基因的获得第67-69页
        4.3.2 关键酶基因的表达分析第69-73页
        4.3.3 雨生红球藻转录因子的预测结果第73-76页
        4.3.4 转录因子调控网络的构建第76-80页
        4.3.5 mi RNA-TF 共调控网络构建第80-82页
    4.4 本章讨论第82-85页
        4.4.1 关键酶基因的获取及表达分析第82-83页
        4.4.2 调控网络的分析第83-85页
第5章 结论与展望第85-87页
    5.1 结论第85-86页
    5.2 展望第86-87页
参考文献第87-92页
附录第92-96页
致谢第96-97页
攻读硕士学位期间的研究成果第97页

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