| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-37页 |
| 1.1 Y 染色体进化和退化 | 第14页 |
| 1.2 Y 染色体的功能 | 第14-15页 |
| 1.3 灵长类 Y 染色体测序给予的启示 | 第15-17页 |
| 1.3.1 人 Y 染色体的序列特征 | 第15-17页 |
| 1.3.2 人 Y 染色体基因的功能 | 第17页 |
| 1.4 Y 染色体具有物种特异性 | 第17-21页 |
| 1.4.1 灵长类动物 Y 染色体的差异 | 第19-20页 |
| 1.4.2 人和小鼠 Y 染色体的差异 | 第20-21页 |
| 1.5 Y 染色体多态的研究 | 第21-23页 |
| 1.5.1 Y 染色体上的不同多态类型 | 第21页 |
| 1.5.2 Y 染色体变异对雄性精子生成和繁殖力的影响 | 第21-22页 |
| 1.5.3 Y 染色体多态单倍型与表型的关系 | 第22页 |
| 1.5.4 Y 染色体基因多态标记在动物繁殖育种中的应用 | 第22-23页 |
| 1.5.5 Y 染色体分子标记在动物起源进化研究中的进展 | 第23页 |
| 1.6 Y 染色体基因拷贝数变异的研究 | 第23-26页 |
| 1.6.1 常染色体基因拷贝数变异研究的启示 | 第23-25页 |
| 1.6.2 Y 染色体的拷贝数变异研究 | 第25-26页 |
| 1.7 牛 Y 染色体研究进展 | 第26-32页 |
| 1.7.1 牛 Y 染色体的基因组结构 | 第26页 |
| 1.7.2 牛 MSY 区的基因 | 第26-30页 |
| 1.7.3 牛 Y 染色体非编码 RNA | 第30页 |
| 1.7.4 牛 Y 染色体基因的表达研究 | 第30-31页 |
| 1.7.5 牛 Y 染色体基因反义 RNA 的表达研究 | 第31页 |
| 1.7.6 牛 Y 染色体基因的蛋白表达定位和功能 | 第31-32页 |
| 1.7.7 牛 Y 染色体多态与繁殖性能的关联 | 第32页 |
| 1.8 研究 DNA 序列多态性的技术 | 第32-35页 |
| 1.8.1 检测拷贝数变异的技术 | 第32-33页 |
| 1.8.2 检测 SNPs 的技术 | 第33-35页 |
| 1.9 美国荷斯坦奶牛简介 | 第35页 |
| 1.10 论文的研究目的和内容 | 第35-37页 |
| 第二章 北美地区荷斯坦公牛父系系谱的研究 | 第37-46页 |
| 2.1 前言 | 第37-38页 |
| 2.2 材料与方法 | 第38-39页 |
| 2.2.1 北美地区荷斯坦公牛父系系谱信息的获取 | 第38页 |
| 2.2.2 基础公牛和祖先公牛的定义 | 第38-39页 |
| 2.2.3 不同父系血统来源对公牛繁殖性状和后代母牛产奶性状的影响 | 第39页 |
| 2.2.4 数据分析 | 第39页 |
| 2.3 结果 | 第39-43页 |
| 2.3.1 目前北美地区荷斯坦公牛全部来自于 2 个独立的 Y 染色体 | 第39-40页 |
| 2.3.2 北美地区和全世界的荷斯坦基础公牛数的变化 | 第40-42页 |
| 2.3.3 不同基础公牛家系雄性后代繁殖能力和雌性后代产奶能力的比较 | 第42-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-44页 |
| 2.5 结论 | 第44-46页 |
| 第三章 PRAMEY 基因拷贝数变异及其与荷斯坦公牛繁殖性状的关联研究 | 第46-62页 |
| 3.1 前言 | 第46-47页 |
| 3.2 材料与方法 | 第47-53页 |
| 3.2.1 实验动物及其繁殖性状数据 | 第47页 |
| 3.2.2 精液样本的 DNA 提取与质量检测 | 第47-48页 |
| 3.2.3 荷斯坦公牛繁殖性状和父系系谱的收集 | 第48-49页 |
| 3.2.4 引物设计 | 第49-51页 |
| 3.2.5 实时定量 PCR | 第51页 |
| 3.2.6 PRAMEY 基因多拷贝数的计算 | 第51-53页 |
| 3.2.7 数据处理方法 | 第53页 |
| 3.3 结果 | 第53-59页 |
| 3.3.1 牛 PRAMEY 基因的拷贝数变异 | 第53-54页 |
| 3.3.2 PRAMEY 基因拷贝数变异与荷斯坦公牛繁殖性能相关性分析 | 第54-58页 |
| 3.3.3 荷斯坦公牛父系系谱与 PRAMEY 基因的拷贝数变异以及与繁殖性能的关系 | 第58-59页 |
| 3.4 讨论 | 第59-61页 |
| 3.5 结论 | 第61-62页 |
| 第四章 HSFY 和 ZNF280BY 基因的拷贝数变异及其与荷斯坦公牛繁殖性状的相关性分析 | 第62-79页 |
| 4.1 前言 | 第62-63页 |
| 4.2 材料与方法 | 第63-66页 |
| 4.2.1 实验样本及其相关资料的收集 | 第63页 |
| 4.2.2 引物设计与拷贝数变异的检测 | 第63-65页 |
| 4.2.3 数据分析 | 第65-66页 |
| 4.3 结果 | 第66-75页 |
| 4.3.1 HSFY 和 ZNF280BY 在牛群体中存在拷贝数变异 | 第66-69页 |
| 4.3.2 HSFY 和 ZNF280BY 基因拷贝数变异的关系 | 第69-70页 |
| 4.3.3 HSFY 和 ZNF280BY 基因的拷贝数变异与荷斯坦公牛繁殖性状的关联分析 | 第70-73页 |
| 4.3.4 荷斯坦公牛的父系起源对 HSFY 和 ZNF280BY 基因拷贝数和繁殖力的影响 | 第73-75页 |
| 4.4 讨论 | 第75-78页 |
| 4.4.1 HSFY 和 ZNF280BY 基因在牛群体中存在拷贝数变异 | 第75-76页 |
| 4.4.2 HSFY 和 ZNF280BY 基因在瘤牛和普通牛的 Y 染色体上表现出不同的扩增现象 | 第76-77页 |
| 4.4.3 Y 染色体基因的拷贝数是潜在的可用于公牛繁殖力早期选育的分子标记 | 第77-78页 |
| 4.5 结论 | 第78-79页 |
| 第五章 牛 Y-SNP 基因芯片的建立及与种公牛繁殖能力的关联分析 | 第79-96页 |
| 5.1 前言 | 第79-80页 |
| 5.2 材料与方法 | 第80-86页 |
| 5.2.1 DNA 的准备和繁殖性状的收集 | 第80-82页 |
| 5.2.2 VeraCode 384 OPA 基因芯片的制备 | 第82-84页 |
| 5.2.3 基因芯片的 SNP 分型 | 第84-85页 |
| 5.2.4 数据分析 | 第85-86页 |
| 5.3 结果 | 第86-93页 |
| 5.3.1 单拷贝基因 SNPs 的分析 | 第86-88页 |
| 5.3.2 多拷贝基因遗传变异位点的分析 | 第88-93页 |
| 5.4 讨论 | 第93-94页 |
| 5.5 结论 | 第94-96页 |
| 第六章 创新点与下一步研究计划 | 第96-97页 |
| 6.1 创新点 | 第96页 |
| 6.2 下一步研究计划 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-117页 |
| 附表 | 第117-132页 |
| 附件 | 第132-138页 |
| 略缩词 | 第138-141页 |
| 致谢 | 第141-143页 |
| 作者简介 | 第143-144页 |
