| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-17页 |
| 1 绪论 | 第17-31页 |
| 1.1 RNA-Seq技术概述 | 第17-18页 |
| 1.2 RNA-Seq在果树生物学研究中的应用概况 | 第18-22页 |
| 1.2.1 果树RNA-Seq数据概况 | 第18-20页 |
| 1.2.2 果树RNA-Seq研究的共性特点和个性应用 | 第20-22页 |
| 1.3 RNA-Seq在果树生物学研究中的应用实例 | 第22-29页 |
| 1.3.1 柑橘 | 第22-24页 |
| 1.3.2 葡萄 | 第24-25页 |
| 1.3.3 香蕉 | 第25-26页 |
| 1.3.4 苹果 | 第26-27页 |
| 1.3.5 梨 | 第27页 |
| 1.3.6 桃 | 第27-28页 |
| 1.3.7 草莓 | 第28页 |
| 1.3.8 樱桃 | 第28-29页 |
| 1.3.9 蓝莓 | 第29页 |
| 1.3.10 其他 | 第29页 |
| 1.4 研究目标与内容 | 第29-31页 |
| 2 杨梅RNA-Seq、组装及功能注释 | 第31-40页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第31-32页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第31页 |
| 2.1.2 RNA提取、建库及测序 | 第31-32页 |
| 2.1.3 序列拼接 | 第32页 |
| 2.1.4 功能注释 | 第32页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第32-39页 |
| 2.2.1 RNA-Seq及序列拼接 | 第32-35页 |
| 2.2.2 功能注释 | 第35-39页 |
| 2.3 小结 | 第39-40页 |
| 3 基于RNA-Seq的杨梅密码子偏好性分析 | 第40-63页 |
| 3.1 方法 | 第41-44页 |
| 3.1.1 数据收集、过滤与处理 | 第41-42页 |
| 3.1.2 高频密码子(密码子对)的鉴定 | 第42页 |
| 3.1.3 优先出现的及避免出现的密码子(密码子对)鉴定 | 第42-43页 |
| 3.1.4 聚类及主成分分析 | 第43页 |
| 3.1.5 基因本体学分析 | 第43页 |
| 3.1.6 Kozak(N_9AUGN)序列的鉴定 | 第43页 |
| 3.1.7 统计分析 | 第43-44页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第44-62页 |
| 3.2.1 杨梅密码子使用频率 | 第44-49页 |
| 3.2.2 杨梅密码子对使用频率 | 第49-53页 |
| 3.2.3 植物界各物种间的密码子使用模式 | 第53-57页 |
| 3.2.4 杨梅不同序列间的密码子使用模式 | 第57-60页 |
| 3.2.5 杨梅序列内不同位置间的密码子使用模式 | 第60-62页 |
| 3.3 小结 | 第62-63页 |
| 4 杨梅果实成熟期间品质变化的转录特性 | 第63-78页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第63-66页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第63页 |
| 4.1.2 色差、TSS及pH测定 | 第63页 |
| 4.1.3 果实糖酸测定 | 第63-64页 |
| 4.1.4 表达量注释 | 第64-65页 |
| 4.1.5 代谢网络分析 | 第65页 |
| 4.1.6 聚类分析 | 第65页 |
| 4.1.7 RNA提取、逆转录及q-PCR验证 | 第65-66页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第66-77页 |
| 4.2.1 果实成熟期间基因表达模式分析 | 第66-68页 |
| 4.2.2 果实成熟期间基因代谢网络分析 | 第68-70页 |
| 4.2.3 色泽相关基因表达模式分析 | 第70-74页 |
| 4.2.4 糖酸相关基因表达模式分析 | 第74-77页 |
| 4.3 小结 | 第77-78页 |
| 5 不同酸度杨梅品种果实的转录特性 | 第78-88页 |
| 5.1 实验材料和方法 | 第78-80页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第78页 |
| 5.1.2 不同酸度杨梅品种有机酸测定 | 第78页 |
| 5.1.3 RNA提取、建库及测序 | 第78-79页 |
| 5.1.4 数据过滤 | 第79页 |
| 5.1.5 表达量注释与差异分析 | 第79页 |
| 5.1.6 维恩图分析 | 第79-80页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第80-87页 |
| 5.2.1 不同酸度杨梅品种的有机酸含量分析 | 第80页 |
| 5.2.2 测序与表达量注释 | 第80-82页 |
| 5.2.3 差异基因筛选 | 第82-84页 |
| 5.2.4 有机酸代谢与转运的分子机制 | 第84-87页 |
| 5.3 小结 | 第87-88页 |
| 6 总结与展望 | 第88-90页 |
| 6.1 总结 | 第88-89页 |
| 6.2 展望 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-110页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第110-111页 |
