| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 中英符号 | 第9-14页 |
| 1 引言 | 第14-24页 |
| 1.1 坝上长尾鸡的资源现状及保种的必要性 | 第14-15页 |
| 1.1.1 坝上长尾鸡的资源现状 | 第14页 |
| 1.1.2 坝上长尾鸡保种的必要性 | 第14-15页 |
| 1.2 禽类羽色的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.2.1 禽类羽色形成原因 | 第15页 |
| 1.2.2 羽色是一种重要的遗传标记 | 第15页 |
| 1.2.3 羽色的标识和保护作用 | 第15-16页 |
| 1.2.4 羽色的经济价值 | 第16页 |
| 1.2.5 羽色遗传多样性研究 | 第16页 |
| 1.3 高通量转录组测序与毛色相关研究现状 | 第16-17页 |
| 1.4 相关通路与毛色相关研究现状 | 第17-18页 |
| 1.5 候选基因与毛色相关研究现状 | 第18-21页 |
| 1.5.1 EDNRB2基因与毛色相关研究 | 第19页 |
| 1.5.2 MITF基因与毛色相关研究 | 第19-20页 |
| 1.5.3 PMEL基因与毛色相关研究 | 第20页 |
| 1.5.4 TYR和TYRP1基因与毛色相关研究 | 第20-21页 |
| 1.6 启动子对基因转录调控的重要性 | 第21-22页 |
| 1.7 转录调控元件对基因转录调控的影响 | 第22-23页 |
| 1.8 本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-42页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-29页 |
| 2.1.1 试验样品 | 第24-25页 |
| 2.1.2 菌株 | 第25页 |
| 2.1.3 质粒载体 | 第25-26页 |
| 2.1.4 细胞 | 第26-27页 |
| 2.1.5 主要试剂及配置方法 | 第27-29页 |
| 2.1.6 试验分析软件 | 第29页 |
| 2.2 试验方法 | 第29-42页 |
| 2.2.1 调查方法 | 第29页 |
| 2.2.2 体重体尺测定方法 | 第29页 |
| 2.2.3 体重、累计产蛋数曲线拟合分析方法 | 第29-30页 |
| 2.2.4 蛋重与蛋形指数测定方法 | 第30页 |
| 2.2.5 种蛋孵化方法 | 第30页 |
| 2.2.6 DNA提取和质量检测 | 第30-31页 |
| 2.2.7 引物设计 | 第31-33页 |
| 2.2.8 PCR扩增 | 第33页 |
| 2.2.9 PCR产物电泳检测 | 第33-34页 |
| 2.2.10 PCR产物纯化或切胶回收 | 第34页 |
| 2.2.11 回收产物与T载体连接 | 第34页 |
| 2.2.12 连接产物的转化与扩繁 | 第34-35页 |
| 2.2.13 质粒小提和酶切 | 第35页 |
| 2.2.14 酶切产物的连接和转化 | 第35页 |
| 2.2.15 重组表达载体的大量提取及浓度检测 | 第35-36页 |
| 2.2.16 启动子区多态检测和突变载体的构建 | 第36页 |
| 2.2.17 细胞培养 | 第36-38页 |
| 2.2.18 质粒瞬时转染 | 第38页 |
| 2.2.19 双荧光素酶活性检测 | 第38页 |
| 2.2.20 RNA提取与质量检测 | 第38-39页 |
| 2.2.21 RNA反转录成cDNA | 第39页 |
| 2.2.22 转录组测序文库构建与测序 | 第39-40页 |
| 2.2.23 获得的数据分析及功能注释 | 第40页 |
| 2.2.24 实时荧光定量的引物设计 | 第40页 |
| 2.2.25 制备标准品建立标准曲线 | 第40-41页 |
| 2.2.26 RT-qPCR反应体系和反应条件 | 第41页 |
| 2.2.27 统计分析 | 第41-42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-102页 |
| 3.1 坝上长尾鸡品种资源现状 | 第42-43页 |
| 3.1.1 产地及分布 | 第42页 |
| 3.1.2 产区自然环境和生态条件 | 第42页 |
| 3.1.3 饲养状况 | 第42-43页 |
| 3.2 坝上长尾鸡特征特性 | 第43-54页 |
| 3.2.1 外貌特征 | 第43页 |
| 3.2.2 生长发育 | 第43-48页 |
| 3.2.3 繁殖性能 | 第48-54页 |
| 3.3 建立坝上长尾鸡保种场 | 第54-55页 |
| 3.4 制订坝上长尾鸡保种方案 | 第55页 |
| 3.5 不同羽色坝上长尾鸡毛囊组织转录组测序结果 | 第55-72页 |
| 3.5.1 RNA质量检测 | 第55-57页 |
| 3.5.2 转录组数据质量评估与参考序列比对 | 第57-58页 |
| 3.5.3 差异表达基因聚类分析 | 第58-59页 |
| 3.5.4 差异表达基因GO分析 | 第59-70页 |
| 3.5.5 差异表达基因KEGG分析 | 第70-72页 |
| 3.6 RT-qPCR验证差异基因在不同羽色毛囊组织中的差异表达 | 第72-78页 |
| 3.6.1 扩增动力学曲线分析 | 第72-73页 |
| 3.6.2 熔解曲线分析 | 第73-75页 |
| 3.6.3 构建并分析标准曲线 | 第75-77页 |
| 3.6.4 SLC45A2、OCA2、PMEL和TYRP1基因差异表达结果分析 | 第77-78页 |
| 3.7 坝上长尾鸡EDNRB2、MITF、PMEL和TYR启动子鉴定与分析 | 第78-102页 |
| 3.7.1 启动子区序列分析 | 第78-81页 |
| 3.7.2 启动子区缺失片段的扩增 | 第81-82页 |
| 3.7.3 启动子区荧光素酶表达载体的构建与活性分析 | 第82-85页 |
| 3.7.4 EDNRB2启动子区多态分析 | 第85-89页 |
| 3.7.5 MITF启动子区多态分析 | 第89页 |
| 3.7.6 PMEL启动子区多态分析 | 第89-93页 |
| 3.7.7 TYR启动子区多态分析 | 第93-98页 |
| 3.7.8 启动子区突变载体的构建与活性分析 | 第98-102页 |
| 4 讨论 | 第102-107页 |
| 4.1 坝上长尾鸡品种资源保护 | 第102-103页 |
| 4.2 不同羽色坝上长尾鸡毛囊组织转录组分析 | 第103-104页 |
| 4.3 坝上长尾鸡EDNRB2、MITF、PMEL和TYR启动子鉴定与分析 | 第104-107页 |
| 5 结论 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-119页 |
| 作者简历 | 第119-120页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 附录 | 第122-123页 |
