| 中文摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 绪论 | 第7-10页 |
| 1.1 生物信息学及其发展现状 | 第7页 |
| 1.2 生物信息学主要研究内容 | 第7-8页 |
| 1.3 研究的意义及目的 | 第8-9页 |
| 1.4 本文的主要工作 | 第9-10页 |
| 第二章 基因识别的基本原理 | 第10-18页 |
| 2.1 原核生物及真核生物基因组 | 第10-11页 |
| 2.2 原核及真核生物基因识别算法 | 第11-12页 |
| 2.3 蛋白质编码区的结构特性 | 第12-17页 |
| 2.3.1 终止密码子碱基的分布特性 | 第12-13页 |
| 2.3.2 编码区核苷酸的周期性 | 第13-17页 |
| 2.4 小结 | 第17-18页 |
| 第三章 DNA 序列的映射及谱分析原理 | 第18-33页 |
| 3.1 DNA 序列的映射为数值序列 | 第18-22页 |
| 3.1.1 常用的基因序列数值化方法 | 第18-19页 |
| 3.1.2 DNA 的4D 表示法 | 第19-20页 |
| 3.1.3 一种新的降维的方法 | 第20-22页 |
| 3.2 常用的谱分析方法 | 第22-32页 |
| 3.2.1 直接傅立叶变换 | 第22-23页 |
| 3.2.2 分析窗的局域化指标 | 第23-24页 |
| 3.2.3 短时傅立叶变换（STFT）与Gabor 变换 | 第24-27页 |
| 3.2.4 小波变换 | 第27-28页 |
| 3.2.5 连续小波变换的计算 | 第28-30页 |
| 3.2.6 连续小波的基函数 | 第30-32页 |
| 3.3 小结 | 第32-33页 |
| 第四章 基因序列的谱分析 | 第33-48页 |
| 4.1 数值化处理 | 第33-34页 |
| 4.2 对预测结果的评估 | 第34-37页 |
| 4.2.1 编码核苷酸的水平 | 第35-36页 |
| 4.2.2 外显子的水平 | 第36-37页 |
| 4.3 实验数据处理 | 第37-47页 |
| 4.3.1 直接对序列进行离散傅立叶变换 | 第37-39页 |
| 4.3.2 短时傅立叶变换 | 第39-42页 |
| 4.3.3 利用小波变换来预测编码区 | 第42-45页 |
| 4.3.4 优化权系数的基因预测方法 | 第45-47页 |
| 4.4 小结 | 第47-48页 |
| 第五章 支持向量机对DNA 序列的分类 | 第48-54页 |
| 5.1 支持向量机理论 | 第48-50页 |
| 5.1.1 统计学原理 | 第48-49页 |
| 5.1.2 支持向量机 | 第49-50页 |
| 5.2 使用SVM 来识别真核生物DNA 的翻译起始点 | 第50-53页 |
| 5.2.1 实验数据 | 第51页 |
| 5.2.2 SVM 对测试集分类 | 第51-53页 |
| 5.3 识别结果 | 第53页 |
| 5.4 小结 | 第53-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-58页 |
| 附录Ⅰ ASYRVISP 的序列信息 | 第58-60页 |
| 附录Ⅱ Gabor 变换的实现过程 | 第60-63页 |
| 致谢 | 第63页 |