亚洲栽培稻全基因组拷贝数变异研究
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 图表目录 | 第12-14页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-26页 |
| ·基因组遗传变异及研究进展 | 第15-16页 |
| ·遗传变异的类型 | 第15页 |
| ·遗传变异的研究进展 | 第15-16页 |
| ·拷贝数变异及研究现状 | 第16-19页 |
| ·拷贝数变异的概念 | 第16页 |
| ·拷贝数变异的研究现状 | 第16-17页 |
| ·拷贝数变异的检测方法 | 第17-19页 |
| ·拷贝数变异的统计方法 | 第19页 |
| ·拷贝数变异研究进展 | 第19-23页 |
| ·拷贝数变异的进化 | 第19-20页 |
| ·拷贝数变异的发生机制 | 第20-21页 |
| ·拷贝数变异的意义 | 第21-23页 |
| ·稻属基因组水平遗传变异的研究进展 | 第23-24页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第24-26页 |
| 第二章 材料与方法 | 第26-43页 |
| ·试验材料 | 第26页 |
| ·CGH 芯片设计 | 第26-27页 |
| ·芯片的制备 | 第26-27页 |
| ·基因组迭瓦式芯片探针的重新注释 | 第27页 |
| ·芯片杂交和数据采集 | 第27-29页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第27-28页 |
| ·DNA 样品标记 | 第28页 |
| ·芯片杂交 | 第28-29页 |
| ·图像采集 | 第29页 |
| ·数据处理 | 第29-30页 |
| ·信号强度预处理和归一化 | 第29页 |
| ·segMNT 算法 | 第29-30页 |
| ·CNVS鉴定 | 第30页 |
| ·直接利用 segMNT 算法的 CNVs 鉴定 | 第30页 |
| ·通过自定义判别标准的 CNVs 鉴定 | 第30页 |
| ·CNV 区域的确定 | 第30页 |
| ·CNVS的验证 | 第30-42页 |
| ·PCR 与电泳检测 | 第30-40页 |
| ·定量 PCR | 第40-42页 |
| ·统计分析 | 第42页 |
| ·ANOVA 分析 | 第42页 |
| ·CNVs 等位基因频率 | 第42页 |
| ·遗传分化分析 | 第42页 |
| ·聚类分析 | 第42页 |
| ·基因注释 | 第42页 |
| ·转座子/重复序列分析 | 第42-43页 |
| 第三章 结果与分析 | 第43-74页 |
| ·2个籼、粳稻品种间的 CNVS | 第43-59页 |
| ·CNVs 的鉴定与特征 | 第43-55页 |
| ·扩增变异的分布与大小 | 第55-56页 |
| ·第 4 染色体具有扩增信号的探针分析 | 第56-57页 |
| ·CNVs 的验证 | 第57-59页 |
| ·亚洲栽培稻基因组的 CNVS分析 | 第59-74页 |
| ·亚洲栽培稻基因组 CNV 多态性 | 第59-61页 |
| ·CNV 区域的分布与模式 | 第61-64页 |
| ·CNVs 与 SDs、转座子及其它重复序列 | 第64-65页 |
| ·亚种内和亚种间 CNV 多态性 | 第65-66页 |
| ·亚种及类群间的 CNVs 频率差异 | 第66-71页 |
| ·系统聚类分析 | 第71页 |
| ·CNVs 的功能注释 | 第71-74页 |
| 第四章 讨论 | 第74-78页 |
| ·亚洲栽培稻基因组 CNVS的鉴别 | 第74页 |
| ·亚洲栽培稻 CNVS特征 | 第74-75页 |
| ·籼稻和粳稻中 CNVS的分布 | 第75页 |
| ·CNVS在遗传结构分析中的作用 | 第75-76页 |
| ·CNVS的生物学作用 | 第76-77页 |
| ·CNVS进行全基因组关联分析的前景 | 第77-78页 |
| 第五章 全文结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 作者简历 | 第93页 |
