| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-21页 |
| ·计算机分子模拟概况 | 第12-14页 |
| ·蛋白质的结构 | 第14-16页 |
| ·研究受体与配体相互作用的背景和意义 | 第16-17页 |
| ·Mcl-1 蛋白研究进展 | 第17-21页 |
| 第2章 理论基础和方法 | 第21-33页 |
| ·分子力场 | 第21-24页 |
| ·Born-Oppenheimer 近似 | 第21-22页 |
| ·分子力场的能量表示 | 第22页 |
| ·常用分子力场 | 第22-23页 |
| ·力场参数的拟合 | 第23-24页 |
| ·分子动力学 | 第24-26页 |
| ·分子动力学的基本原理 | 第24页 |
| ·积分算法 | 第24-25页 |
| ·能量优化 | 第25-26页 |
| ·主要算法 | 第26-29页 |
| ·SHAKE 算法 | 第26-27页 |
| ·周期性边界条件 | 第27-29页 |
| ·自由能计算 | 第29-33页 |
| ·自由能计算方法分类 | 第29页 |
| ·自由能微扰方法 | 第29-30页 |
| ·热力学积分方法 | 第30页 |
| ·MM/PBSA 方法 | 第30-33页 |
| 第三章 Mcl-1 及其BH3 螺旋的结合自由能计算 | 第33-47页 |
| ·引言 | 第33-34页 |
| ·理论基础及方法 | 第34-36页 |
| ·分子动力学模拟 | 第34页 |
| ·结合自由能计算 | 第34-35页 |
| ·自由能分解 | 第35-36页 |
| ·结果与讨论 | 第36-46页 |
| ·动力学特征 | 第36页 |
| ·MMPBSA 预测结合自由能 | 第36-39页 |
| ·自由能分解到每个残基 | 第39-40页 |
| ·计算机丙氨酸扫描（CAS）与自由能分解（BFED）的比较 | 第40-42页 |
| ·配对模式的自由能分解 | 第42-46页 |
| ·本章小结 | 第46-47页 |
| 第四章 Mcl-1 结合三种凋亡调控蛋白的BH3 结构域多肽 | 第47-64页 |
| ·引言 | 第47-48页 |
| ·理论基础及方法 | 第48-50页 |
| ·分子动力学模拟 | 第48-49页 |
| ·结合自由能计算 | 第49-50页 |
| ·自由能分解 | 第50页 |
| ·结果与讨论 | 第50-62页 |
| ·分子结构及其稳定性 | 第50-51页 |
| ·结合自由能预测 | 第51-54页 |
| ·Mcl-1-BH3 多肽相互作用 | 第54-60页 |
| ·疏水相互作用 | 第60-61页 |
| ·不同BH3 多肽抑制剂结合后引起的Mcl-1 结构改变 | 第61-62页 |
| ·本章小结 | 第62-64页 |
| 第五章 总结与展望 | 第64-66页 |
| ·论文工作总结 | 第64-65页 |
| ·展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第77页 |
