| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第16-17页 |
| 第一章 引言 | 第17-33页 |
| 1.1 RpoN的结构特征 | 第17-18页 |
| 1.2 RpoN在代谢调控中的功能 | 第18-26页 |
| 1.2.1 RpoN调节细菌的氮代谢过程 | 第19-23页 |
| 1.2.2 RpoN调节细菌的碳代谢过程 | 第23-24页 |
| 1.2.3 RpoN调节细菌的运动能力 | 第24-26页 |
| 1.3 RpoN调控基因的转录组学研究 | 第26-29页 |
| 1.3.1 基因芯片分析硫还原地杆菌中受RpoN调控的基因 | 第26-27页 |
| 1.3.2 蜡样芽孢杆菌rpoN突变株的转录组研究 | 第27-28页 |
| 1.3.3 霍乱弧菌rpoN突变株的转录组研究 | 第28-29页 |
| 1.4 RpoN的调控机制研究 | 第29-31页 |
| 1.4.1 RpoN识别特定的启动子区 | 第29-30页 |
| 1.4.2 激活蛋白参与转录的起始 | 第30-31页 |
| 1.5 立题依据和技术路线 | 第31-33页 |
| 1.5.1 立题依据 | 第31-32页 |
| 1.5.2 技术路线 | 第32-33页 |
| 第二章 A1501野生型与rpoN突变株在营养丰富条件下的转录组分析 | 第33-52页 |
| 2.1 材料 | 第33-35页 |
| 2.1.1 菌株 | 第33页 |
| 2.1.2 培养基与培养温度 | 第33-34页 |
| 2.1.3 抗生素配置及工作浓度 | 第34页 |
| 2.1.4 酶、试剂盒和化学试剂 | 第34-35页 |
| 2.1.5 主要仪器 | 第35页 |
| 2.2 方法 | 第35-38页 |
| 2.2.1 细菌生长曲线的测定 | 第35页 |
| 2.2.2 细菌总RNA的提取以及cDNA的合成 | 第35-37页 |
| 2.2.3 转录组测序 | 第37-38页 |
| 2.3 实验结果 | 第38-51页 |
| 2.3.1 转录组条件的摸索 | 第38-39页 |
| 2.3.2 转录组测序结果与分析 | 第39-51页 |
| 2.4 讨论 | 第51-52页 |
| 第三章 施氏假单胞菌A1501中RpoN对硝酸盐/亚硝酸盐同化过程的影响 | 第52-65页 |
| 3.1 材料 | 第52-53页 |
| 3.1.1 菌株与质粒 | 第52页 |
| 3.1.2 培养基与试剂 | 第52-53页 |
| 3.2 方法 | 第53-56页 |
| 3.2.1 细菌RNA的提取以及cDNA的合成 | 第53页 |
| 3.2.2 PCR反应 | 第53-54页 |
| 3.2.3 以硝酸盐/亚硝酸盐为唯一氮源生长曲线的测定 | 第54-55页 |
| 3.2.4 硝酸盐/亚硝酸盐摄取能力的测定 | 第55页 |
| 3.2.5 硝酸盐/亚硝酸盐诱导下部分氮同化相关基因的表达量测定 | 第55页 |
| 3.2.6 细菌反硝化能力的测定 | 第55-56页 |
| 3.3 结果 | 第56-63页 |
| 3.3.1 rpoN缺失对施氏假单胞菌A1501硝酸盐/亚硝酸盐利用的影响 | 第56-57页 |
| 3.3.2 rpoN缺失对A1501硝酸盐/亚硝酸盐运输的影响 | 第57-58页 |
| 3.3.3 硝酸盐/亚硝酸盐同化相关基因的结构与功能分析 | 第58-61页 |
| 3.3.4 硝酸盐/亚硝酸盐同化部分相关基因的表达 | 第61-62页 |
| 3.3.5 rpoN缺失后对A1501反硝化能力的影响 | 第62-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-65页 |
| 第四章 RpoN对硝酸盐同化过程的调控机制研究 | 第65-87页 |
| 4.1 材料与方法 | 第65-66页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第65页 |
| 4.1.2 培养基与试剂 | 第65-66页 |
| 4.1.3 抗生素的配置及工作浓度 | 第66页 |
| 4.1.4 实验中使用酶、试剂盒以及仪器 | 第66页 |
| 4.2 方法 | 第66-73页 |
| 4.2.1 细菌基因组的提取 | 第66页 |
| 4.2.2 细菌质粒的提取 | 第66页 |
| 4.2.3 PCR反应 | 第66-67页 |
| 4.2.4 重组载体的构建 | 第67-69页 |
| 4.2.5 三亲结合实验 | 第69-70页 |
| 4.2.6 以硝酸盐、亚硝酸盐为唯一氮源细菌生长曲线的测定 | 第70页 |
| 4.2.7 细菌硝酸盐、亚硝酸盐摄取能力的测定 | 第70页 |
| 4.2.8 RpoN-His融合蛋白的表达与纯化 | 第70-71页 |
| 4.2.9 SDS-PAGE | 第71页 |
| 4.2.10 RpoN与基因启动子区的结合实验（EMSA） | 第71-73页 |
| 4.3 结果 | 第73-85页 |
| 4.3.1 nasR插入突变株的构建 | 第73-75页 |
| 4.3.2 nasR回补株的构建 | 第75-76页 |
| 4.3.3 nasT插入突变株的构建 | 第76-77页 |
| 4.3.4 nasT回补株的构建 | 第77-78页 |
| 4.3.5 nasR、nasT突变对A1501硝酸盐利用、摄取的影响 | 第78-80页 |
| 4.3.6 nasR、nasT突变株中硝酸盐/亚硝酸盐同化相关基因的表达 | 第80-81页 |
| 4.3.7 nasT、nasR的表达受到RpoN的调控 | 第81-85页 |
| 4.4 讨论 | 第85-87页 |
| 第五章 RpoN对A1501生物固氮以及运动能力的影响 | 第87-100页 |
| 5.1 材料 | 第87-88页 |
| 5.1.1 实验菌株 | 第87页 |
| 5.1.2 培养基与试剂 | 第87页 |
| 5.1.3 抗生素配置与工作浓度 | 第87-88页 |
| 5.1.4 试剂盒及仪器 | 第88页 |
| 5.2 方法 | 第88-93页 |
| 5.2.1 细菌固氮酶活的测定 | 第88页 |
| 5.2.2 细菌ADP/ATP的测定 | 第88-89页 |
| 5.2.3 固氮条件下固氮基因的相对表达量测定 | 第89页 |
| 5.2.4 Western blot检测细菌中的固氮酶 | 第89-91页 |
| 5.2.5 细菌swimming运动能力的检测 | 第91页 |
| 5.2.6 细菌生物膜形成能力的检测 | 第91-92页 |
| 5.2.7 趋化、鞭毛基因在野生型、突变株中的相对表达量测定 | 第92-93页 |
| 5.3 实验结果 | 第93-99页 |
| 5.3.1 rpoN缺失对A1501固氮能力的影响 | 第93页 |
| 5.3.2 固氮条件下相关基因的表达 | 第93-94页 |
| 5.3.3 Western Blot检测固氮酶的表达 | 第94-95页 |
| 5.3.4 固氮条件下rpoN缺失对A1501中ADP/ATP比值的影响 | 第95-96页 |
| 5.3.5 rpoN缺失对A1501运动的影响 | 第96页 |
| 5.3.6 rpoN缺失对A1501生物膜形成的影响 | 第96-97页 |
| 5.3.7 探索RpoN在A1501中调控的鞭毛基因靶标 | 第97-98页 |
| 5.3.8 对靶标基因启动子区的分析 | 第98-99页 |
| 5.4 讨论 | 第99-100页 |
| 第六章 全文结论 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
| 作者简历 | 第109页 |
