| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 前言 | 第12-17页 |
| 1 人参概述 | 第12页 |
| 2 microRNA研究 | 第12-15页 |
| 3 人参转录组学研究 | 第15页 |
| 4 研究目的及意义 | 第15-17页 |
| 第一章 人参总RNA的提取 | 第17-24页 |
| 1 材料 | 第17-18页 |
| 1.1 实验材料 | 第17页 |
| 1.2 试剂 | 第17页 |
| 1.3 仪器 | 第17-18页 |
| 2 方法 | 第18-20页 |
| 2.1 样本处理 | 第18页 |
| 2.2 总RNA提取 | 第18-19页 |
| 2.3 DNase I处理总RNA | 第19页 |
| 2.4 RNA样品检测 | 第19-20页 |
| 3 结果 | 第20-22页 |
| 3.1 总RNA完整性检测 | 第20-21页 |
| 3.2 总RNA浓度及质量分析 | 第21页 |
| 3.3 总RNA的Agilent 2100 Bioanalyzer质检结果 | 第21-22页 |
| 4 讨论与总结 | 第22-24页 |
| 第二章 人参总RNA转录组测序 | 第24-45页 |
| 1 材料 | 第24页 |
| 1.1 测序材料 | 第24页 |
| 1.2 试剂及耗材 | 第24页 |
| 1.3 仪器 | 第24页 |
| 2 方法 | 第24-27页 |
| 2.1 文库构建、测序及序列数据分析 | 第24-26页 |
| 2.1.1 转录组文库的建立 | 第24-25页 |
| 2.1.2 转录组测序及生物信息学分析 | 第25-26页 |
| 2.2 De Novo拼接 | 第26页 |
| 2.3 Unigene表达量计算及统计 | 第26页 |
| 2.4 Unigene功能注释 | 第26-27页 |
| 2.5 qPCR验证 | 第27页 |
| 3 结果 | 第27-42页 |
| 3.1 测序数据统计及分析 | 第27-28页 |
| 3.2 De Novo拼接 | 第28-29页 |
| 3.3 Unigene表达丰度 | 第29-31页 |
| 3.4 Unigene注释 | 第31-34页 |
| 3.5 筛选石柱参和园参高丰度表达基因 | 第34-36页 |
| 3.6 差异表达Unigene分析 | 第36-39页 |
| 3.7 qPCR验证 | 第39-42页 |
| 4 讨论与总结 | 第42-45页 |
| 第三章 人参small RNA高通量测序 | 第45-70页 |
| 1 材料 | 第45页 |
| 1.1 实验材料 | 第45页 |
| 1.2 试剂及耗材 | 第45页 |
| 1.3 仪器 | 第45页 |
| 2 方法 | 第45-48页 |
| 2.1 文库的构建、测序及数据分析 | 第45-47页 |
| 2.1.1 small RNA文库的建立 | 第45-46页 |
| 2.1.2 small RNA高通量测序生物信息学分析 | 第46-47页 |
| 2.2 miRNA基本分析 | 第47页 |
| 2.3 新miRNA预测 | 第47-48页 |
| 2.4 miRNA差异表达分析 | 第48页 |
| 2.5 差异miRNA靶基因预测 | 第48页 |
| 2.6 qPCR验证 | 第48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-67页 |
| 3.1 原始序列数据处理与统计 | 第48-49页 |
| 3.2 miRNA碱基偏向性 | 第49-50页 |
| 3.3 clean reads分类注释 | 第50-51页 |
| 3.4 已知miRNA分析 | 第51-54页 |
| 3.4.1 已知miRNA家族表达量统计 | 第51-53页 |
| 3.4.2 已知miRNA家族成员及保守性分析 | 第53-54页 |
| 3.5 新miRNA预测 | 第54-56页 |
| 3.6 miRNA差异表达分析 | 第56-57页 |
| 3.6.1 已知miRNA差异表达 | 第56-57页 |
| 3.6.2 新miRNA差异表达 | 第57页 |
| 3.7 差异miRNA靶基因预测 | 第57-66页 |
| 3.7.1 已知差异miRNA靶基因预测 | 第57-63页 |
| 3.7.2 新miRNA靶基因预测 | 第63-66页 |
| 3.8 qPCR验证 | 第66-67页 |
| 4 讨论与总结 | 第67-70页 |
| 第四章 降解组测序验证人参miRNA的靶基因 | 第70-84页 |
| 1 材料与方法 | 第70-72页 |
| 1.1 实验材料 | 第70页 |
| 1.2 方法 | 第70-72页 |
| 1.2.1 降解组文库构建 | 第70-71页 |
| 1.2.2 降解组测序及生物信息学分析 | 第71页 |
| 1.2.3 数据库检索与功能注释 | 第71页 |
| 1.2.4 miRNA降解位点鉴定 | 第71-72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-81页 |
| 2.1 降解组测序数据 | 第72-74页 |
| 2.2 clean tags分类注释分析 | 第74-75页 |
| 2.3 miRNA降解位点鉴定 | 第75-77页 |
| 2.4 降解基因的功能注释 | 第77-80页 |
| 2.5 降解组测序验证人参miRNA靶基因 | 第80-81页 |
| 3 讨论与总结 | 第81-84页 |
| 结论 | 第84-85页 |
| 本研究创新之处 | 第85页 |
| 展望 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 硕士期间发表文章 | 第93-94页 |
| 中英文缩略词 | 第94页 |