| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-23页 |
| 1 研究问题的由来 | 第13-14页 |
| 2 文献综述 | 第14-22页 |
| 2.1 lncRNA的研究进展 | 第14-19页 |
| 2.1.1 lncRNA概述 | 第14-15页 |
| 2.1.2 lncRNA进化 | 第15-16页 |
| 2.1.3 lncRNA生物学功能 | 第16-18页 |
| 2.1.4 lncRNA功能研究的挑战 | 第18-19页 |
| 2.2 H19的研究进展 | 第19-22页 |
| 2.2.1 H19概述 | 第19-20页 |
| 2.2.2 H19调控哺乳动物生长发育 | 第20页 |
| 2.2.3 H19调控骨骼肌细胞分化及肌肉发育 | 第20页 |
| 2.2.4 H19参与肿瘤发生 | 第20-21页 |
| 2.2.5 甲基化对H19的作用 | 第21页 |
| 2.2.6 miR-675 对H19的作用 | 第21-22页 |
| 3 研究的目的与意义 | 第22-23页 |
| 第二章 全基因组lincRNA的分子进化和表观遗传学研究 | 第23-68页 |
| 1 引言 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-37页 |
| 2.1 技术路线 | 第24页 |
| 2.2 材料 | 第24-28页 |
| 2.2.1 数据 | 第24-27页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第27页 |
| 2.2.3 仪器 | 第27页 |
| 2.2.4 主要试剂的配制 | 第27-28页 |
| 2.3 方法 | 第28-37页 |
| 2.3.1 RNA-seq测序及数据分析 | 第28-31页 |
| 2.3.2 BS-seq测序及数据分析 | 第31-34页 |
| 2.3.3 重测序数据分析 | 第34-37页 |
| 2.3.4 lincRNA靶基因预测及通路分析 | 第37页 |
| 3 结果 | 第37-65页 |
| 3.1 肝脏组织RNA-seq数据分析 | 第37-49页 |
| 3.1.1 RNA凝胶电泳检测结果 | 第37-38页 |
| 3.1.2 肝脏组织lincRNA的鉴定 | 第38-39页 |
| 3.1.3 lincRNA与蛋白编码基因的位置关系分析 | 第39-41页 |
| 3.1.4 lincRNA靶基因预测及Gene ontology分析 | 第41-42页 |
| 3.1.5 lincRNA的表达模式分析 | 第42-45页 |
| 3.1.6 差异表达lincRNA分析 | 第45-48页 |
| 3.1.7 差异表达lincRNA两侧靶基因的Gene Ontology分析 | 第48-49页 |
| 3.2 lincRNA的甲基化模式分析 | 第49-56页 |
| 3.2.1 DNA凝胶电泳检测 | 第49-50页 |
| 3.2.2 甲基化C位点的分布特征分析 | 第50页 |
| 3.2.3 lincRNA的总体甲基化模式 | 第50-52页 |
| 3.2.4 TSS和TTS附近lincRNA的甲基化模式 | 第52-54页 |
| 3.2.5 差异甲基化lincRNA分析 | 第54-56页 |
| 3.3 lincRNA的启动子甲基化和表达的整合分析 | 第56-58页 |
| 3.4 lincRNA的表达和其潜在靶基因的表达整合分析 | 第58-60页 |
| 3.5 lincRNA的驯化模式分析 | 第60-65页 |
| 3.5.1 lincRNA基因的受选择分析 | 第60-62页 |
| 3.5.2 筛选猪驯化过程中肝脏代谢相关的候选基因 | 第62-65页 |
| 4 讨论 | 第65-68页 |
| 第三章 长链非编码基因H19的分子进化和甲基化研究 | 第68-93页 |
| 1 引言 | 第68-69页 |
| 2 材料与方法 | 第69-79页 |
| 2.1 技术路线 | 第69页 |
| 2.2 材料 | 第69-74页 |
| 2.2.1 样本信息 | 第69-70页 |
| 2.2.2 数据 | 第70-74页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第74页 |
| 2.3 方法 | 第74-79页 |
| 2.3.1 DNA提取、检测 | 第74页 |
| 2.3.2 PCR反应 | 第74-75页 |
| 2.3.3 H19在不同哺乳动物之间的进化分析 | 第75-76页 |
| 2.3.4 H19的选择信号分析 | 第76-77页 |
| 2.3.5 H19的核酸多样性分析 | 第77页 |
| 2.3.6 家野猪之间H19的甲基化分析 | 第77-78页 |
| 2.3.7 家野猪之间H19的表达差异分析 | 第78-79页 |
| 3 结果 | 第79-91页 |
| 3.1 大尺度物种间H19的进化分析 | 第79-80页 |
| 3.2 筛选H19的受选择信号 | 第80-82页 |
| 3.3 H19的核酸多样性分析 | 第82-86页 |
| 3.4 H19的甲基化分析 | 第86-91页 |
| 4 讨论 | 第91-93页 |
| 第四章 全文小结 | 第93-95页 |
| 1 本研究的主要结论 | 第93-94页 |
| 2 本研究的创新点与特色 | 第94页 |
| 3 本研究的不足之处与进一步的工作建议 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-105页 |
| 附录A | 第105-127页 |
| 攻读学位期间撰写论文题录 | 第127-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
