| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第12-23页 |
| 1.1 细菌小RNA研究进展 | 第12-17页 |
| 1.1.1 细菌小RNA的发现 | 第12页 |
| 1.1.2 细菌小RNA的鉴定方法 | 第12-14页 |
| 1.1.3 细菌小RNA的作用机制 | 第14-15页 |
| 1.1.4 小RNA生物学功能研究 | 第15-17页 |
| 1.2 黄单胞菌致病机理研究进展 | 第17-20页 |
| 1.3 在黄单胞菌中小RNA研究情况 | 第20-22页 |
| 1.4 研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-49页 |
| 2.1 本研究所用的实验材料 | 第23-34页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第23-26页 |
| 2.1.2 研究所用的引物 | 第26-30页 |
| 2.1.3 培养基 | 第30-31页 |
| 2.1.4 抗生素 | 第31-32页 |
| 2.1.5 常用试剂与溶液的配制 | 第32-34页 |
| 2.2 本研究所用的实验方法 | 第34-49页 |
| 2.2.1 菌株培养 | 第34-35页 |
| 2.2.2 菌种的保存和活化 | 第35页 |
| 2.2.3 细菌基因组总DNA的提取 | 第35页 |
| 2.2.4 细菌质粒DNA的提取 | 第35-36页 |
| 2.2.4.1 快速碱裂解法 | 第35-36页 |
| 2.2.4.2 试剂盒提取法 | 第36页 |
| 2.2.5 常规PCR | 第36-37页 |
| 2.2.6 琼脂糖凝胶电泳 | 第37页 |
| 2.2.7 DNA片段的纯化与胶回收 | 第37-38页 |
| 2.2.8 DNA的酶切与连接 | 第38页 |
| 2.2.9 转化实验 | 第38-40页 |
| 2.2.9.1 化转感受态细胞的制备 | 第38-39页 |
| 2.2.9.2 化学转化法 | 第39页 |
| 2.2.9.3 电脉冲感受态细胞的制备 | 第39-40页 |
| 2.2.9.4 电脉冲转化 | 第40页 |
| 2.2.10 三亲本结合 | 第40-41页 |
| 2.2.11 缺失突变体的构建 | 第41页 |
| 2.2.12 过量表达株的构建 | 第41-42页 |
| 2.2.13 细菌总RNA的提取 | 第42-44页 |
| 2.2.13.1 实验前的准备工作及注意事项 | 第42页 |
| 2.2.13.2 Trizol法提取总RNA | 第42-43页 |
| 2.2.13.3 SDS酸酚法提取总RNA | 第43页 |
| 2.2.13.4 RNA的纯度和定量 | 第43-44页 |
| 2.2.14 总RNA中DNA的去除 | 第44-45页 |
| 2.2.15 总RNA中小片段RNA分子的回收 | 第45页 |
| 2.2.16 半定量RT-PCR | 第45-47页 |
| 2.2.17 菌株的表型检测 | 第47-49页 |
| 第三章 结果与分析 | 第49-106页 |
| 3.1 候选小RNA的验证及其转录方向的确定 | 第49-61页 |
| 3.1.1 本工作研究的10个小RNA的基本信息 | 第49-51页 |
| 3.1.2 候选小RNA的验证 | 第51-57页 |
| 3.1.2.1 RT-PCR验证的原理 | 第51-52页 |
| 3.1.2.2 候选小RNA存在的验证结果 | 第52-57页 |
| 3.1.3 小RNA转录方向的确定 | 第57-59页 |
| 3.1.3.1 链特异性RT-PCR鉴定小RNA转录方向的原理 | 第57-58页 |
| 3.1.3.2 通过链特异RT-PCR鉴定小RNA转录方向的结果 | 第58-59页 |
| 3.1.4 小RNA基因在Xcc 8004基因组上的位置 | 第59-61页 |
| 3.2 十个小RNA的生物学功能鉴定 | 第61-103页 |
| 3.2.1 鉴定小RNA功能的策略 | 第61-62页 |
| 3.2.2 小RNA缺失突变体的构建 | 第62-69页 |
| 3.2.2.1 小RNA缺失突变体构建的策略 | 第62页 |
| 3.2.2.2 小RNA缺失突变体的构建过程 | 第62-69页 |
| 3.2.3 小RNA过量表达株的构建 | 第69-76页 |
| 3.2.3.1 小RNA过量表达株构建的策略 | 第69-70页 |
| 3.2.3.2 小RNA过量表达株的构建过程 | 第70-76页 |
| 3.2.4 小RNA缺失突变体和过量表达菌株的表型分析 | 第76-103页 |
| 3.2.4.1 生长情况检测 | 第76-83页 |
| 3.2.4.1.1 小RNA缺失突变体和过量表达菌株生长曲线测定 | 第76-81页 |
| 3.2.4.1.2 生长受影响的5个缺失突变体和2个过量表达株的平板验证 | 第81-83页 |
| 3.2.4.2 胞外酶和胞外多糖的检测 | 第83-85页 |
| 3.2.4.3 游动能力检测 | 第85-88页 |
| 3.2.4.4 生物膜形成检测 | 第88-89页 |
| 3.2.4.5 对非寄主植物的HR反应检测 | 第89-98页 |
| 3.2.4.6 对寄主植物致病性检测 | 第98-103页 |
| 3.3 总结与讨论 | 第103-106页 |
| 3.3.1 总结 | 第103-104页 |
| 3.3.2 讨论 | 第104-106页 |
| 3.3.2.1 sR_(Xcc)-49、sR_(Xcc)-52、sR_(Xcc)-55、sR_(Xcc)-56可能参与Xcc 8004菌株的Ⅲ型分泌系统的致病调控过程 | 第104页 |
| 3.3.2.2 sR_(Xcc)-49、sR_(Xcc)-50、sR_(Xcc)-51、sR_(Xcc)-52、sR_(Xcc)-53、sR_(Xcc)-55可能影响Xcc8004的生长 | 第104页 |
| 3.3.2.3 预测 sR_(Xcc)-49、sR_(Xcc)-52、sR_(Xcc)-55、sR_(Xcc)-56 可能与 hrp 基因簇结合 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第116页 |
