| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 中文文摘 | 第7-14页 |
| 绪论 | 第14-28页 |
| 一、呼肠孤病毒简介 | 第14-16页 |
| 1. 呼肠孤病毒 | 第14页 |
| 2. 呼肠孤病毒致病机理的研究进展 | 第14-16页 |
| 二、番鸭呼肠孤病毒研究进展及存在的问题 | 第16-23页 |
| 1. MDRV的分离鉴定及病毒分子特征 | 第16-17页 |
| 2. MDRV致病性研究进展 | 第17-18页 |
| 3. 天然免疫与宿主抗病毒的研究进展 | 第18-23页 |
| 三、病毒感染诱导的细胞凋亡 | 第23-24页 |
| 1. 细胞凋亡 | 第23页 |
| 2. 病毒诱导的细胞凋亡的信号通路 | 第23-24页 |
| 四、高通量测序和转录组技术在疾病研究中的应用进展 | 第24-26页 |
| 1. 高通量测序 | 第24-25页 |
| 2. 转录组在疾病研究中的应用 | 第25-26页 |
| 五、本实验的研究意义与目的 | 第26-28页 |
| 第1章 10日龄番鸭转录组数据获得与分析 | 第28-47页 |
| 前言 | 第28页 |
| 第一节 材料与方法 | 第28-31页 |
| 1.1 样品的采集 | 第28页 |
| 1.2 实验方法 | 第28-31页 |
| 1.2.1 RNA-SEQ的获得 | 第28-29页 |
| 1.2.2 信息分析流程 | 第29-31页 |
| 第二节 实验结果 | 第31-43页 |
| 1.3.1 产量统计 | 第31页 |
| 1.3.2 组装质量统计 | 第31-32页 |
| 1.3.3 COG注释 | 第32-33页 |
| 1.3.4 GO分类 | 第33-34页 |
| 1.3.5 Unigene pathway代谢通路分析 | 第34-42页 |
| 1.3.6 预测编码阅读框 | 第42-43页 |
| 第三节 讨论 | 第43-46页 |
| 1.4.1 转录组在动物中的应用研究 | 第43-44页 |
| 1.4.2 新一代高通量测序的优点及比较 | 第44页 |
| 1.4.3 功能注释的有关数据库 | 第44-45页 |
| 1.4.4 番鸭转录组数据的意义 | 第45-46页 |
| 第四节 小结 | 第46-47页 |
| 第2章 感染MDRV雏番鸭脾脏转录组数据获得、分析及与对照组差异表达基因分析 | 第47-59页 |
| 前言 | 第47页 |
| 第一节 材料与方法 | 第47-51页 |
| 2.1 病毒 | 第47页 |
| 2.2 方法 | 第47-51页 |
| 2.2.1 动物和样品采集 | 第47页 |
| 2.2.2 RNA-SEQ的获得 | 第47-48页 |
| 2.2.3 数据的获得与分析 | 第48-51页 |
| 第二节 结果 | 第51-57页 |
| 2.3.1 测序Reads质量评估 | 第51-53页 |
| 2.3.2 Reads的分布统计 | 第53-54页 |
| 2.3.3 样品和参考基因比对的统计结果 | 第54页 |
| 2.3.4 基因表达量统计 | 第54-55页 |
| 2.3.5 基因覆盖度分析 | 第55页 |
| 2.3.6 差异表达基因 | 第55-56页 |
| 2.3.7 差异表达基因的GO功能显著性富集分析 | 第56页 |
| 2.3.8 差异表达基因的Pathway显著性富集分析 | 第56-57页 |
| 第三节 讨论 | 第57-58页 |
| 2.4.1 差异表达基因筛选的意义 | 第57页 |
| 2.4.2 MDRV感染宿主细胞的差异表达基因 | 第57-58页 |
| 第四节 小结 | 第58-59页 |
| 第3章 感染MDRV雏番鸭肝脏转录组数据获得、分析及与对照组差异表达基因分析 | 第59-68页 |
| 前言 | 第59页 |
| 第一节 材料与方法 | 第59-60页 |
| 3.1 病毒 | 第59页 |
| 3.2 方法 | 第59-60页 |
| 3.2.1 实验动物和样品采集 | 第59-60页 |
| 第二节 结果 | 第60-66页 |
| 3.3.1 肝脏reads质量评估结果 | 第60-61页 |
| 3.3.2 肝脏Reads在参考基因上的分布统计 | 第61-62页 |
| 3.3.3 基因比对 | 第62-63页 |
| 3.3.4 基因表达量统计 | 第63页 |
| 3.3.5 基因覆盖度分析 | 第63-64页 |
| 3.3.6 差异基因比对 | 第64-65页 |
| 3.3.7 差异表达基因GO功能显著性富集分析结果 | 第65页 |
| 3.3.8 差异表达基因Pathway显著性富集分析 | 第65-66页 |
| 第三节 讨论 | 第66-67页 |
| 3.4.1 MDRV感染差异表达基因的筛选 | 第66页 |
| 3.4.2 MDRV感染肝脏差异表达基因的功能分析 | 第66-67页 |
| 第四节 小结 | 第67-68页 |
| 第4章 MDRV感染后病变脾脏和肝脏差异表达基因比较分析 | 第68-76页 |
| 前言 | 第68页 |
| 第一节 材料与方法 | 第68页 |
| 4.1 材料 | 第68页 |
| 4.2 方法 | 第68页 |
| 第二节 结果 | 第68-75页 |
| 4.3.1 MERV感染肝脏和脾脏中差异表达基因数量的比较 | 第68-69页 |
| 4.3.2 MDRV感染肝脏和脾脏中共有差异表达基因分析 | 第69页 |
| 4.3.3 MDRV感染肝脏和脾脏中共同差异表达基因GO显著性富集分析 | 第69-72页 |
| 4.3.4 Pathway显著性富集分析 | 第72-75页 |
| 第三节 讨论 | 第75页 |
| 第四节 小结 | 第75-76页 |
| 第5章 MDRV激活机体先天性免疫功能的分子机制 | 第76-84页 |
| 前言 | 第76页 |
| 第一节 材料与方法 | 第76-77页 |
| 5.1 材料 | 第76页 |
| 5.2方法 | 第76-77页 |
| 5.2.1 引物设计 | 第76-77页 |
| 5.2.2 RNA的提取及反转录 | 第77页 |
| 5.2.3 荧光定量PCR | 第77页 |
| 第二节 结果 | 第77-81页 |
| 第三节 讨论 | 第81-83页 |
| 5.4.1 先天性免疫 | 第81-82页 |
| 5.4.2 MDRV感染激活机体先天性免疫分子机制 | 第82-83页 |
| 第四节 小结 | 第83-84页 |
| 第6章 MDRV诱导肝脏细胞凋亡的分子机制 | 第84-95页 |
| 前言 | 第84页 |
| 第一节 材料与方法 | 第84-86页 |
| 6.1 材料 | 第84页 |
| 6.2 方法 | 第84-86页 |
| 6.2.1 MDRV感染雏番鸭诱导肝脏细胞凋亡的观察 | 第84页 |
| 6.2.2 差异表达基因KEGG分析 | 第84-85页 |
| 6.2.3 Western blot和Q-PCR验证 | 第85-86页 |
| 6.2.4 MDRV抑制PI3K活化促进细胞凋亡 | 第86页 |
| 第二节 结果 | 第86-92页 |
| 6.3.1 MDRV感染雏番鸭诱导肝细胞凋亡的观察 | 第86-88页 |
| 6.3.2 细胞凋亡差异表达基因的KEGG分析 | 第88-90页 |
| 6.3.3 Western blot法和Q-PCR验证分析 | 第90-91页 |
| 6.3.4 MDRV抑制PI3K活化诱导细胞凋亡 | 第91-92页 |
| 第三节 讨论 | 第92-94页 |
| 6.4.1 细胞凋亡与病毒感染 | 第92-93页 |
| 6.4.2 MDRV诱导细胞凋亡的信号转导途径 | 第93-94页 |
| 第四节 小结 | 第94-95页 |
| 第7章 MDRV诱导肝脏脂肪变性的分子机制研究 | 第95-107页 |
| 前言 | 第95页 |
| 第一节 材料与方法 | 第95-98页 |
| 7.1 材料 | 第95页 |
| 7.2 方法 | 第95-98页 |
| 第二节 结果 | 第98-104页 |
| 7.3.1 MDRV诱导肝脏脂肪变性观察 | 第98-99页 |
| 7.3.2 MDRV感染促进肝脏中游离脂肪酸含量的增加 | 第99页 |
| 7.3.3 KEGG显著性富集分析MDRV感染诱导肝脂肪变性的分子机制 | 第99-103页 |
| 7.3.4 荧光定量PCR验证结果 | 第103-104页 |
| 第三节 讨论 | 第104-106页 |
| 第四节 小结 | 第106-107页 |
| 结论 | 第107-108页 |
| 附录1 | 第108-109页 |
| 附录2 | 第109-110页 |
| 附录3 | 第110-112页 |
| 附录4 | 第112-126页 |
| 附录5 | 第126-140页 |
| 参考文献 | 第140-154页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第154-156页 |
| 致谢 | 第156-157页 |
| 个人简历 | 第157-159页 |
