| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-15页 |
| 第一章 序言 | 第15-28页 |
| ·荧光假单胞菌概述 | 第15-16页 |
| ·低温噬菌体概述 | 第16-18页 |
| ·噬菌体的分类 | 第16-17页 |
| ·低温噬菌体概念及研究现状 | 第17-18页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体基因组研究现状 | 第18-20页 |
| ·噬菌体的holin-endolysin裂解系统 | 第20-25页 |
| ·穿孔素 | 第21页 |
| ·裂解素(Endolysin) | 第21-22页 |
| ·Rz/Rz1和Spanin | 第22-23页 |
| ·holin-endolysin裂解调控 | 第23-25页 |
| ·研究目的及意义 | 第25-28页 |
| 第二章 纳帕海两株低温噬菌体的生物学特性研究 | 第28-44页 |
| ·材料 | 第28-29页 |
| ·样品来源 | 第28页 |
| ·培养基及缓冲液 | 第28-29页 |
| ·方法 | 第29-33页 |
| ·噬菌体的形态观察 | 第29-30页 |
| ·宿主菌生长温度范围及噬菌体侵染宿主的温度范围 | 第30页 |
| ·宿主菌生长曲线 | 第30-31页 |
| ·噬菌体的生物学特性 | 第31-33页 |
| ·噬菌体一步生长曲线 | 第31页 |
| ·噬菌体的最佳感染复数(multiplicity of infection,MOI) | 第31页 |
| ·噬菌体的温度耐受性 | 第31页 |
| ·噬菌体pH耐受性 | 第31-32页 |
| ·噬菌体对化学试剂敏感性 | 第32页 |
| ·噬菌体限制性内切酶酶切片段长度多态性分析 | 第32-33页 |
| ·噬菌体衣壳蛋白分析 | 第33页 |
| ·结果 | 第33-41页 |
| ·噬菌体的形态 | 第33-34页 |
| ·宿主菌生长温度范围及噬菌体侵染宿主的温度范围 | 第34页 |
| ·宿主菌生长曲线 | 第34-35页 |
| ·噬菌体的一步生长曲线 | 第35页 |
| ·噬菌体最佳感染复数 | 第35-36页 |
| ·噬菌体的温度耐受性 | 第36-38页 |
| ·噬菌体的pH耐受性 | 第38-39页 |
| ·噬菌体对化学试剂敏感性 | 第39-40页 |
| ·噬菌体对有机溶剂氯仿的耐受性 | 第39页 |
| ·噬菌体对离子型、非离子型去垢剂Triton X-100、去垢剂SDS及蛋白酶K的耐受性 | 第39-40页 |
| ·噬菌体基因组酶切片段长度多态性分析 | 第40-41页 |
| ·噬菌体衣壳蛋白分析 | 第41页 |
| ·结论 | 第41-44页 |
| 第三章 低温噬菌体VW-6S和VW-6B全基因组解析 | 第44-90页 |
| ·材料 | 第44页 |
| ·实验菌种及其噬菌体 | 第44页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S和VW-6B全基因组测序由北京诺和致源科技股份有限公司完成 | 第44页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S和VW-6B的序列解析方法 | 第44-47页 |
| ·基因组特性的初步分析 | 第44页 |
| ·开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)的预测 | 第44页 |
| ·基因组中tRNA编码序列的分析 | 第44-45页 |
| ·噬菌体VW-6S和VW-6B基因组重复序列预测分析 | 第45-46页 |
| ·启动子及终止子预测分析 | 第46页 |
| ·基因组GC碱基分布分析 | 第46-47页 |
| ·基因编码产物与同源性蛋白的多重序列比对及系统发生树的绘制 | 第47页 |
| ·结果 | 第47-88页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S和VW-6B基因组一般特性 | 第47页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S和VW-6B基因组上开放阅读框(ORF)及编码蛋白的预测分析 | 第47-50页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S和VW-6B基因组上tRNA编码序列分析结果 | 第50-52页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S和VW-6B基因组重复序列分析结果 | 第52-54页 |
| ·噬菌体VW-6S和VW-6B基因组上的启动子预测结果分析 | 第54-68页 |
| ·噬菌体VW-6S和VW-6B基因组转录终止子预测分析 | 第68-69页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S和VW-6B基因组上GC岛(CpGislands)预测分析 | 第69-74页 |
| ·噬菌体VW-6S和VW-6B基因组上主要基因编码蛋白系统发育分析及功能分析 | 第74-88页 |
| ·参与噬菌体包装和结构蛋白类 | 第74-80页 |
| ·参与DNA复制、转录和修复及核苷酸代谢的相关蛋白 | 第80-85页 |
| ·参与噬菌体裂解活动的相关蛋白 | 第85-88页 |
| ·讨论 | 第88-90页 |
| 第四章 噬菌体VW-6S中holin-endolysin裂解机制相关基因的克隆及生物信息学分析 | 第90-113页 |
| ·材料 | 第91-92页 |
| ·菌株和质粒 | 第91页 |
| ·培养基 | 第91-92页 |
| ·方法 | 第92-97页 |
| ·特异性引物设计及合成 | 第92页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S基因组提取 | 第92-93页 |
| ·PCR体外扩增目的基因 | 第93页 |
| ·PCR扩增体系 | 第93页 |
| ·PCR扩增参数设置 | 第93页 |
| ·PCR产物检测 | 第93页 |
| ·PCR产物胶回收 | 第93-94页 |
| ·目的基因的测序验证 | 第94-96页 |
| ·裂解相关蛋白的测序与分析 | 第96-97页 |
| ·噬菌体蛋白的序列比对和系统发育树的构建 | 第96页 |
| ·编码裂解机制相关蛋白的氨基酸序列信号肽序列预测分析 | 第96页 |
| ·噬菌体蛋白的特性分析及二级结构预测 | 第96页 |
| ·蛋白质的亲疏水性预测及跨膜结构预测 | 第96-97页 |
| ·噬菌体蛋白质的三级结构预测 | 第97页 |
| ·噬菌体VW-6S裂解辅助蛋白Spanin的鉴定 | 第97页 |
| ·结果 | 第97-112页 |
| ·引物合成结果 | 第97页 |
| ·荧光假单胞菌噬菌体VW-6S基因组电泳图 | 第97-98页 |
| ·目的基因PCR扩增结果 | 第98-99页 |
| ·阳性克隆PCR检验 | 第99-100页 |
| ·目的片段的测序结果分析 | 第100页 |
| ·噬菌体裂解相关蛋白的生物信息学分析 | 第100-112页 |
| ·穿孔素的预测分析 | 第100-102页 |
| ·Endolysin的预测分析 | 第102-106页 |
| ·裂解辅助蛋白-Spanin的预测分析 | 第106-112页 |
| ·o-spanin蛋白的预测分析 | 第106-108页 |
| ·i-spanin蛋白的预测分析 | 第108-112页 |
| ·讨论 | 第112-113页 |
| 第五章 总结与展望 | 第113-115页 |
| 致谢 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-125页 |
| 附录A 低温荧光假单胞菌噬菌体VW-6S全基因组ORFs预测结果统计表 | 第125-128页 |
| 附录B 低温荧光假单胞菌噬菌体VW-6B全基因组ORFs预测结果统计表 | 第128-131页 |
| 附录C 攻读硕士期间发表论文目录 | 第131页 |
