细菌蛋白质组成的氨基酸代谢流量分析
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-15页 |
| ·氨基酸组成的多样性 | 第9页 |
| ·基因组规模代谢网络研究现状 | 第9-10页 |
| ·流平衡分析简介 | 第10-13页 |
| ·基本原理 | 第11页 |
| ·主要步骤 | 第11-13页 |
| ·研究内容及目的 | 第13-15页 |
| 2 材料与方法 | 第15-24页 |
| ·数据来源 | 第15-16页 |
| ·物种基因组信息 | 第15-16页 |
| ·代谢网络来源 | 第16页 |
| ·确定氨基酸代谢途径 | 第16-18页 |
| ·加入代谢网络中缺失的反应 | 第18页 |
| ·通用代谢物和Dead-End代谢物的确定 | 第18页 |
| ·通用代谢物的确定 | 第18页 |
| ·Dead-End代谢物的确定 | 第18页 |
| ·生成代谢网络的化学计量学矩阵 | 第18-19页 |
| ·蛋白质分类 | 第19-21页 |
| ·功能分类 | 第19页 |
| ·表达水平分类 | 第19-20页 |
| ·保守性分类 | 第20页 |
| ·必需性分类 | 第20-21页 |
| ·氨基酸组成的计算 | 第21页 |
| ·目标函数定义和反应速率约束 | 第21-23页 |
| ·代谢流量差计算 | 第23页 |
| ·软件介绍 | 第23-24页 |
| 3 结果 | 第24-34页 |
| ·代谢网络的确定 | 第24-25页 |
| ·确定氨基酸代谢网络的计量学矩阵 | 第25页 |
| ·目标值的比较 | 第25-32页 |
| ·COG功能分类目标值 | 第26-27页 |
| ·表达水平分类目标值 | 第27-29页 |
| ·保守性分类目标值 | 第29-31页 |
| ·必需基因分类目标值 | 第31-32页 |
| ·流量差和氨基酸性质的关系 | 第32-34页 |
| 4 讨论 | 第34-39页 |
| ·目标值的探讨 | 第34页 |
| ·蛋白质翻译优化空间与氨基酸供应 | 第34-37页 |
| ·代谢网络对新基因产生的影响 | 第37-39页 |
| 参考文献 | 第39-45页 |
| 附录 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46页 |
