| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 常用词语缩写 | 第9-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-25页 |
| 1.乌骨鸡特异性状的研究 | 第14-18页 |
| ·乌骨鸡肉质的研究 | 第14-15页 |
| ·乌骨鸡肌肉品质和营养价值的研究 | 第14-15页 |
| ·影响鸡肌肉发育和肌肉品质基因的研究 | 第15页 |
| ·乌骨鸡的黑色素的研究 | 第15-18页 |
| ·乌骨鸡黑色素营养价值的研究 | 第15-16页 |
| ·乌骨鸡黑色素沉积规律的研究 | 第16页 |
| ·影响乌骨鸡黑色素沉积的相关基因的研究 | 第16-18页 |
| 2.基因表达差异的研究方法 | 第18-22页 |
| ·差异显示PCR技术原理 | 第18页 |
| ·差异显示技术的引物设计 | 第18-19页 |
| ·差异显示中真假阳性基因的鉴定 | 第19-22页 |
| ·真假阳性差异显示片段鉴定的方法 | 第20页 |
| ·利用基因芯片鉴定真假阳性差异显示片段 | 第20-22页 |
| 3.表达序列标签的研究及应用 | 第22-24页 |
| ·表达序列标签的研究及应用 | 第22-23页 |
| ·畜禽表达序列标签的研究概况 | 第23-24页 |
| 4.本实验的研究思路及意义 | 第24-25页 |
| 第二章 四种不同品种鸡腿肌差异表达cDNA片段的筛选 | 第25-38页 |
| 1.实验材料 | 第25-27页 |
| ·参试鸡种及主要特征 | 第25页 |
| ·样品采集与处理 | 第25-26页 |
| ·差异显示引物 | 第26页 |
| ·所需试剂及试剂盒 | 第26-27页 |
| ·RNA相关的器皿和试剂操作的注意事项 | 第26页 |
| ·常用试剂和试剂盒 | 第26页 |
| ·常用试剂的配制 | 第26-27页 |
| 2.实验方法 | 第27-31页 |
| ·总RNA抽提 | 第27-28页 |
| ·RNA质量和浓度检测 | 第28页 |
| ·各品种腿肌总RNA池制备 | 第28页 |
| ·DNase Ⅰ处理 | 第28-29页 |
| ·差异显示逆转录PCR(DDRT-PCR) | 第29-30页 |
| ·逆转录(单链cDNA的合成) | 第29页 |
| ·DD-PCR反应 | 第29-30页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE) | 第30页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第30页 |
| ·银染法显色 | 第30页 |
| ·差异片段的切取与再扩增 | 第30-31页 |
| 3.实验结果 | 第31-35页 |
| ·腿肌组织总RNA的提取结果 | 第31页 |
| ·差异显示逆转录PCR产物的电泳结果 | 第31页 |
| ·差异片段的切取 | 第31-35页 |
| ·差异片段的再扩增与纯化 | 第35页 |
| 4.讨论与分析 | 第35-38页 |
| ·总RNA的抽提 | 第35-36页 |
| ·关于DNase Ⅰ处理 | 第36页 |
| ·反应条件对实验结果的影响 | 第36页 |
| ·差异条带的回收 | 第36-37页 |
| ·差异条带再扩增 | 第37-38页 |
| 第三章 差异表达cDNA片段真实性的验证 | 第38-46页 |
| 1.材料与方法 | 第38页 |
| ·实验材料 | 第38页 |
| ·主要试剂及试剂盒 | 第38页 |
| 2.实验方法 | 第38-39页 |
| ·单链构象多态性(SSCP)分析差异条带单一性 | 第38-39页 |
| ·制备凝胶 | 第38-39页 |
| ·电泳 | 第39页 |
| ·银染法显色 | 第39页 |
| ·SSCP结果分析 | 第39页 |
| ·利用基因芯片进行杂交验证 | 第39页 |
| ·基因芯片杂交的方法 | 第39页 |
| 3.实验结果 | 第39-42页 |
| ·SSCP筛选结果 | 第39-40页 |
| ·基因芯片杂交结果 | 第40-42页 |
| 4.讨论与分析 | 第42-46页 |
| ·SSCP的特点 | 第42-43页 |
| ·基因芯片杂交验证差异条带的真实性 | 第43-46页 |
| ·本实验中基因芯片假阳性的避免 | 第43-44页 |
| ·基因芯片结果分析 | 第44-46页 |
| 第四章 四个品种鸡腿肌差异表达cDNA片段生物信息学及表达分析 | 第46-61页 |
| 1.差异显示cDNA片段序列的分析 | 第46-47页 |
| ·各差异显示cDNA片段序列 | 第46-47页 |
| ·各差异显示片段的基本信息 | 第47页 |
| 2.不同品种鸡腿肌差异表达cDNA片段的生物信息学分析 | 第47-50页 |
| ·分析方法 | 第47-48页 |
| ·序列相似性搜索 | 第48页 |
| ·与差异显示片段同源的已知基因的分析 | 第48页 |
| ·未知功能差异显示片段的分析 | 第48页 |
| ·相似性搜索 | 第48-50页 |
| 3.不同品种鸡差异表达标签的分析 | 第50-54页 |
| ·不同品种鸡差异表达标签的已知基因的分析 | 第50页 |
| ·表达标签序列D1 | 第50页 |
| ·表达序列标签D5 | 第50页 |
| ·与家鸡的某些核酸序列同源但功能未知的EST | 第50-54页 |
| ·表达表签D2 | 第50-51页 |
| ·表达标签序列D3 | 第51-53页 |
| ·表达标签序列D4 | 第53-54页 |
| 4.讨论与分析 | 第54-56页 |
| ·表达序列标签的电子延伸 | 第54-55页 |
| ·电子基因定位分析 | 第55-56页 |
| ·通过序列标签位点进行定位 | 第55-56页 |
| ·通过UniGene数据库进行定位 | 第56页 |
| ·直接利用基因组序列定位 | 第56页 |
| ·EST所对应的基因组序列分析 | 第56页 |
| 5.关于不同品种初生鸡腿肌差异显示的基因 | 第56-61页 |
| ·COX基因(cytochrome oxidase，COX) | 第56-57页 |
| ·肌肉肌酸激酶基因(M-CK，muscle creatine kinase) | 第57-58页 |
| ·14-3-3ε(14-3-3 epsilon)基因 | 第58-59页 |
| ·其他差异显示基因 | 第59-61页 |
| 第五章 总结 | 第61-63页 |
| 主要参考文献 | 第63-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 附录1 所用差异显示引物序列 | 第70-71页 |
| 附录2 基因芯片杂交过程 | 第71-74页 |
| 附录3 作者简介 | 第74页 |
