| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第15-26页 |
| 1.1 荧光蛋白的历史和发展 | 第15-18页 |
| 1.2 本论文拟开展的工作 | 第18-21页 |
| 参考文献 | 第21-26页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第26-52页 |
| 2.1 Hartree-Fock理论 | 第26-29页 |
| 2.1.1 Born-Oppenheimer近似 | 第26-28页 |
| 2.1.2 单电子近似和Hartree-Fock方程 | 第28-29页 |
| 2.2 密度泛函理论 | 第29-32页 |
| 2.3 含时密度泛函理论 | 第32-33页 |
| 2.4 分子动力学 | 第33-36页 |
| 2.5 杂化的量子力学/分子力学方法 | 第36-41页 |
| 2.6 振动分辨的单(双)光子吸收光谱和圆二色谱 | 第41-45页 |
| 参考文献 | 第45-52页 |
| 第三章 理论表征处于激发态质子转移过程中的红色荧光蛋白LSSmKate1的结构,光谱和势能曲线 | 第52-87页 |
| 3.1 研究动机 | 第52-55页 |
| 3.2 计算细节 | 第55-58页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第58-74页 |
| 3.3.1 LSSmKate1蛋白的基态热力学平衡和统计吸收光谱 | 第58-62页 |
| 3.3.2 蛋白质环境对生色团中性态和阴离子态两种态的构型和吸收/发射光谱的影响 | 第62-71页 |
| 3.3.3 ESPT过程中所涉及的PEC | 第71-74页 |
| 3.4 总结 | 第74-77页 |
| 参考文献 | 第77-87页 |
| 第四章 理论研究蛋白质环境对黄色荧光蛋白Citrine的OPA和TPA的影响 | 第87-118页 |
| 4.1 研究动机 | 第87-89页 |
| 4.2 计算细节 | 第89-92页 |
| 4.2.1 生色团振动分辨的OPA和TPA光谱 | 第89-91页 |
| 4.2.2 MD模拟和QM/MM计算 | 第91-92页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第92-107页 |
| 4.3.1 在真空和不同溶剂中,AC振动分辨的OPA和TPA光谱 | 第92-101页 |
| 4.3.2 蛋白质环境对AC的OPA和TPA光谱的影响 | 第101-107页 |
| 4.4 结论 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-118页 |
| 第五章 理论研究PBI衍生物在加入D-葡萄糖时引起的聚集行为 | 第118-131页 |
| 5.1 研究动机 | 第118-120页 |
| 5.2 计算细节 | 第120-121页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第121-125页 |
| 5.3.1 聚集体的构型 | 第121-122页 |
| 5.3.2 聚集体的CD光谱 | 第122-125页 |
| 5.4 总结 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-131页 |
| 第六章 总结与展望 | 第131-133页 |
| 攻读博士学位期间的论文发表情况 | 第133-134页 |
| 致谢 | 第134页 |
