| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第13-26页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-15页 |
| 1.2 研究意义 | 第15-16页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第16-23页 |
| 1.4 研究内容与创新点 | 第23-24页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第23-24页 |
| 1.4.2 创新点 | 第24页 |
| 1.5 论文结构安排 | 第24-26页 |
| 第2章 蛋白质结构预测基本知识 | 第26-34页 |
| 2.1 蛋白质结构 | 第26-29页 |
| 2.2 蛋白质结构域 | 第29-30页 |
| 2.3 蛋白质结构预测方法 | 第30-31页 |
| 2.4 能量函数 | 第31-32页 |
| 2.5 预测结构评价指标 | 第32-33页 |
| 2.6 本章小结 | 第33-34页 |
| 第3章 基于局部抽象凸估计的差分进化算法 | 第34-55页 |
| 3.1 引言 | 第34-35页 |
| 3.2 预备知识 | 第35-37页 |
| 3.2.1 差分进化算法 | 第35-36页 |
| 3.2.2 抽象凸估计 | 第36-37页 |
| 3.3 算法设计及分析 | 第37-43页 |
| 3.3.1 抽象凸估计选择策略 | 第38-39页 |
| 3.3.2 无效区域排除策略 | 第39-40页 |
| 3.3.3 局部增强策略 | 第40页 |
| 3.3.4 算法描述 | 第40-41页 |
| 3.3.5 时间复杂度分析 | 第41-43页 |
| 3.4 数值实验与讨论 | 第43-54页 |
| 3.4.1 测试函数和实验设置 | 第43页 |
| 3.4.2 评价指标 | 第43-44页 |
| 3.4.3 与state-of-the-art DE算法比较 | 第44-50页 |
| 3.4.4 与非DE算法比较 | 第50-52页 |
| 3.4.5 CEC2015函数测试 | 第52-54页 |
| 3.4.6 参数分析 | 第54页 |
| 3.5 本章小结 | 第54-55页 |
| 第4章 基于抽凸估计的多阶段差分进化算法 | 第55-91页 |
| 4.1 引言 | 第55-56页 |
| 4.2 算法设计及分析 | 第56-63页 |
| 4.2.1 抽象凸估计阶段预测 | 第57-59页 |
| 4.2.2 质心变异策略 | 第59-60页 |
| 4.2.3 阶段策略池 | 第60页 |
| 4.2.4 参数自适应 | 第60-61页 |
| 4.2.5 时间复杂度 | 第61-63页 |
| 4.3 实验与讨论 | 第63-89页 |
| 4.3.1 测试函数和实验设置 | 第63-64页 |
| 4.3.2 与state-of-the-art DE算法比较 | 第64-69页 |
| 4.3.3 扩展性分析 | 第69-74页 |
| 4.3.4 组件效果分析 | 第74-81页 |
| 4.3.5 参数研究 | 第81-86页 |
| 4.3.6 时间复杂度分析 | 第86-87页 |
| 4.3.7 CEC2013函数测试 | 第87-89页 |
| 4.4 本章小结 | 第89-91页 |
| 第5章 抽象凸估计多变异策略蛋白质构象空间优化算法 | 第91-107页 |
| 5.1 引言 | 第91-92页 |
| 5.2 预备知识 | 第92-93页 |
| 5.2.1 基于知识的粗粒度能量模型 | 第92-93页 |
| 5.2.2 片段组装 | 第93页 |
| 5.3 算法设计及分析 | 第93-99页 |
| 5.3.1 测试构象生成策略 | 第94页 |
| 5.3.2 抽象凸估计模型 | 第94-96页 |
| 5.3.3 下界估计构象选择策略 | 第96页 |
| 5.3.4 距离谱约束策略 | 第96-97页 |
| 5.3.5 算法描述 | 第97-98页 |
| 5.3.6 时间复杂度分析 | 第98-99页 |
| 5.4 实验与讨论 | 第99-106页 |
| 5.4.1 测试蛋白及实验设置 | 第99页 |
| 5.4.2 预测结果分析 | 第99-103页 |
| 5.4.3 收敛性分析 | 第103页 |
| 5.4.4 采样能力分析 | 第103-104页 |
| 5.4.5 与state-of-the-art算法比较 | 第104-106页 |
| 5.5 本章小结 | 第106-107页 |
| 第6章 多域蛋白结构域组装算法 | 第107-126页 |
| 6.1 引言 | 第107-108页 |
| 6.2 组装算法 | 第108-114页 |
| 6.2.1 多域蛋白质库构建 | 第108-109页 |
| 6.2.2 局部-全局模板搜索 | 第109-111页 |
| 6.2.3 滑动窗口模板重叠 | 第111-112页 |
| 6.2.4 能量函数 | 第112-114页 |
| 6.3 Linker建模 | 第114-116页 |
| 6.3.1 随机游走初始化 | 第114-115页 |
| 6.3.2 Linker能量函数 | 第115-116页 |
| 6.4 实验与讨论 | 第116-125页 |
| 6.4.1 测试集和实验设置 | 第116-117页 |
| 6.4.2 多域蛋白评价指标 | 第117-118页 |
| 6.4.3 天然态结构域组装 | 第118-122页 |
| 6.4.4 预测结构域组装 | 第122-123页 |
| 6.4.5 CASP12多域蛋白组装 | 第123-125页 |
| 6.5 本章小结 | 第125-126页 |
| 第7章 总结与展望 | 第126-129页 |
| 7.1 总结 | 第126-128页 |
| 7.2 展望 | 第128-129页 |
| 参考文献 | 第129-140页 |
| 致谢 | 第140-142页 |
| 攻读学位期间参加的科研项目和成果 | 第142-144页 |
