| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 英文缩写 | 第16-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-30页 |
| 1.1 多溴联苯醚污染及生物修复 | 第17-18页 |
| 1.2 微生物形态多样性 | 第18-22页 |
| 1.2.1 新月柄杆菌（Caulobacter crescentus） | 第18-19页 |
| 1.2.2 丝状细菌 | 第19-21页 |
| 1.2.3 赖氨酸芽胞杆菌（Lysinibacillus） | 第21-22页 |
| 1.3 微生物细胞形态形成 | 第22-28页 |
| 1.3.1 细胞骨架 | 第22-23页 |
| 1.3.2 细胞周期 | 第23-24页 |
| 1.3.3 细胞分裂 | 第24-27页 |
| 1.3.4 细菌形态的外界影响因素 | 第27-28页 |
| 1.4 研究意义 | 第28-29页 |
| 1.5 研究目的和内容 | 第29-30页 |
| 1.5.1 研究目的 | 第29页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第29-30页 |
| 第二章 Lysinibacillus varians GY32 的分离及其降解十溴联苯醚 | 第30-44页 |
| 2.1 材料 | 第30-31页 |
| 2.1.1 底泥样品 | 第30页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第30-31页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第31页 |
| 2.1.4 培养基 | 第31页 |
| 2.2 方法 | 第31-36页 |
| 2.2.1 菌株GY32 的富集、分离与纯化 | 第31-32页 |
| 2.2.2 十溴联苯醚对GY32 菌体生长的影响 | 第32页 |
| 2.2.3 十溴联苯醚吸附 | 第32-33页 |
| 2.2.4 十溴联苯醚降解 | 第33-34页 |
| 2.2.5 十溴联苯醚测定 | 第34-36页 |
| 2.2.6 溶解氧及生物量测定 | 第36页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第36-42页 |
| 2.3.1 十溴联苯醚对GY32 菌体生长的影响 | 第36-37页 |
| 2.3.2 菌株GY32 吸附十溴联苯醚 | 第37-39页 |
| 2.3.3 菌株GY32 降解十溴联苯醚 | 第39-42页 |
| 2.3.4 质量控制结果 | 第42页 |
| 2.4 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 Lysinibacillus varians GY32 的鉴定及其细胞周期模型的构建 | 第44-69页 |
| 3.1 材料 | 第44-47页 |
| 3.1.1 菌种 | 第44页 |
| 3.1.2 标准菌株 | 第44页 |
| 3.1.3 主要试剂及配制 | 第44-46页 |
| 3.1.4 培养基 | 第46页 |
| 3.1.5 主要仪器及设备 | 第46-47页 |
| 3.2 方法 | 第47-53页 |
| 3.2.1 菌株GY32 的细胞形态变化观察 | 第47-48页 |
| 3.2.2 菌株GY32 的生理生化特征测定 | 第48-51页 |
| 3.2.3 菌株GY32 的遗传型特征分析 | 第51-53页 |
| 3.2.4 菌株保藏 | 第53页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第53-67页 |
| 3.3.1 菌株GY32 的生长曲线 | 第53-54页 |
| 3.3.2 菌株GY32 的丝状细胞 | 第54-56页 |
| 3.3.3 菌株GY32 的形态变化及其细胞周期 | 第56-59页 |
| 3.3.4 菌株GY32 的鉴定 | 第59-67页 |
| 3.4 本章小结 | 第67-69页 |
| 第四章 Lysinibacillus varians GY32 全基因组序列测定 | 第69-90页 |
| 4.1 材料 | 第69-70页 |
| 4.1.1 菌株 | 第69页 |
| 4.1.2 主要试剂及配制 | 第69-70页 |
| 4.1.3 主要仪器与设备 | 第70页 |
| 4.2 方法 | 第70-72页 |
| 4.2.1 基因组提取 | 第70-71页 |
| 4.2.2 基因组测序、拼接组装和补空 | 第71页 |
| 4.2.3 基因组注释 | 第71页 |
| 4.2.4 代谢途径分析 | 第71页 |
| 4.2.5 基因岛与基因水平转移 | 第71-72页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第72-88页 |
| 4.3.1 基因组基本特征 | 第72-77页 |
| 4.3.2 基本代谢 | 第77-79页 |
| 4.3.3 转运蛋白 | 第79页 |
| 4.3.4 转录与翻译 | 第79页 |
| 4.3.5 基因岛与基因水平转移 | 第79-82页 |
| 4.3.6 表层蛋白 | 第82-84页 |
| 4.3.7 细胞分裂体组装和细胞骨架蛋白相关基因 | 第84-85页 |
| 4.3.8 细胞周期相关蛋白 | 第85-87页 |
| 4.3.9 双组分调节元件 | 第87-88页 |
| 4.4 本章小结 | 第88-90页 |
| 第五章 Lysinibacillus varians GY32 比较基因组及转录组测序分析 | 第90-112页 |
| 5.1 材料 | 第90-91页 |
| 5.1.1 基因组序列 | 第90页 |
| 5.1.2 转录组测序菌种准备 | 第90-91页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第91页 |
| 5.2 方法 | 第91-94页 |
| 5.2.1 比较基因组分析 | 第91-92页 |
| 5.2.2 RNA提取 | 第92页 |
| 5.2.3 mRNA样品质量检测 | 第92页 |
| 5.2.4 cDNA文库构建 | 第92-93页 |
| 5.2.5 cDNA文库测序 | 第93页 |
| 5.2.6 转录组数据分析 | 第93-94页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第94-110页 |
| 5.3.1 基因组比较基本信息 | 第94-95页 |
| 5.3.2 基因组结构 | 第95-96页 |
| 5.3.3 基因组功能比较 | 第96-98页 |
| 5.3.4 基因组中细胞分裂基因 | 第98页 |
| 5.3.5 Lysinibacillus varians GY32 基因组中特有的细胞形态形成基因 | 第98-99页 |
| 5.3.6 RNA提取与mRNA纯化 | 第99-100页 |
| 5.3.7 RNA-seq数据基础分析 | 第100-102页 |
| 5.3.8 丝状细胞与杆状细胞形态形成基因转录水平分析 | 第102-109页 |
| 5.3.9 荧光定量PCR验证部分关键基因表达情况 | 第109-110页 |
| 5.4 本章小结 | 第110-112页 |
| 结论与展望 | 第112-116页 |
| 结论 | 第112-114页 |
| 展望 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-127页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第127-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 附件 | 第130页 |
