| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第14-26页 |
| 1.1 细菌基因组岛 | 第14-16页 |
| 1.1.1 细菌基因组岛简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 细菌基因组岛识别现状 | 第15-16页 |
| 1.2 细菌 IV 型分泌系统 | 第16-19页 |
| 1.2.1 细菌 IV 型分泌系统简介 | 第16-18页 |
| 1.2.2 细菌 IV 型分泌系统分类 | 第18-19页 |
| 1.3 细菌非编码 RNA | 第19-22页 |
| 1.3.1 细菌非编码 RNA 简介 | 第19-20页 |
| 1.3.2 细菌非编码 RNA 常用预测工具 | 第20-22页 |
| 1.4 细菌重复基因 | 第22-24页 |
| 1.4.1 细菌重复基因简介 | 第22-23页 |
| 1.4.2 重复基因的保留和进化机制 | 第23-24页 |
| 1.5 本论文主要工作 | 第24-26页 |
| 第二章 基因组差减式杂交工具 mGenomeSubtractor 更新 | 第26-36页 |
| 2.1 引言 | 第26-27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-31页 |
| 2.2.1 数据更新和存储 | 第27-28页 |
| 2.2.2 多个用户同时提交作业 | 第28-29页 |
| 2.2.3 mpiBLAST 参数优化 | 第29-31页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第31-34页 |
| 2.3.1 数据更新和存储优化 | 第31-32页 |
| 2.3.2 mpiBLAST 参数优化 | 第32-34页 |
| 2.4 小结与展望 | 第34-36页 |
| 第三章 细菌 IV 型分泌系统相关数据挖掘 | 第36-48页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 材料与方法 | 第37-41页 |
| 3.2.1 文献挖掘 | 第37-38页 |
| 3.2.2 细菌中的 IV 型分泌系统 | 第38-41页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第41-47页 |
| 3.3.1 IV 型分泌系统相关数据集 | 第41-45页 |
| 3.3.2 肺炎克雷伯菌 HS11286 中的 IV 型分泌系统 | 第45-47页 |
| 3.4 小结与展望 | 第47-48页 |
| 第四章 利用不同 G+C 含量基因组评估细菌 ncRNA 预测工具 | 第48-67页 |
| 4.1 引言 | 第48-49页 |
| 4.2 材料与方法 | 第49-54页 |
| 4.2.1 数据集 | 第49-50页 |
| 4.2.2 ncRNA 预测工具评估 | 第50-51页 |
| 4.2.3 ncRNA 基因转录起始和终止区域特征分析 | 第51-53页 |
| 4.2.4 肺炎克雷伯菌 HS11286 基因组中 ncRNA 基因的识别 | 第53-54页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第54-65页 |
| 4.3.1 ncRNA 基因长度分布 | 第54-55页 |
| 4.3.2 不同 G+C 含量基因组评估 ncRNA 预测工具 | 第55-58页 |
| 4.3.3 ncRNA 基因转录起始和终止位点序列特征 | 第58-64页 |
| 4.3.4 肺炎克雷伯菌中 ncRNA 基因的识别及其与基因组岛的关系 | 第64-65页 |
| 4.4 小结与展望 | 第65-67页 |
| 第五章 细菌重复基因网上识别工具 triP 的开发 | 第67-77页 |
| 5.1 引言 | 第67-68页 |
| 5.2 材料与方法 | 第68-70页 |
| 5.2.1 计算机辅助识别细菌重复基因 | 第68-69页 |
| 5.2.2 快速识别细菌重复基因网上工具 triP 的开发 | 第69-70页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第70-75页 |
| 5.3.1 细菌重复基因的计算机辅助识别 | 第70-73页 |
| 5.3.2 细菌重复基因网上识别工具 triP | 第73-75页 |
| 5.4 小结与展望 | 第75-77页 |
| 第六章 总结 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-87页 |
| 附录 | 第87-93页 |
| 致谢 | 第93-95页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第95页 |
