| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11页 |
| 1 文献综述 | 第13-22页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13页 |
| 1.2 猪蓝耳病的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.2.1 猪蓝耳病简介 | 第13-14页 |
| 1.2.2 猪蓝耳病病毒与受体简介 | 第14-17页 |
| 1.2.2.1 蓝耳病病毒的分子结构 | 第15页 |
| 1.2.2.2 蓝耳病病毒进入宿主细胞的感染过程与病毒受体的鉴定 | 第15-17页 |
| 1.3 蓝耳病病毒受体——硫酸乙酰肝素(Hs)及其多糖复合物的结构及功能 | 第17-19页 |
| 1.3.1 硫酸乙酰肝素的结构 | 第17页 |
| 1.3.2 硫酸乙酰肝素蛋白多糖(Heparan sulfate proteoglycan,HSPG)的结构 | 第17页 |
| 1.3.3 硫酸乙酰肝素蛋白多糖(Heparan sulfate proteoglycan, HSPG)的功能 | 第17-19页 |
| 1.4 硫酸乙酰肝素在动物体内的代谢过程 | 第19-20页 |
| 1.4.1 硫酸乙酰肝素的生物合成 | 第19页 |
| 1.4.2 硫酸乙酰肝素在动物体内的降解 | 第19-20页 |
| 1.5 本研究涉及基因的研究进展 | 第20-21页 |
| 1.5.1 多基配体蛋白多糖2(Sndecan2) | 第20页 |
| 1.5.2 基膜蛋白多糖(Perlecan) | 第20页 |
| 1.5.3 N-脱乙酰基/N-硫转移酶(N-deacetylase/N-sulfotransferase,NDST) | 第20-21页 |
| 1.5.4 肝素酶(heparanase,HPSE) | 第21页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-33页 |
| 2.1 材料 | 第22-25页 |
| 2.1.1 猪组织样品 | 第22页 |
| 2.1.2 DNA样品 | 第22页 |
| 2.1.2.1 用于基因染色体定位的DNA样品 | 第22页 |
| 2.1.2.2 用于性状关联分析的DNA样品 | 第22页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第22-23页 |
| 2.1.4 主要试剂的配制 | 第23-24页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第24页 |
| 2.1.6 主要分子生物学软件 | 第24页 |
| 2.1.7 主要网站及数据库 | 第24-25页 |
| 2.2 方法 | 第25-33页 |
| 2.2.1 猪SDC2和HPSE基因的分离方法 | 第25-27页 |
| 2.2.1.1 猪SDC2和HPSE基因EST-重叠群的构建 | 第25页 |
| 2.2.1.2 用于分离猪SDC2和HPSE基因的引物设计 | 第25页 |
| 2.2.1.3 总RNA的提取及检测 | 第25-26页 |
| 2.2.1.4 反转录反应(Reverse transcription RT) | 第26页 |
| 2.2.1.5 PCR扩增条件 | 第26页 |
| 2.2.1.6 PCR产物的纯化、克隆和测序 | 第26-27页 |
| 2.2.2 染色体定位的RH法 | 第27-28页 |
| 2.2.2.1 用于猪SDC2,PERLECAN和HPSE基因染色体定位的引物设计 | 第27页 |
| 2.2.2.2 PCR扩增分型方法 | 第27-28页 |
| 2.2.2.3 数据分析方法 | 第28页 |
| 2.2.3 芯片检测硫酸乙酰肝素在动物体内代谢过程中的关键基因的表达差异 | 第28-29页 |
| 2.2.3.1 试验动物的选择 | 第28页 |
| 2.2.3.2 试验设计 | 第28页 |
| 2.2.3.3 人工感染 | 第28页 |
| 2.2.3.4 肺泡巨噬细胞基因表达芯片检测与数据分析 | 第28-29页 |
| 2.2.4 基因表达模式研究 | 第29-30页 |
| 2.2.4.1 半定量RT-PCR(Semi-quantitative PCR) | 第29页 |
| 2.2.4.2 实时定量PCR(Real-time quantitative PCR) | 第29-30页 |
| 2.2.5 试验群体的建立 | 第30-31页 |
| 2.2.5.1 血液指标的测定 | 第30页 |
| 2.2.5.2 免疫球蛋白G(IgG)的测定 | 第30-31页 |
| 2.2.6 SNP的筛查与基因型检测 | 第31-33页 |
| 2.2.6.1 直接测序法筛查SNP位点 | 第31页 |
| 2.2.6.2 基因型检测 | 第31页 |
| 2.2.6.3 基因多态位点的遗传多样性检测 | 第31-32页 |
| 2.2.6.4 基因型与性状关联分析 | 第32-33页 |
| 3 结果 | 第33-47页 |
| 3.1 猪SDC2和HPSE基因的分离及序列分析 | 第33-37页 |
| 3.1.1 猪SDC2和HPSE两个基因的cDNA克隆 | 第33页 |
| 3.1.2 猪SDC2和HPSE两个基因的序列分析结果 | 第33-37页 |
| 3.2 猪SDC2、PERLECAN和HPSE的染色体定位结果 | 第37-39页 |
| 3.3 猪SDC2、PERLECAN和HPSE的组织表达谱分析 | 第39-40页 |
| 3.4 目的基因在芯片中的结果及QPCR验证 | 第40-41页 |
| 3.5 三个基因的SNP检测及其与性状的关联分析 | 第41-47页 |
| 3.5.1 SDC2基因的SNP检测及其与血液指标和部分免疫性状的关联分析 | 第41-44页 |
| 3.5.1.1 SDC2基因在5'非翻译区及第三外显子上的多态位点的检测及其与血液指标和部分免疫性状的关联分析 | 第41-43页 |
| 3.5.1.2 在通城和大白猪中SDC2-BanⅡ多态位点基因型频率的检测结果 | 第43-44页 |
| 3.5.2 PERLECAN基因的SNP检测及其与血液指标和部分免疫性状的关联分析 | 第44-45页 |
| 3.5.2.1 PERLECAN基因在第26内含子上的多态位点的检测及其与血液指标和部分免疫性状的关联分析 | 第44-45页 |
| 3.5.3 HPSE基因的SNP检测及其与血液指标和部分免疫性状的关联分析 | 第45-47页 |
| 4 讨论 | 第47-52页 |
| 4.1 关于利用比较基因组学和基因组数据库来分离新基因 | 第47页 |
| 4.2 关于SDC2的蛋白结构预测 | 第47-48页 |
| 4.3 关于猪SDC2,PERLECAN和HPSE这三个基因的染色体定位 | 第48页 |
| 4.4 关于基因表达谱的分析 | 第48-49页 |
| 4.5 关于基因的SNP扫描与性状关联分析 | 第49-50页 |
| 4.5.1 猪SDC2、PERLECAN和HPSE基因的SNP位点和红细胞性状之间的关联 | 第49页 |
| 4.5.2 关于红细胞免疫 | 第49-50页 |
| 4.6 关于HS合成酶基因NDST4和降解酶基因HPSE的表达量与HS的关系 | 第50-52页 |
| 5 小结 | 第52-54页 |
| 5.1 本研究获得的结果 | 第52页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第52-53页 |
| 5.3 本研究的不足之处及进一步值得研究的工作 | 第53-54页 |
| 5.3.1 本研究的不足之处 | 第53页 |
| 5.3.2 进一步值得开展的工作 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-60页 |
| 附录1 缩略词表 | 第60-61页 |
| 附录2 猪SDC2基因部分cDNA序列 | 第61-62页 |
| 附录3 猪HPSE基因部分cDNA序列 | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
