| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-24页 |
| 1.1 前言 | 第8页 |
| 1.2 蛋白质分子空间构象转变 | 第8-11页 |
| 1.2.1 构象病种类及分子机理 | 第9-10页 |
| 1.2.2 构象病中蛋白质空间构象转变及其抑制 | 第10-11页 |
| 1.3 淀粉样-β蛋白的介绍 | 第11-19页 |
| 1.3.1 阿尔兹海默症与Aβ的关系 | 第11页 |
| 1.3.2 Aβ的生成 | 第11-13页 |
| 1.3.3 Aβ的毒性和聚集 | 第13-15页 |
| 1.3.4 Aβ的结构及其构象变化 | 第15-16页 |
| 1.3.5 抑制淀粉样蛋白结构转变及聚集的抑制剂 | 第16-18页 |
| 1.3.6 抑制淀粉样蛋白聚集的研究现状 | 第18-19页 |
| 1.4 分子动力学模拟在蛋白质结构研究中的应用 | 第19-22页 |
| 1.4.1 分子动力学模拟的介绍 | 第20-21页 |
| 1.4.2 分子动力学模拟在蛋白质相互作用过程中的研究 | 第21-22页 |
| 1.4.3 分子动力学模拟在抑制剂抑制淀粉样蛋白研究中的应用 | 第22页 |
| 1.5 本课题的研究内容及意义 | 第22-24页 |
| 第二章 分子动力学模拟多肽抑制剂与淀粉样-β蛋白相互作用 | 第24-42页 |
| 2.1 前言 | 第24页 |
| 2.2 分子动力学模拟模型建立 | 第24-27页 |
| 2.2.1 不同种类多肽抑制剂及Aβ分子模型的构建 | 第24-26页 |
| 2.2.2 模拟参数设置 | 第26页 |
| 2.2.3 模型建立及模拟过程 | 第26-27页 |
| 2.3 分析方法 | 第27-29页 |
| 2.3.1 二级结构分析方法 | 第27-28页 |
| 2.3.2 均方根偏差 | 第28页 |
| 2.3.3 廻转半径 | 第28页 |
| 2.3.4 侧链接触图 | 第28页 |
| 2.3.5 氢键 | 第28-29页 |
| 2.3.6 势能分析 | 第29页 |
| 2.3.7 接触数分析 | 第29页 |
| 2.4 模拟结果与讨论 | 第29-41页 |
| 2.4.1 多肽抑制剂对淀粉样-β蛋白结构转变的影响 | 第29-34页 |
| 2.4.1.1 多肽抑制剂对Aβ42 二级结构的影响 | 第29-31页 |
| 2.4.1.2 多肽抑制剂对Aβ42 均方根偏差的影响 | 第31-32页 |
| 2.4.1.3 多肽抑制剂对Aβ42 廻转半径的影响 | 第32页 |
| 2.4.1.4 多肽抑制剂对Aβ42 侧链距离的影响 | 第32-34页 |
| 2.4.2 多肽抑制剂与淀粉样-β蛋白之间的氢键分析 | 第34-37页 |
| 2.4.3 多肽抑制剂与淀粉样-β蛋白之间接触数与势能变化的关系 | 第37-41页 |
| 2.4.3.1 多肽类抑制与Aβ42 之间的能量分析 | 第37-38页 |
| 2.4.3.2 多肽类抑制与Aβ42 之间接触数分析 | 第38-41页 |
| 2.5 小结 | 第41-42页 |
| 第三章 多肽抑制剂与淀粉样-β蛋白相互作用自由能分解 | 第42-69页 |
| 3.1 前言 | 第42页 |
| 3.2 MM/PBSA 方法介绍及模型建立 | 第42-44页 |
| 3.2.1 分析方法介绍 | 第42-43页 |
| 3.2.2 多肽抑制剂与Aβ复合物体体系确定和分析过程 | 第43-44页 |
| 3.3 模拟结果与讨论 | 第44-67页 |
| 3.3.1 复合物中Aβ42 分子结合自由能和关键氨基酸残基分析 | 第44-57页 |
| 3.3.1.1 Aβ42 中各氨基酸残基结合自由能分解 | 第44-47页 |
| 3.3.1.2 三种多肽抑制剂对Aβ42 结合自由能的影响 | 第47-49页 |
| 3.3.1.3 Aβ42-抑制剂复合物中Aβ42 关键氨基酸残基分析 | 第49-51页 |
| 3.3.1.4 Aβ42-抑制剂复合物中Aβ42 残基侧链自由能分析 | 第51-54页 |
| 3.3.1.5 Aβ42-抑制剂复合物中Aβ42 残基主链自由能分析 | 第54-57页 |
| 3.3.2 复合物中抑制剂分子结合自由能和关键氨基酸残基分析 | 第57-61页 |
| 3.3.2.1 抑制剂中各氨基酸残基结合自由能分解 | 第57-59页 |
| 3.3.2.2 抑制剂中各氨基酸残基主链、侧链结合自由能分解 | 第59-61页 |
| 3.3.3 多肽抑制剂与Aβ复合物关键氨基酸残基作用对 | 第61-65页 |
| 3.3.4 多肽抑制剂对Aβ结构转变抑制机理初步分析 | 第65-67页 |
| 3.4 小结 | 第67-69页 |
| 第四章 结论与展望 | 第69-71页 |
| 4.1 结论 | 第69-70页 |
| 4.2 展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
