| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 注释表 | 第9-10页 |
| 缩略词 | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-15页 |
| 1.1 生物信息学简介 | 第11-12页 |
| 1.2 转录组研究概述 | 第12页 |
| 1.3 基于基因芯片数据的转录组表达水平计算 | 第12-13页 |
| 1.4 本文主要研究内容和思路 | 第13-14页 |
| 1.5 本文的组织结构 | 第14-15页 |
| 第二章 背景介绍 | 第15-23页 |
| 2.1 生物背景知识 | 第15-17页 |
| 2.2 基因芯片技术 | 第17-22页 |
| 2.2.1 基因芯片技术简介 | 第17-18页 |
| 2.2.2 Affymetrix基因芯片 | 第18-20页 |
| 2.2.3 Affymetrix外显子芯片芯片 | 第20-21页 |
| 2.2.4 Affymetrix HTA2.0 芯片 | 第21-22页 |
| 2.3 本章小结 | 第22-23页 |
| 第三章 基因芯片转录组表达分析 | 第23-28页 |
| 3.1 3 端基因芯片数据分析方法 | 第23-25页 |
| 3.2 外显子芯片数据分析方法 | 第25-26页 |
| 3.3 HTA2.0 芯片数据分析方法 | 第26页 |
| 3.4 本章小结 | 第26-28页 |
| 第四章 iGME模型 | 第28-38页 |
| 4.1 iGME模型的改进和思路 | 第28页 |
| 4.2 iGME模型的构建 | 第28-29页 |
| 4.3 iGME的处理流程 | 第29-31页 |
| 4.3.1 实现的基础 | 第30-31页 |
| 4.3.2 模型的实现过程 | 第31页 |
| 4.4 实验结果分析 | 第31-36页 |
| 4.4.1 基因表达水平计算验证 | 第31-34页 |
| 4.4.2 剪接异构体表达水平的验证 | 第34-36页 |
| 4.4.3 模型效率的验证 | 第36页 |
| 4.5 本章小结 | 第36-38页 |
| 第五章 并行计算在GME模型方面的应用 | 第38-45页 |
| 5.1 并行计算 | 第38-39页 |
| 5.2 并行环境的构建 | 第39-41页 |
| 5.2.1 设备准备 | 第39-40页 |
| 5.2.2 环境配置 | 第40-41页 |
| 5.3 GME模型的并行计算 | 第41-43页 |
| 5.4 并行计算效率的比较 | 第43-44页 |
| 5.5 本章小结 | 第44-45页 |
| 第六章 HTA2.0 芯片原始数据分析 | 第45-49页 |
| 6.1 GME模型应用于HTA2.0 | 第45-46页 |
| 6.2 实验结果分析 | 第46-48页 |
| 6.2.1 基因表达水平的验证 | 第46-47页 |
| 6.2.2 异构体表达水平的验证 | 第47-48页 |
| 6.3 本章小结 | 第48-49页 |
| 第七章 结束语 | 第49-51页 |
| 7.1 工作总结 | 第49页 |
| 7.2 研究展望 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第56-57页 |
| 附录A HTA2.0 芯片通过qRT-PCR验证变化基因详细结果 | 第57-63页 |