| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略表 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-22页 |
| 1.1 棉花黄萎病及其病原真菌大丽轮枝菌概况 | 第12-13页 |
| 1.1.1 棉花黄萎病概况 | 第12页 |
| 1.1.2 病原真菌大丽轮枝菌生物学性状及侵染方式 | 第12-13页 |
| 1.2 大丽轮枝菌致病机制研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.1 机械障碍学说 | 第13页 |
| 1.2.2 毒素学说 | 第13-14页 |
| 1.3 大丽轮枝菌功能基因研究进展 | 第14-17页 |
| 1.4 转录组学研究进展 | 第17-20页 |
| 1.4.1 转录组学技术手段与应用 | 第17-18页 |
| 1.4.2 大丽轮枝菌转录组学研究进展 | 第18-20页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第20-22页 |
| 第二章 材料方法 | 第22-29页 |
| 2.1 供试菌株及寄主材料 | 第22页 |
| 2.2 使用试剂及培养基的配置 | 第22页 |
| 2.3 供试菌株培养方法 | 第22页 |
| 2.4 寄主根系的培养方法 | 第22-23页 |
| 2.5 获得两种寄主根部组织分别诱导后的大丽轮枝菌 | 第23页 |
| 2.6 总RNA样品的制备 | 第23-24页 |
| 2.7 Total RNA质量检测与定量 | 第24页 |
| 2.8 两种大丽轮枝菌cDNA文库的构建及测序 | 第24-25页 |
| 2.9 RNA-seq原始序列数据获得 | 第25-26页 |
| 2.10 RNA-seq测序原始数据错误率检查 | 第26页 |
| 2.11 测序原始数据过滤 | 第26页 |
| 2.12 Reads比对拼接 | 第26页 |
| 2.13 基因表达量统计 | 第26-27页 |
| 2.14 基于RNA-seq测序的整体质量评估 | 第27页 |
| 2.15 差异表达基因分析筛选 | 第27页 |
| 2.16 转录组成对比较筛选特异表达基因 | 第27-28页 |
| 2.17 差异表达基因GO及KEGG注释分析 | 第28-29页 |
| 第三章 结果分析 | 第29-54页 |
| 3.1 测序原始数据质量控制 | 第29-31页 |
| 3.2 参考序列比对分析 | 第31-32页 |
| 3.3 Reads在参考基因组上的分布 | 第32-34页 |
| 3.4 基因表达水平分析 | 第34-36页 |
| 3.5 棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌差异表达基因分析 | 第36-46页 |
| 3.5.1 察氏液体培养基培养的棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌转录组分析 | 第36页 |
| 3.5.2 棉花根系诱导的棉花大丽轮枝菌差异表达基因分析 | 第36-40页 |
| 3.5.3 向日葵根系诱导的向日葵大丽轮枝菌差异表达基因分析 | 第40-46页 |
| 3.6 棉花根系分别诱导两个大丽轮枝菌的转录组分析 | 第46页 |
| 3.7 向日葵根系分别诱导两个大丽轮枝菌的转录组分析 | 第46-47页 |
| 3.8 两种寄主根系分别诱导向日葵大丽轮枝菌的转录组分析 | 第47-48页 |
| 3.9 两种寄主根系分别诱导棉花大丽轮枝菌的转录组分析 | 第48-49页 |
| 3.10 讨论 | 第49-54页 |
| 第四章 全文小结 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录1常用试剂及培养基的配置 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 作者简介 | 第62-63页 |
| 导师评阅表 | 第63页 |
