| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| CONTENTS | 第7-10页 |
| LIST OF TABLES | 第10-11页 |
| LIST OF FIGURES | 第11-14页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS | 第14-15页 |
| CHAPTER I INTRODUCTION | 第15-51页 |
| LITERATURE REVIEW | 第19-50页 |
| 1.1 Taxonomic classification of chicken | 第19-20页 |
| 1.2 Archeological studies and domestication | 第20-24页 |
| 1.2.1 Red jungle-fowl(Gallus gallus gallus) | 第20-22页 |
| 1.2.2 Green Jungle-fowl | 第22-24页 |
| 1.3 Characteristic of Indonesian indigenous chicken | 第24-36页 |
| 1.3.1 Kampung chicken | 第24-25页 |
| 1.3.2 Cemani chicken | 第25-26页 |
| 1.3.3 Kedu Hitam chicken | 第26-27页 |
| 1.3.4 Kedu Putih chicken | 第27-28页 |
| 1.3.5 Kapas chicken | 第28-29页 |
| 1.3.6 Arab chicken | 第29-30页 |
| 1.3.7 Merawang chicken | 第30页 |
| 1.3.8 Kate chicken | 第30-31页 |
| 1.3.9 Gaok chicken | 第31-32页 |
| 1.3.10 Sentul chicken | 第32-33页 |
| 1.3.11 Nunukan chicken | 第33-34页 |
| 1.3.12 Kalosi chicken | 第34-35页 |
| 1.3.13 Tolaki chicken | 第35-36页 |
| 1.4. Characterization of indigenous chicken | 第36-45页 |
| 1.4.1 Phenotypic characterization | 第37页 |
| 1.4.2 Genotypic characterization | 第37-45页 |
| 1.4.2.1 Restriction fragment length polymorphism (RFLP) | 第38-39页 |
| 1.4.2.2 Mitochondrial DNA (mtDNA) analysis | 第39页 |
| 1.4.2.3 Random amplified polymorphim DNA (RAPD) | 第39-40页 |
| 1.4.2.4 Amplified fragment length polymorphism (AFLP) | 第40-41页 |
| 1.4.2.5 Variable number of tandem repeats (VNTRs) | 第41-43页 |
| 1.4.2.6 Microsatellite marker | 第43-45页 |
| 1.5 Statistical Analysis | 第45-50页 |
| 1.5.1 Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) | 第45-46页 |
| 1.5.2 Genetic diversity | 第46-47页 |
| 1.5.3 Genetic relationship between populations | 第47-50页 |
| 1.5.3.1 Construction of phylogeny | 第47页 |
| 1.5.3.2 Principal component analysis (PCA) | 第47-48页 |
| 1.5.3.3 Factorial correspondence analysis (FCA) | 第48页 |
| 1.5.3.4 Standardized variance in allele frequencies among populations (F_(ST)) | 第48-49页 |
| 1.5.3.5 Population structure | 第49-50页 |
| RESEARCH OBJECTIVES | 第50-51页 |
| CHAPTER II MATERIALS AND METHODS | 第51-70页 |
| 2.1 Sample collection | 第51-60页 |
| 2.2 Materials | 第60-62页 |
| 2.2.1 Equipment and consumables | 第60-61页 |
| 2.2.2 Chemicals | 第61页 |
| 2.2.3 Enzymes | 第61-62页 |
| 2.3 Methodology | 第62-70页 |
| 2.3.1 Blood sample collection | 第62页 |
| 2.3.2 Isolation and extraction of genomic DNA | 第62页 |
| 2.3.3 DNA concentration and quality determination | 第62-64页 |
| 2.3.4 Microsatellite loci | 第64-65页 |
| 2.3.5 Polymerase chain reaction(PCR) amplification | 第65页 |
| 2.3.6 PCR quality determination | 第65-66页 |
| 2.3.7 Genotyping of microsatellite | 第66-67页 |
| 2.3.8 Data analysis | 第67-70页 |
| CHAPTER III RESULTS | 第70-92页 |
| 3.1 Extent and distribution of the genetic diversity within chicken population | 第70-75页 |
| 3.1.1 Analysis of alleles variation | 第70-75页 |
| 3.2 Genetic differentiation | 第75-77页 |
| 3.3 Bottleneck within population | 第77-81页 |
| 3.4 Population structure | 第81-88页 |
| 3.5 Factorial correspondence analysis(FCA)and principal component analysis(PCA) | 第88-90页 |
| 3.6 Phylogenetic relationship analysis | 第90-92页 |
| CHAPTER IV DISCUSSION | 第92-107页 |
| 4.1 Within population genetic diversity | 第92-95页 |
| 4.2 Between population genetic diversity | 第95-99页 |
| 4.3 Genetic relationship between chicken populations | 第99-107页 |
| CHAPTER V CONCLUSIONS | 第107-108页 |
| REFERENCES | 第108-124页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第124-125页 |
| CURICULUM VITAE | 第125-126页 |
