| 中文摘要 | 第9-11页 |
| 英文摘要 | 第11页 |
| 第1章 植物抗性基因的结构、功能与进化 | 第14-38页 |
| 1.1 植物抗病的分子机制 | 第15页 |
| 1.2 植物抗病基因的分离克隆 | 第15-17页 |
| 1.2.1 转座子标签法 | 第15-16页 |
| 1.2.2 图位克隆法 | 第16页 |
| 1.2.3 同源序列候选基因法 | 第16-17页 |
| 1.3 植物抗性基因的结构和分类 | 第17-22页 |
| 1.3.1 R蛋白的基本结构 | 第17-18页 |
| 1.3.2 R蛋白的分类 | 第18-22页 |
| 1.3.2.1 NBS-LRR类蛋白 | 第20页 |
| 1.3.2.2 胞外LRR-TM类蛋白 | 第20-21页 |
| 1.3.2.3 跨膜受体激酶类(LRR-TM-STK)蛋白 | 第21-22页 |
| 1.3.2.4 丝氨酸-苏氨酸激酶类(STK)蛋白 | 第22页 |
| 1.3.2.5 其它 | 第22页 |
| 1.4 植物抗性基因的功能和作用机制 | 第22-24页 |
| 1.4.1 R蛋白的信号传导 | 第23-24页 |
| 1.4.2 R蛋白的识别 | 第24页 |
| 1.5 抗性基因的进化机制 | 第24-28页 |
| 1.5.1 抗性基因在基因组中的分布 | 第24-25页 |
| 1.5.2 抗性基因的复制和重组 | 第25-27页 |
| 1.5.3 病原识别位点的适应性进化 | 第27页 |
| 1.5.4 转座子与R基因 | 第27-28页 |
| 1.6 展望 | 第28-29页 |
| 参考文献 | 第29-38页 |
| 第2章 NBS-LRR基因家族的结构和系统分析 | 第38-53页 |
| 2.1 NBS-LRR基因的结构及功能 | 第38-41页 |
| 2.1.1 NBS domain | 第39页 |
| 2.1.2 CC motif | 第39页 |
| 2.1.3 TIR domain | 第39-41页 |
| 2.1.4 LRR domain | 第41页 |
| 2.2 NBS-LRR基因在基因组中的分布 | 第41-42页 |
| 2.3 NBS-LRR基因复制和重排 | 第42-43页 |
| 2.4 NBS-LRR基因的进化 | 第43-45页 |
| 2.4.1 保守线性模式和快速重排模式 | 第43-44页 |
| 2.4.2 基因组系统进化 | 第44-45页 |
| 2.4.3 LRR domain的适应性选择 | 第45页 |
| 2.5 结论 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-53页 |
| 第3章 水稻全基因组NBS-LRR编码基因分析 | 第53-82页 |
| 3.1 材料和方法 | 第54-57页 |
| 3.1.1 数据库和基因序列来源 | 第54-55页 |
| 3.1.2 NBS-LRR基因同源基因的获得 | 第55页 |
| 3.1.3 序列结构分析 | 第55页 |
| 3.1.4 序列联配和系统进化分析 | 第55-57页 |
| 3.2 结果与分析 | 第57-71页 |
| 3.2.1 水稻NBS-LRR基因结构多样性 | 第57-64页 |
| 3.2.1.1 NBS-LRR基因N端序列分析 | 第57-62页 |
| 3.2.1.2 NBS区域序列分析 | 第62-64页 |
| 3.2.1.3 LRR和C末端区域分析 | 第64页 |
| 3.2.2 NBS-LRR基因的特殊结构 | 第64-67页 |
| 3.2.3 NBS domain区域内含子的位置 | 第67页 |
| 3.2.4 水稻NBS-LRR基因系统分析 | 第67-71页 |
| 3.2.5 水稻NBS-LRR基因在基因组中的分布 | 第71页 |
| 3.3 讨论 | 第71-75页 |
| 参考文献 | 第75-82页 |
| 第4章 水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较 | 第82-98页 |
| 4.1 材料和方法 | 第83-84页 |
| 4.1.1 试验数据的获得 | 第83页 |
| 4.1.2 分析方法 | 第83-84页 |
| 4.1.2.1 因子相应性分析 | 第83-84页 |
| 4.1.2.2 密码子相对使用度的估算 | 第84页 |
| 4.1.2.3 最优密码子的确定方法 | 第84页 |
| 4.2 结果与分析 | 第84-93页 |
| 4.2.1 水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族的碱基组成 | 第84-90页 |
| 4.2.2 水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族密码子使用选择性分析 | 第90-91页 |
| 4.2.2.1 最优密码子的确定 | 第90页 |
| 4.2.2.2 密码子使用差异性分析 | 第90-91页 |
| 4.2.3 影响最优密码子使用因素的分析 | 第91-93页 |
| 4.3 讨论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-98页 |
| 第5章 籼稻全基因组非NBS-LRR抗性基因的结构及其分布特点 | 第98-114页 |
| 5.1 材料和方法 | 第98-99页 |
| 5.2 结果与分析 | 第99-108页 |
| 5.2.1 非NBS-LRR抗性基因的数量及其分布 | 第99页 |
| 5.2.2 非NBS-LRR抗性基因的保守序列 | 第99-105页 |
| 5.2.2.1 胞外LRR-TM类基因 | 第102页 |
| 5.2.2.2 跨膜受体激酶(LRR-TM-STK)类基因 | 第102页 |
| 5.2.2.3 丝氨酸-苏氨酸激酶(STK)类基因 | 第102-105页 |
| 5.2.2.4 其它类基因 | 第105页 |
| 5.2.3 水稻抗性基因的分布 | 第105-108页 |
| 5.2.4 水稻抗性基因系统分析 | 第108页 |
| 5.3 讨论 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-114页 |
| 附录A 表目录 | 第114-115页 |
| 附录B 图目录 | 第115页 |
