秦岭羚牛肠道菌群多样性研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第10-15页 |
| 1.1 肠道微生物的概述 | 第10页 |
| 1.2 肠道菌群的功能 | 第10-11页 |
| 1.3 影响肠道菌群的因素 | 第11-12页 |
| 1.3.1 遗传信息 | 第11页 |
| 1.3.2 饮食因素 | 第11-12页 |
| 1.3.3 年龄因素 | 第12页 |
| 1.3.4 疾病因素 | 第12页 |
| 1.3.5 其他因素 | 第12页 |
| 1.4 当前微生物研究的手段 | 第12-14页 |
| 1.4.1 扩增子测序 | 第12-13页 |
| 1.4.2 宏基因组测序 | 第13页 |
| 1.4.3 微生物基因组测序 | 第13页 |
| 1.4.4 原核转录组测序 | 第13页 |
| 1.4.5 宏病毒测序 | 第13-14页 |
| 1.4.6 高深宏基因组测序 | 第14页 |
| 1.4.7 环境微生物三代测序 | 第14页 |
| 1.5 本论文的研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 第二章 材料方法 | 第15-22页 |
| 2.1 材料 | 第15-16页 |
| 2.1.1 试验动物及样品采集 | 第15-16页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第16页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第16页 |
| 2.2 方法 | 第16-19页 |
| 2.2.1 总DNA的提取 | 第16-18页 |
| 2.2.2 DNA的浓度和纯度检测 | 第18页 |
| 2.2.3 PCR扩增 | 第18-19页 |
| 2.2.4 PCR产物纯化、平衡及测序 | 第19页 |
| 2.3 生物信息分析流程 | 第19-22页 |
| 2.3.1 序列拼接与质量控制 | 第19页 |
| 2.3.2 OTU聚类和物种注释 | 第19-20页 |
| 2.3.3 系统发育树的构建 | 第20页 |
| 2.3.4 数据均一化 | 第20页 |
| 2.3.5 Alpha Diversity | 第20页 |
| 2.3.6 Beta Diversity | 第20页 |
| 2.3.7 群落结构差异分析 | 第20-21页 |
| 2.3.8 高通量序列登录号 | 第21-22页 |
| 第三章 结果与分析 | 第22-46页 |
| 3.1 羚牛粪便微生物基因组DNA的提取 | 第22页 |
| 3.2 PCR扩增结果 | 第22-23页 |
| 3.3 高通量测序结果 | 第23-24页 |
| 3.4 OTU分析和物种注释 | 第24-25页 |
| 3.5 羚牛肠道菌群构成 | 第25-34页 |
| 3.5.1 羚牛肠道菌群在门水平上的构成 | 第25-27页 |
| 3.5.2 羚牛肠道菌群在纲水平上的构成 | 第27-28页 |
| 3.5.3 羚牛肠道菌群在目水平上的构成 | 第28-30页 |
| 3.5.4 羚牛肠道菌群在科水平上的构成 | 第30-31页 |
| 3.5.5 羚牛肠道菌群在属水平上的构成 | 第31-34页 |
| 3.6 OTU样品复杂度分析 | 第34-37页 |
| 3.6.1 Alpha多样性指数分析 | 第34-36页 |
| 3.6.2 Alpha多样性指数组间差异分析 | 第36-37页 |
| 3.7 Beta多样品比较分析 | 第37-39页 |
| 3.7.1 Beta多样性指数 | 第37-38页 |
| 3.7.2 PCA分析 | 第38-39页 |
| 3.7.3 样品聚类分析 | 第39页 |
| 3.8 基于OTU的花瓣图 | 第39-40页 |
| 3.9 系统进化树分析 | 第40-41页 |
| 3.10 统计分析 | 第41-46页 |
| 3.10.1 Anosim和MRPP分析 | 第41-42页 |
| 3.10.2 T-test组间物种差异分析 | 第42-46页 |
| 第四章 讨论 | 第46-49页 |
| 4.1 秦岭羚牛菌群结构组成分析 | 第46-47页 |
| 4.2 冬春两季羚牛肠道菌群的差异 | 第47-48页 |
| 4.3 不同性别羚牛肠道菌群的差异 | 第48-49页 |
| 第五章 结论 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
