| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 上篇文献综述 | 第11-34页 |
| 第一章 植物疫霉病原物基因组测序及研究进展 | 第12-24页 |
| 1 卵菌概述 | 第12页 |
| 2 疫霉概述 | 第12-14页 |
| 3 大豆疫霉和橡树疫霉基因组测序及分析 | 第14-17页 |
| ·基因组测序结果概述 | 第14页 |
| ·代谢特征 | 第14-15页 |
| ·单核苷酸多态性 | 第15页 |
| ·互作基因 | 第15页 |
| ·选择压力 | 第15-16页 |
| ·蛋白酶抑制剂 | 第16页 |
| ·无毒基因的鉴定与分析 | 第16-17页 |
| 4. 致病疫霉基因组测序及分析 | 第17-21页 |
| ·基因组测序结果概述 | 第17-18页 |
| ·RxLR及CRN效应分子的鉴定 | 第18-20页 |
| ·基因表达分析 | 第20-21页 |
| 5. 辣椒疫霉基因组测序及分析 | 第21-24页 |
| ·基因组测序结果概述 | 第21-22页 |
| ·单核苷酸多样性分析 | 第22页 |
| ·遗传连锁分析 | 第22页 |
| ·互交后代的杂合性缺失 | 第22-24页 |
| 第二章 植物与疫霉互作机制及研究进展 | 第24-34页 |
| 1. 植物-病原物互作 | 第24-25页 |
| ·植物-病原物互作的多种方式 | 第24页 |
| ·植物-病原物互作模型 | 第24-25页 |
| 2. 卵菌中的效应分子 | 第25-29页 |
| ·卵菌中的PAMP | 第25-27页 |
| ·卵菌分泌的其他质外体效应分子 | 第27-28页 |
| ·卵菌分泌的寄主转运效应分子 | 第28-29页 |
| 3. 卵菌中效应分子作用机制 | 第29-34页 |
| ·效应分子可能的转运机制 | 第29-30页 |
| ·RxLR效应分子的功能研究 | 第30-31页 |
| ·效应分子定位 | 第31页 |
| ·效应分子靶标--蛋白酶 | 第31页 |
| ·效应分子靶标--CMPG1与C14 | 第31-32页 |
| ·效应分子功能 | 第32-34页 |
| 下篇研究内容 | 第34-90页 |
| 第一章 辣椒疫霉转录组测序分析 | 第36-60页 |
| 摘要 | 第36页 |
| ABSTRACT | 第36-38页 |
| 1. 材料与方法 | 第38-40页 |
| ·菌株采集及样品制备 | 第38页 |
| ·转录组的测序 | 第38-39页 |
| ·转录组数据分析 | 第39-40页 |
| ·基因组及其他数据的获得 | 第40页 |
| ·序列分析及功能注释 | 第40页 |
| 2. 结果与分析 | 第40-53页 |
| ·转录组结果概况 | 第40-43页 |
| ·基因表达鉴定以及新转录本的发现 | 第43-46页 |
| ·在辣椒疫霉中鉴定出大量新的剪接区域 | 第46-48页 |
| ·辣椒疫霉中可变剪接的识别 | 第48-50页 |
| ·辣椒疫霉中差异表达基因的鉴定 | 第50-52页 |
| ·RxLR多态性 | 第52-53页 |
| 3 讨论 | 第53-57页 |
| ·可靠新基因的发现对基因组数据进行了很好的补充 | 第54-55页 |
| ·鉴定出大量新的剪接区域 | 第55页 |
| ·一些被认为参与侵染过程的基因在本次研究中并没有呈现出差异表达 | 第55-56页 |
| ·RxLR的多态性可能导致致病力的变化 | 第56-57页 |
| 本章附录 | 第57-60页 |
| 第二章 辣椒疫霉中Elicitin的生物信息学分析 | 第60-78页 |
| 摘要 | 第60页 |
| ABSTRACT | 第60-62页 |
| 1. 材料与方法 | 第62-63页 |
| ·基因组序列来源 | 第62页 |
| ·基因预测与分析 | 第62页 |
| ·基因的表达分析 | 第62-63页 |
| 2. 结果与分析 | 第63-73页 |
| ·Elicitin基因的生物信息学预测 | 第63-64页 |
| ·Elicitin的进化分析 | 第64-66页 |
| ·Elicitin及elicitin-like的序列分析 | 第66-68页 |
| ·Elicitin富集区域在不同卵菌之间存在共线性 | 第68-71页 |
| ·Elicitin和elicitin-like的基因表达分析 | 第71-73页 |
| 3. 讨论 | 第73-75页 |
| ·Elicitin广泛分布在疫霉及一些腐霉物种中 | 第73页 |
| ·Elicitin在功能上可能存在分化 | 第73页 |
| ·既保守又多样的elicitin-like | 第73-74页 |
| ·Elicitin-like的由来及功能猜想 | 第74-75页 |
| 本章附录 | 第75-78页 |
| 第三章 大豆疫霉中PI3K基因的生物信息学分析 | 第78-90页 |
| 摘要 | 第78页 |
| ABSTRACT | 第78-80页 |
| 1. 材料与方法 | 第80-81页 |
| ·基因组及其他已知基因序列来源 | 第80页 |
| ·蛋白结构预测及进化树构建 | 第80页 |
| ·基因表达分析 | 第80-81页 |
| 2. 结果与分析 | 第81-87页 |
| ·大豆疫霉中PI3K基因的预测 | 第81-82页 |
| ·大豆疫霉中PI3K的结构分析及分组 | 第82-83页 |
| ·大豆疫霉中PI3K的进化分析 | 第83-85页 |
| ·大豆疫霉中PI3K的表达量分析 | 第85-87页 |
| 3. 讨论 | 第87-90页 |
| ·疫霉中存在特有的一组PI3K基因 | 第87页 |
| ·PI3K中的PI3K_C2功能域并不是保守存在的 | 第87-88页 |
| ·PsPI3K3的归类分歧 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-98页 |
| 攻读硕士学位期间发表的研究论文 | 第98-100页 |
| 致谢 | 第100页 |
