鼠疫耶尔森氏菌基因组重注释及其跨组学数据库系统的构建
| 缩略词表 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| 英文摘要 | 第8-11页 |
| 1 前言 | 第11-19页 |
| ·研究背景 | 第11-13页 |
| ·基因组重注释 | 第13-15页 |
| ·组学数据库系统 | 第15-16页 |
| ·技术和方法 | 第16-17页 |
| ·目的和意义 | 第17-19页 |
| 2 鼠疫菌重注释研究 | 第19-60页 |
| ·鼠疫菌基因组概览 | 第19-21页 |
| ·过去注释中存在的问题 | 第21-22页 |
| ·重注释的数据来源和方法 | 第22-26页 |
| ·数据来源 | 第22-23页 |
| ·硬件环境及软件工具 | 第23-25页 |
| ·重注释流程 | 第25-26页 |
| ·数据预处理 | 第26-38页 |
| ·基因分类 | 第26-27页 |
| ·同源基因差异分类 | 第27-34页 |
| ·基因预测软件的训练与结果分析 | 第34-36页 |
| ·可信预测集 | 第36-37页 |
| ·基因组片段化 | 第37页 |
| ·质谱数据质量控制 | 第37-38页 |
| ·基因组重注释结果 | 第38-59页 |
| ·CDS重注释 | 第38-40页 |
| ·起始位点 | 第40-43页 |
| ·假基因 | 第43-46页 |
| ·功能注释 | 第46-49页 |
| ·ncRNA | 第49-51页 |
| ·重复序列 | 第51-55页 |
| ·移动元件 | 第55-56页 |
| ·等位基因型 | 第56-59页 |
| ·小结 | 第59-60页 |
| 3 组学数据库系统的构建 | 第60-112页 |
| ·数据标准化 | 第60-63页 |
| ·目的 | 第60-62页 |
| ·方法 | 第62-63页 |
| ·文献数据处理 | 第63页 |
| ·数据库设计 | 第63-70页 |
| ·系统结构 | 第63-64页 |
| ·系统功能 | 第64-65页 |
| ·实现 | 第65-70页 |
| ·Web service构建 | 第70-111页 |
| ·系统环境 | 第70-71页 |
| ·系统实现 | 第71-108页 |
| ·部署 | 第108-111页 |
| ·小结 | 第111-112页 |
| 4 问题与讨论 | 第112-114页 |
| 5 结论 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-123页 |
| 附录 | 第123-153页 |
| 附录一 91001移除基因列表 | 第123-127页 |
| 附录二 91001基因功能修正 | 第127-139页 |
| 附录三 91001 ncRNA统计 | 第139-146页 |
| 附录四 数据库结构表 | 第146-152页 |
| 附录五 蛋白鉴定列表 | 第152-153页 |
| 代表性论著 | 第153-175页 |
| 个人简历 | 第175-176页 |
| 致谢 | 第176页 |
