| 中文摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-16页 |
| ·研究背景和意义 | 第8-9页 |
| ·研究背景 | 第8页 |
| ·研究的理论与实际意义 | 第8-9页 |
| ·本研究的作用 | 第9页 |
| ·研究现状 | 第9-14页 |
| ·复杂网络的研究现状 | 第9-11页 |
| ·蛋白质-蛋白质相互作用特征的研究现状 | 第11-14页 |
| ·本研究的主要内容 | 第14-15页 |
| ·本研究的章节安排 | 第15-16页 |
| 第二章 复杂网络的基本理论 | 第16-33页 |
| ·复杂网络的基本概念 | 第16页 |
| ·复杂网络的若干拓扑参数 | 第16-19页 |
| ·度(Degree) | 第16-17页 |
| ·聚类系数(Clustering coefficient) | 第17页 |
| ·特征路径长度(Characteristic path length) | 第17页 |
| ·接近中心度(Closeness centrality) | 第17-19页 |
| ·介数中心度(Betweenness centrality) | 第19页 |
| ·复杂网络的若干模型 | 第19-24页 |
| ·最近邻规则网络模型 | 第19-20页 |
| ·随机网络模型 | 第20-21页 |
| ·小世界网络模型 | 第21-23页 |
| ·WS小世界网络模型 | 第22-23页 |
| ·NW小世界网络模型 | 第23页 |
| ·无标度网络模型 | 第23-24页 |
| ·复杂网络的结构特征 | 第24-27页 |
| ·复杂网络的分层结构 | 第24-25页 |
| ·复杂网络中的模体 | 第25-27页 |
| ·复杂网络中的模块 | 第27页 |
| ·复杂网络的相关软件 | 第27-32页 |
| ·Pajek | 第28-31页 |
| ·网络的输入及格式转化 | 第28-29页 |
| ·网络参数的计算 | 第29页 |
| ·绘制网络图 | 第29-30页 |
| ·使用Pajek产生随机网络及其他网络 | 第30-31页 |
| ·FANMOD | 第31页 |
| ·CFinder | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 蛋白质网络的特征 | 第33-44页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·数据集 | 第33-34页 |
| ·蛋白质网络模型的构建 | 第34-37页 |
| ·构建蛋白质网络模型及其相应的规则网络和随机网络模型 | 第34-35页 |
| ·不同截断距离构建网络的结果 | 第35-37页 |
| ·蛋白质网络的小世界特性 | 第37-38页 |
| ·蛋白质网络的分层结构 | 第38-41页 |
| ·蛋白质网络的分层结构 | 第38-41页 |
| ·蛋白质网络的分层指数b与其规模N的关系 | 第41页 |
| ·蛋白质网络拓扑参数及其变化与其氨基酸组成的关系 | 第41-42页 |
| ·蛋白质单体在形成蛋白质复合物后网络性质的变化 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第四章 蛋白质-蛋白质相互作用界面网络的模体和模块特征 | 第44-57页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·数据集与蛋白质网络构建 | 第45-46页 |
| ·数据集 | 第45页 |
| ·构建蛋白质网络 | 第45页 |
| ·构建蛋白质相互作用界面网络 | 第45-46页 |
| ·实验结果与讨论 | 第46-55页 |
| ·蛋白质肽链网络与其界面网络的拓扑性质 | 第46-50页 |
| ·蛋白质界面网络的模体 | 第50-53页 |
| ·蛋白质界面网络的模块 | 第53-55页 |
| ·界面网络中模块与其拓扑性质的关系 | 第55页 |
| ·结果比较分析 | 第55-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第五章 总结与展望 | 第57-59页 |
| ·总结 | 第57-58页 |
| ·展望 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 附录 | 第64-75页 |
| 个人简历 | 第75-76页 |
| 在学期间研究成果及发表的学术论文 | 第76页 |
